More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0391 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_0391  ABC transporter related protein  100 
 
 
499 aa  1013    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.302991  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2266  ABC transporter related  52.55 
 
 
499 aa  538  9.999999999999999e-153  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000122283  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5155  ABC transporter related  48.5 
 
 
512 aa  501  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3073  ABC transporter related  49.09 
 
 
508 aa  500  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3604  ABC transporter related  48 
 
 
513 aa  492  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.88039  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1188  ABC transporter related  47.82 
 
 
511 aa  487  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.909394  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3347  ABC transporter related  48.07 
 
 
513 aa  479  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0920182  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1644  ABC transporter related  48.99 
 
 
495 aa  478  1e-134  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0372  ABC transporter related  48.38 
 
 
509 aa  479  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1254  ABC transporter related  46.64 
 
 
515 aa  478  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5471  ABC transporter related  46.44 
 
 
520 aa  476  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428158  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6345  ABC transporter related  46.95 
 
 
516 aa  476  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.144091 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1228  ABC transporter related  46.04 
 
 
517 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0873  ABC transporter related  46.14 
 
 
514 aa  461  1e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.304732  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0975  ABC transporter related  47.05 
 
 
495 aa  462  1e-129  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220508  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6474  ABC transporter related  44.51 
 
 
514 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.891446  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6709  ABC transporter related  44.51 
 
 
514 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.268301  normal  0.306288 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6315  ABC transporter related  44.51 
 
 
514 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.681428  normal  0.300453 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5135  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (ribose)  47.59 
 
 
524 aa  459  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2904  ABC transporter related  45.42 
 
 
503 aa  459  9.999999999999999e-129  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0415  ABC transporter related  47.37 
 
 
503 aa  457  1e-127  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000110391  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22700  ABC transporter related  45.4 
 
 
501 aa  456  1e-127  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00201717  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4237  D-ribose transporter ATP binding protein  46.14 
 
 
501 aa  457  1e-127  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0287863  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0164  ABC transporter related  47.17 
 
 
496 aa  455  1e-127  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4174  D-ribose transporter ATP binding protein  46.14 
 
 
501 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.283711  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4900  D-ribose transporter ATP binding protein  46.77 
 
 
501 aa  454  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.200163  hitchhiker  0.000000993507 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4527  D-ribose transporter ATP binding protein  45.93 
 
 
501 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0169315  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3330  ABC transporter related protein  42.22 
 
 
497 aa  450  1e-125  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4215  D-ribose transporter ATP binding protein  46.54 
 
 
516 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.777457 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4274  D-ribose transporter ATP binding protein  46.54 
 
 
516 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03635  fused D-ribose transporter subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  46.14 
 
 
501 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.483932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4218  ABC transporter related protein  46.14 
 
 
501 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4165  D-ribose transporter ATP binding protein  46.54 
 
 
501 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.846402  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4265  D-ribose transporter ATP binding protein  46.14 
 
 
501 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0146477  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4094  D-ribose transporter ATP binding protein  46.54 
 
 
516 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3965  D-ribose transporter ATP binding protein  46.14 
 
 
501 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1800  ABC-type sugar transport system, ATPase component  45.1 
 
 
492 aa  447  1.0000000000000001e-124  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.225071  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4117  D-ribose transporter ATP binding protein  46.14 
 
 
501 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.159229 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03580  hypothetical protein  46.14 
 
 
501 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.550483  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1962  ABC transporter-related protein  44.4 
 
 
494 aa  446  1.0000000000000001e-124  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4109  D-ribose transporter ATP binding protein  46.54 
 
 
516 aa  448  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114584  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2010  ABC transporter related  47.78 
 
 
500 aa  447  1.0000000000000001e-124  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3977  D-ribose transporter ATP binding protein  45.12 
 
 
501 aa  445  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.443134  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3218  ribose import ATP-binding protein RbsA  45.97 
 
 
501 aa  443  1e-123  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4245  D-ribose transporter ATP binding protein  45.93 
 
 
501 aa  445  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0036959 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0106  xylose transporter ATP-binding subunit  45.6 
 
 
505 aa  442  1e-123  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0562  ABC transporter-related protein  43.2 
 
 
496 aa  442  1e-123  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000997744  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0581  ABC transporter related  43.81 
 
