76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0377 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0377  peptidase M56, BlaR1  100 
 
 		 302 aa  609  1e-173  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3146  peptidase M56, BlaR1  32.08 
 
 		 728 aa  152  5e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3127  peptidase M56, BlaR1  30.67 
 
 		 462 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000359349  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2099  peptidase M56 BlaR1  30.79 
 
 		 614 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3471  peptidase M56 BlaR1  30.2 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0731  peptidase M56 BlaR1  28.8 
 
 		 719 aa  122  8e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3222  peptidase M56 BlaR1  25.83 
 
 		 747 aa  94  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1590  peptidase M56, BlaR1  31.94 
 
 		 754 aa  92.4  7e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0431  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like protein  29.95 
 
 		 442 aa  89.4  7e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3738  TonB family protein  32.45 
 
 		 404 aa  87  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.595285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2615  cell wall hydrolase/autolysin  25.15 
 
 		 562 aa  86.3  6e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1810  peptidase M56, BlaR1  24.06 
 
 		 750 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3787  peptidase M56 BlaR1  26.12 
 
 		 617 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.536626  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3342  antirepressor regulating drug resistance protein  28.11 
 
 		 403 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2995  TonB family protein  27.27 
 
 		 417 aa  77  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3584  TonB family protein  30.67 
 
 		 405 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1934  peptidase M56 BlaR1  26.76 
 
 		 647 aa  74.3  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2408  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  26.42 
 
 		 619 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2876  peptidase M56 BlaR1  30.83 
 
 		 465 aa  72.4  0.000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1176  hypothetical protein  24.48 
 
 		 640 aa  72.4  0.000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1007  hypothetical protein  23.5 
 
 		 629 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1079  hypothetical protein  23.5 
 
 		 629 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3722  peptidase M56 BlaR1  31.45 
 
 		 631 aa  71.2  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.616369  normal  0.219221 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3209  TonB family protein  28.75 
 
 		 397 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.909373  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0994  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  22.9 
 
 		 632 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2587  peptidase M56 BlaR1  30.43 
 
 		 858 aa  68.6  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2068  peptidase M56 BlaR1  30.22 
 
 		 632 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.999712  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0579  peptidase M56, BlaR1  28.4 
 
 		 541 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0164  peptidase M56 BlaR1  25.64 
 
 		 210 aa  65.5  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.285582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3297  peptidase M56, BlaR1  31.03 
 
 		 423 aa  63.9  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2748  Beta-lactamase  27.62 
 
 		 585 aa  63.9  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.282517  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0004  regulatory protein BlaR1  27.57 
 
 		 585 aa  63.5  0.000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0356117  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1460  regulatory protein BlaR1  28.11 
 
 		 585 aa  63.2  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000102574  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3351  Beta-lactamase  34.69 
 
 		 596 aa  62.8  0.000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1111  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  33.61 
 
 		 589 aa  62.8  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0209  peptidase M56, BlaR1  26.85 
 
 		 660 aa  62.4  0.000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02323  peptidase, M56 family protein  29.05 
 
 		 361 aa  60.8  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.321617  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2929  peptidase M56 BlaR1  32.14 
 
 		 590 aa  58.5  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1355  peptidase M56 BlaR1  34.67 
 
 		 519 aa  57.8  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3134  BlaR1 peptidase M56 domain protein  31.06 
 
 		 381 aa  57  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0360  peptidase M56, BlaR1  23.51 
 
 		 557 aa  56.2  0.0000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.777331 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1140  peptidase M56 BlaR1  32.26 
 
 		 598 aa  55.8  0.0000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2825  Beta-lactamase  33.7 
 
 		 405 aa  55.1  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.141892  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5187  peptidase M56 BlaR1  26.45 
 
 		 750 aa  55.5  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.336784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4715  peptidase M56 BlaR1  23.62 
 
 		 465 aa  54.3  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0923928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3883  peptidase M56 BlaR1  35.35 
 
 		 299 aa  54.7  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.155666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0077  peptidase M56 BlaR1  25.62 
 
 		 664 aa  54.7  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.559375 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6205  peptidase M56 BlaR1  30.48 
 
 		 671 aa  54.3  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.86421 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2520  methicillin-resistance regulatory protein MecR1  25.47 
 
 		 585 aa  53.9  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00119182  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3733  peptidase M56 BlaR1  38.36 
 
 		 596 aa  54.3  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.394398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2615  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like  33.33 
 
 		 467 aa  53.9  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0030  Beta-lactamase  25.47 
 
 		 585 aa  53.9  0.000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0030  Beta-lactamase  25.47 
 
 		 585 aa  53.9  0.000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3224  TonB family protein  32.93 
 
 		 413 aa  52.4  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.222698  normal  0.927933 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3587  hypothetical protein  24.57 
 
 		 1122 aa  49.3  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479804  normal  0.0414977 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3210  peptidase M56, BlaR1  26.47 
 
 		 672 aa  48.9  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2753  peptidase M56 BlaR1  27.67 
 
 		 581 aa  48.9  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.395295 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2141  peptidase M23B  28.03 
 
 		 649 aa  47.4  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.506727 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4383  TonB domain/peptidase M56 domain-containing protein  24.48 
 
 		 700 aa  46.6  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0288  peptidase M56 BlaR1  29.38 
 
 		 651 aa  46.2  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.139173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5199  peptidase M56 BlaR1  28.75 
 
 		 477 aa  46.2  0.0007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.973642 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0781  TonB family protein  30.97 
 
 		 583 aa  45.4  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0709932  normal  0.241171 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2769  peptidase M56, BlaR1  26.26 
 
 		 601 aa  45.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.158209  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4940  peptidase M56 BlaR1  21.7 
 
 		 583 aa  44.3  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3998  peptidase M56, BlaR1  28.75 
 
 		 326 aa  43.9  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1878  peptidase M56 BlaR1  28.05 
 
 		 330 aa  44.3  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.101036  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2771  peptidase M56, BlaR1  25.77 
 
 		 515 aa  43.9  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0768816  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1963  peptidase M56 BlaR1  28.05 
 
 		 330 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.321633  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1807  peptidase M56 BlaR1  30.48 
 
 		 328 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.817572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5967  peptidase M56 BlaR1  24.04 
 
 		 621 aa  43.5  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.627257 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0676  peptidase M23B  30.39 
 
 		 482 aa  43.1  0.006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4097  peptidase M56 BlaR1  30.47 
 
 		 324 aa  42.7  0.007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.486349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4387  peptidase M56, BlaR1  28.18 
 
 		 326 aa  42.4  0.009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.567369 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2000  peptidase M56, BlaR1  26.83 
 
 		 330 aa  42.4  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1016  peptidase M56 BlaR1  25.41 
 
 		 379 aa  42.4  0.01  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.196488  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07465  hypothetical protein  26.01 
 
 		 563 aa  42.4  0.01  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>