More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0181 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
202 aa  401  1e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1347  Holliday junction DNA helicase RuvA  59.2 
 
 
199 aa  234  8e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119387  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1915  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.02 
 
 
201 aa  171  7.999999999999999e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2204  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.57 
 
 
201 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.78 
 
 
205 aa  157  9e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.23 
 
 
205 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.23 
 
 
205 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.23 
 
 
205 aa  157  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1333  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.9 
 
 
203 aa  156  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000329731  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2033  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.78 
 
 
205 aa  155  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00030841  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.75 
 
 
205 aa  155  4e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.23 
 
 
205 aa  155  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.26 
 
 
205 aa  154  7e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.26 
 
 
205 aa  154  7e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.26 
 
 
205 aa  154  7e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.26 
 
 
205 aa  154  7e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.59 
 
 
200 aa  153  2e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.59 
 
 
200 aa  153  2e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0086  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.35 
 
 
192 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0904  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.72 
 
 
195 aa  151  7e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2363  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.81 
 
 
205 aa  149  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00132923  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1661  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.09 
 
 
199 aa  148  5e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133352  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1453  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.79 
 
 
187 aa  147  7e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.112528  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1110  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.89 
 
 
203 aa  146  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
201 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1797  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.76 
 
 
214 aa  146  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113537 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
201 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.58 
 
 
204 aa  145  4.0000000000000006e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.22 
 
 
203 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.35 
 
 
205 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.71 
 
 
211 aa  145  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2572  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.38 
 
 
205 aa  144  7.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0232474  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_384  Holliday junction DNA helicase  41.5 
 
 
194 aa  144  1e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0442  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.5 
 
 
194 aa  143  2e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0028  Holliday junction DNA helicase  39 
 
 
199 aa  143  2e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.591728 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1446  hypothetical protein  39.51 
 
 
194 aa  142  3e-33  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0419  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.4 
 
 
194 aa  141  5e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.3 
 
 
200 aa  141  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3832  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.11 
 
 
194 aa  141  6e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.35 
 
 
205 aa  141  8e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0718  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.89 
 
 
207 aa  140  9e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157437  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  37.93 
 
 
206 aa  140  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.81 
 
 
202 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.82 
 
 
202 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2144  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.92 
 
 
204 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0379489  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.6 
 
 
199 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003923  holliday junction DNA helicase RuvA  36.41 
 
 
203 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00197305  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2031  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.92 
 
 
204 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000338953  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2421  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.92 
 
 
204 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0480934  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0389  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.8 
 
 
200 aa  139  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174867  normal  0.0250824 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1705  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.49 
 
 
209 aa  139  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.275173  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.6 
 
 
199 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0112  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.19 
 
 
201 aa  138  4.999999999999999e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.63 
 
 
205 aa  137  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.5 
 
 
201 aa  138  7e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.63 
 
 
205 aa  137  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.63 
 
 
205 aa  137  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  38.92 
 
 
206 aa  137  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.13 
 
 
205 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.32 
 
 
199 aa  136  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07040  Holliday junction DNA helicase, RuvA subunit  39.2 
 
 
197 aa  136  2e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00385536  normal  0.295964 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0313  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.55 
 
 
196 aa  136  2e-31  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.178792  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.41 
 
 
209 aa  136  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.49 
 
 
199 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01600  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.14 
 
 
223 aa  135  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  38.12 
 
 
203 aa  135  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  38.12 
 
 
203 aa  135  4e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2109  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.62 
 
 
203 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.434147  normal  0.12473 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2054  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.62 
 
 
203 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  0.142265 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1888  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.61 
 
 
206 aa  135  4e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.949715  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.12 
 
 
203 aa  135  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1353  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.62 
 
 
203 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  hitchhiker  0.00521266 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.12 
 
 
203 aa  135  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1229  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.62 
 
 
203 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0100145  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.12 
 
 
203 aa  135  5e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.12 
 
 
203 aa  135  5e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.12 
 
 
203 aa  135  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.12 
 
 
203 aa  135  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.12 
 
 
203 aa  135  5e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
197 aa  134  6.0000000000000005e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.29 
 
 
202 aa  134  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2049  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.62 
 
 
203 aa  134  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774525  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.93 
 
 
199 aa  134  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.93 
 
 
199 aa  134  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
202 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0269  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.13 
 
 
204 aa  134  9.999999999999999e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0310  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.09 
 
 
194 aa  134  9.999999999999999e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.966825  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4506  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.68 
 
 
205 aa  132  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0564328  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4316  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.68 
 
 
205 aa  132  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00104076  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4154  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.68 
 
 
205 aa  132  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000374115  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4165  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.68 
 
 
205 aa  132  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000436229  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4555  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.68 
 
 
205 aa  132  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00127574  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1437  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.45 
 
 
204 aa  132  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000146819  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4500  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.68 
 
 
541 aa  132  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000049576 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4651  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.68 
 
 
205 aa  132  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00216004  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  35.64 
 
 
204 aa  132  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1112  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.36 
 
 
197 aa  132  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.810212  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3138  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.18 
 
 
205 aa  132  5e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000211786  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1222  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.3 
 
 
201 aa  131  6e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.550433  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.61 
 
 
198 aa  131  6e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>