 
496 aa  442  1e-123  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4115  D-ribose transporter ATP binding protein  46.54 
 
 
501 aa  444  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.684938  normal  0.0182067 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5185  D-ribose transporter ATP binding protein  45.93 
 
 
501 aa  444  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0631054  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4170  ABC transporter related  46.04 
 
 
503 aa  442  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611876  normal  0.0273413 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0634  ribose ABC transporter ATP-binding protein  42.89 
 
 
494 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.97602  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0578  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  42.89 
 
 
494 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0577  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  42.89 
 
 
494 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1350  ABC sugar transporter, fused ATPase subunits  45.64 
 
 
504 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4639  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  43.41 
 
 
494 aa  441  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.202571  unclonable  1.04957e-25 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0724  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  42.89 
 
 
494 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.79429e-30 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0699  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  43.2 
 
 
494 aa  440  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.159606  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5597  ABC transporter related  46.68 
 
 
503 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.609428  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1134  ABC transporter related  45.23 
 
 
506 aa  439  9.999999999999999e-123  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000497905  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2687  ABC transporter related  45.29 
 
 
495 aa  438  1e-121  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0796  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  42.68 
 
 
494 aa  437  1e-121  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3599  ABC transporter related  44.06 
 
 
512 aa  436  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.190927  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1403  ABC transporter related  44.31 
 
 
524 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06145  D-ribose transporter ATP binding protein  43.84 
 
 
501 aa  435  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3003  ABC transporter related  44.4 
 
 
495 aa  437  1e-121  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00261146  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1305  ABC transporter related  43.9 
 
 
524 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4447  ABC transporter related  44.44 
 
 
513 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00416844 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3041  ABC transporter related protein  44.11 
 
 
511 aa  437  1e-121  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1344  ABC transporter related  43.9 
 
 
524 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1644  ABC transporter related  45.92 
 
 
494 aa  435  1e-121  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000081797  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2524  ABC transporter related  44.38 
 
 
505 aa  437  1e-121  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0010  D-ribose transporter ATP binding protein  44.62 
 
 
500 aa  436  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4967  ABC transporter related  44.18 
 
 
513 aa  433  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02652  conserved hypothetical protein  45.64 
 
 
499 aa  434  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0735  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  42.48 
 
 
494 aa  434  1e-120  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6621  ABC transporter related protein  45.85 
 
 
525 aa  433  1e-120  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000823555 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4569  ABC sugar transporter, ATPase subunit  43.9 
 
 
527 aa  433  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0624  ABC sugar transporter, ATPase subunit  43.84 
 
 
512 aa  433  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0943  ABC transporter related  44.31 
 
 
524 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157228  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3328  ABC transporter related  44.85 
 
 
512 aa  435  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02613  hypothetical protein  45.64 
 
 
499 aa  434  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1425  ABC transporter related  44.31 
 
 
524 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0484861  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000341  ribose ABC transport system ATP-binding protein RbsA  43.84 
 
 
501 aa  433  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5039  ABC transporter related  44.85 
 
 
512 aa  435  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1890  ABC transporter related  44.11 
 
 
524 aa  433  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.232644 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0515  D-ribose transporter ATP binding protein  44.81 
 
 
501 aa  434  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5245  ABC transporter related  44.85 
 
 
514 aa  435  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.835189 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3312  ABC transporter-related protein  44.31 
 
 
515 aa  433  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1242  sugar ATP-binding ABC transporter protein  43.7 
 
 
518 aa  429  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0116  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  42.77 
 
 
492 aa  431  1e-119  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2172  ABC transporter-like  43.15 
 
 
517 aa  429  1e-119  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.327318  normal  0.453102 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1655  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  43.91 
 
 
517 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0211  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  43.71 
 
 
517 aa  430  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.40873  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1371  D-ribose transporter ATP binding protein  43.93 
 
 
504 aa  429  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2905  ABC transporter related  42.51 
 
 
497 aa  429  1e-119  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.077452 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0286  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  43.91 
 
 
517 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0197  carbohydrate ABC transporter ATP-binding protein  43.91 
 
 
517 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422897  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6154  putative sugar (D-ribose) ABC transporter ATP-binding protein  44.85 
 
 
500 aa  428  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0328934 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0157  ABC transporter related  45.94 
 
 
507 aa  431  1e-119  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>