More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0287 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_0287  GAF sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
1160 aa  2350    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0022  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 
1356 aa  589  1e-166  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2112  Cache sensor hybrid histidine kinase  37.81 
 
 
1361 aa  584  1.0000000000000001e-165  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4696  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.41 
 
 
1917 aa  568  1e-160  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.257042  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4248  ATP-binding region ATPase domain protein  37.04 
 
 
1196 aa  556  1e-157  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0169  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.64 
 
 
1168 aa  547  1e-154  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5566  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 
1203 aa  548  1e-154  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0247633 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3786  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 
1155 aa  543  1e-153  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.42 
 
 
1713 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.280335  normal  0.123564 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4779  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.27 
 
 
1195 aa  538  1e-151  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.133558  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1989  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 
1937 aa  538  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1671  histidine kinase  35.79 
 
 
1937 aa  536  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3210  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 
1936 aa  537  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.596339  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1648  histidine kinase  34.05 
 
 
1374 aa  533  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.102759  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6441  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
1937 aa  533  1e-150  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3719  sensor histidine kinase  35.35 
 
 
1278 aa  533  1e-150  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2445  response regulator receiver  31.28 
 
 
1172 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00053345 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2076  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.91 
 
 
2107 aa  524  1e-147  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2642  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.03 
 
 
1216 aa  525  1e-147  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.974276  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3768  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.67 
 
 
1954 aa  525  1e-147  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2712  sensor histidine kinase/response regulator  33.74 
 
 
1170 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0587  ATP-binding region ATPase domain protein  32.98 
 
 
1161 aa  515  1e-144  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2080  sensor histidine kinase/response regulator fusion protein  35.15 
 
 
1158 aa  509  1e-143  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.264996 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3996  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.43 
 
 
1159 aa  511  1e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.374046  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1960  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.95 
 
 
1680 aa  509  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.529564  normal  0.0344276 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2646  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.37 
 
 
1163 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.898724 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0393  histidine kinase  33.39 
 
 
1200 aa  508  9.999999999999999e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.564913 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3761  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.77 
 
 
1155 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.358181  normal  0.485688 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1035  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.72 
 
 
1201 aa  505  1e-141  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2002  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.67 
 
 
1155 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00831305 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5353  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.99 
 
 
1143 aa  498  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.385348 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1942  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.38 
 
 
1038 aa  498  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2142  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.42 
 
 
1149 aa  497  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.694825  hitchhiker  0.00121197 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2587  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.95 
 
 
1158 aa  492  1e-137  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0626  histidine kinase  32.44 
 
 
1137 aa  488  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.42 
 
 
1155 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0647  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.24 
 
 
1137 aa  488  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4784  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.14 
 
 
1141 aa  486  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4210  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.4 
 
 
1165 aa  485  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.985282 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3548  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.83 
 
 
1942 aa  484  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3768  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.56 
 
 
1964 aa  479  1e-133  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.370442 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1000  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.14 
 
 
1161 aa  479  1e-133  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1073  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.82 
 
 
1158 aa  479  1e-133  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00830683  normal  0.406928 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5393  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.27 
 
 
2099 aa  473  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0480029  normal  0.0859175 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3354  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.92 
 
 
1189 aa  473  1e-132  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.426502  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9103  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.83 
 
 
1145 aa  474  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5109  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.83 
 
 
2099 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0669819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1031  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.13 
 
 
1131 aa  472  1.0000000000000001e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.768055  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6353  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.65 
 
 
1839 aa  469  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4316  sensor histidine kinase  31.83 
 
 
1695 aa  463  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.946527 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2257  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.26 
 
 
1162 aa  460  9.999999999999999e-129  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1135  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.29 
 
 
1142 aa  462  9.999999999999999e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0522922  normal  0.044499 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1136  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.63 
 
 
1896 aa  460  9.999999999999999e-129  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.270239  normal  0.51439 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1737  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.53 
 
