More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0418 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011773  BCAH820_3818  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.91 
 
 		 712 aa  832    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.79465e-59 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4265  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.71 
 
 		 715 aa  673    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.50852 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.23 
 
 		 740 aa  796    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0970  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.67 
 
 		 720 aa  689    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.64 
 
 		 697 aa  669    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1979  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.07 
 
 		 710 aa  665    Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000019638  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.5 
 
 		 701 aa  808    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1146  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  52.02 
 
 		 693 aa  702    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.91 
 
 		 712 aa  837    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0203  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 		 709 aa  681    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.2 
 
 		 712 aa  837    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.06 
 
 		 712 aa  835    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.06 
 
 		 712 aa  835    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  56.86 
 
 		 705 aa  816    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1450  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  56.62 
 
 		 718 aa  798    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.103052  normal  0.272177 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.38 
 
 		 690 aa  667    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.86 
 
 		 710 aa  862    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1789  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  54.2 
 
 		 733 aa  717    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  78.77 
 
 		 703 aa  1150    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2811  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.13 
 
 		 702 aa  645    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.212974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3279  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.5 
 
 		 718 aa  684    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.825925 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2053  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.92 
 
 		 723 aa  828    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.64 
 
 		 695 aa  674    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.06 
 
 		 712 aa  835    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0729219 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.62 
 
 		 699 aa  662    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.42 
 
 		 711 aa  636    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.29 
 
 		 747 aa  722    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.92 
 
 		 718 aa  678    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0615  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  53.42 
 
 		 711 aa  717    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.2 
 
 		 697 aa  671    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.13 
 
 		 696 aa  654    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.77 
 
 		 700 aa  647    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.2 
 
 		 712 aa  837    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52 
 
 		 755 aa  695    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2440  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.22 
 
 		 716 aa  691    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.225847  normal  0.0323804 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1308  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.25 
 
 		 696 aa  640    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00697732  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.1 
 
 		 747 aa  820    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.04 
 
 		 701 aa  899    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000971525  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60 
 
 		 712 aa  845    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52 
 
 		 777 aa  733    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3854  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.06 
 
 		 712 aa  838    Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2017  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.16 
 
 		 718 aa  640    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000536157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 		 700 aa  1399    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0719  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.14 
 
 		 752 aa  708    Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000106259  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.8 
 
 		 698 aa  806    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2976  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.25 
 
 		 696 aa  638    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.31401e-17 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0256  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.92 
 
 		 718 aa  678    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2763  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.74 
 
 		 698 aa  845    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1005  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.43 
 
 		 718 aa  679    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00579665 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  60.86 
 
 		 735 aa  863    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.06 
 
 		 815 aa  661    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3905  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.35 
 
 		 712 aa  842    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3588  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.78 
 
 		 746 aa  701    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1071  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.5 
 
 		 718 aa  665    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.679372  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.89 
 
 		 700 aa  919    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.38 
 
 		 692 aa  667    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.25 
 
 		 686 aa  671    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00293848  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01307  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.42 
 
 		 704 aa  644    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.624183  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.06 
 
 		 717 aa  836    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1934  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.05 
 
 		 702 aa  813    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1652  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.48 
 
 		 702 aa  816    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  57.99 
 
 		 746 aa  833    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1541  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.57 
 
 		 717 aa  668    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.898255 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1656  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  57.1 
 
 		 736 aa  789    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.13 
 
 		 720 aa  648    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0790  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.02 
 
 		 703 aa  671    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000902689  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.35 
 
 		 703 aa  843    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.14 
 
 		 723 aa  825    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0934  3' exoribonuclease  55.92 
 
 		 741 aa  783    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00161965  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0380  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.32 
 
 		 703 aa  636    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00000345435  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2047  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.36 
 
 		 769 aa  671    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0512862  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0114  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.94 
 
 		 741 aa  685    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.613671  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.32 
 
 		 714 aa  635    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.29 
 
 		 699 aa  677    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.63 
 
 		 701 aa  647    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0398  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.59 
 
 		 732 aa  635    Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.41 
 
 		 706 aa  648    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.8 
 
 		 698 aa  806    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_843  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  52.03 
 
 		 720 aa  707    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.946894  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0861  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.81 
 
 		 720 aa  703    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1309  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.45 
 
 		 691 aa  632  1e-180  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3232  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.75 
 
 		 761 aa  634  1e-180  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.555601 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.49 
 
 		 700 aa  632  1e-180  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0788  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.93 
 
 		 732 aa  632  1e-180  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000677019  normal  0.144869 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.97 
 
 		 702 aa  635  1e-180  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.64 
 
 		 700 aa  635  1e-180  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.07 
 
 		 698 aa  631  1e-179  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000243364  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.8 
 
 		 693 aa  629  1e-179  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.37 
 
 		 742 aa  628  1e-179  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.554464 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.54 
 
 		 696 aa  627  1e-178  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.54 
 
 		 696 aa  627  1e-178  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.62 
 
 		 699 aa  628  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.59 
 
 		 704 aa  622  1e-177  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000445882  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0570  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.3 
 
 		 721 aa  624  1e-177  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.56 
 
 		 707 aa  622  1e-177  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.33 
 
 		 702 aa  620  1e-176  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.23 
 
 		 733 aa  621  1e-176  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.37 
 
 		 702 aa  619  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000150136 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.31 
 
 		 701 aa  619  1e-176  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0729  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.14 
 
 		 695 aa  620  1e-176  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.504772  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>