 
1037 aa  462  9.999999999999999e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476029  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0325  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.72 
 
 
2037 aa  449  1.0000000000000001e-124  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5629  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.98 
 
 
2010 aa  446  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.117507 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1216  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.06 
 
 
1194 aa  434  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.469894 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2473  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.99 
 
 
1792 aa  429  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.443525 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3648  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.08 
 
 
1237 aa  375  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.289797  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3493  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.09 
 
 
1782 aa  356  1e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0298684  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0540  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.97 
 
 
1816 aa  343  1e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.46685  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0185  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.53 
 
 
1214 aa  340  9.999999999999999e-92  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.467777  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0401  sensor histidine kinase/response regulator  32.2 
 
 
1392 aa  336  2e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.15 
 
 
1271 aa  332  2e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152151  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2180  GAF sensor hybrid histidine kinase  28.79 
 
 
922 aa  332  3e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.238731  normal  0.0123004 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0900  sensor histidine kinase  33.89 
 
 
896 aa  329  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4266  sensor histidine kinase/response regulator  29.1 
 
 
896 aa  328  5e-88  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000252034 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1072  sensor histidine kinase/response regulator  33.84 
 
 
896 aa  327  9e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.88167e-43 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0917  sensor histidine kinase  33.54 
 
 
896 aa  325  3e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1163  sensor histidine kinase/response regulator  28.43 
 
 
896 aa  325  4e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1037  sensor histidine kinase/response regulator  33.49 
 
 
896 aa  324  7e-87  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0286  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.87 
 
 
1406 aa  323  8e-87  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1090  sensor histidine kinase/response regulator  33.54 
 
 
896 aa  323  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.358618  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0932  sensor histidine kinase/response regulator  33.38 
 
 
896 aa  322  3e-86  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0996  sensor histidine kinase/response regulator  33.38 
 
 
896 aa  322  3e-86  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0907  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 
896 aa  321  6e-86  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2644  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.66 
 
 
1303 aa  320  7.999999999999999e-86  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.229306  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6993  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 
1159 aa  320  1e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.922616  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1267  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.84 
 
 
916 aa  315  2.9999999999999996e-84  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0666  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.93 
 
 
1400 aa  315  3.9999999999999997e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.982341 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4049  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.3 
 
 
1406 aa  312  2e-83  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0144  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.91 
 
 
1119 aa  313  2e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3831  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.4 
 
 
1177 aa  305  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.195944  normal  0.0220401 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1053  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.19 
 
 
1458 aa  300  1e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3009  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.33 
 
 
920 aa  300  1e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.59521  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1722  histidine kinase  31.36 
 
 
1361 aa  298  3e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.169999 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1943  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.89 
 
 
1468 aa  296  1e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4122  GAF sensor hybrid histidine kinase  29.93 
 
 
1853 aa  296  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4253  GAF sensor hybrid histidine kinase  29.81 
 
 
1843 aa  296  2e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4276  GAF sensor hybrid histidine kinase  29.81 
 
 
1847 aa  295  3e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2495  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.43 
 
 
1362 aa  294  8e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5091  GAF sensor hybrid histidine kinase  29.88 
 
 
1479 aa  285  4.0000000000000003e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.493325  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5171  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.23 
 
 
1857 aa  281  4e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.472035  normal  0.0675906 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5390  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 
1195 aa  280  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.596605  hitchhiker  0.00757911 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1555  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.94 
 
 
1172 aa  278  6e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0698206 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3328  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.3 
 
 
1482 aa  277  9e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4117  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.7 
 
 
1588 aa  276  1.0000000000000001e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0887298  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4523  GAF sensor hybrid histidine kinase  28.86 
 
 
1179 aa  271  4e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.522992  decreased coverage  0.00180703 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4103  ATPase domain-containing protein  29.77 
 
 
1179 aa  266  2e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.972573  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5202  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.94 
 
 
1478 aa  259  2e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0874625 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>