More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0042 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0042  small GTP-binding protein  100 
 
 		 400 aa  815    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2081  small GTP-binding protein  67 
 
 		 416 aa  546  1e-154  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000627073  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0683  small GTP-binding protein  60.4 
 
 		 408 aa  489  1e-137  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00203334  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16490  iron-only hydrogenase maturation protein HydF  58.5 
 
 		 416 aa  480  1e-134  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.520712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0473  small GTP-binding protein  59.25 
 
 		 403 aa  472  1e-132  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0038153  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0318  small GTP-binding protein domain-containing protein  56.36 
 
 		 402 aa  466  9.999999999999999e-131  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0183  small GTP-binding protein  56.39 
 
 		 408 aa  457  1e-127  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1277  small GTP-binding protein domain-containing protein  54.7 
 
 		 405 aa  453  1.0000000000000001e-126  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.038791  hitchhiker  0.00000385407 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2152  small GTP-binding protein  56.86 
 
 		 409 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1243  small GTP-binding protein  56.19 
 
 		 425 aa  448  1.0000000000000001e-124  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0165  small GTP-binding protein  54.21 
 
 		 427 aa  440  9.999999999999999e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1569  small GTP-binding protein  55.14 
 
 		 407 aa  427  1e-118  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.627873  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1843  small GTP-binding protein  51.74 
 
 		 422 aa  417  9.999999999999999e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.606792 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19310  small GTP-binding protein  51.38 
 
 		 411 aa  409  1e-113  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00194835  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2276  small GTP-binding protein domain-containing protein  51 
 
 		 400 aa  402  1e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1629  GTPases  50.63 
 
 		 416 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000232915  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1494  small GTP-binding protein  51.11 
 
 		 412 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3926  GTP-binding protein  50.26 
 
 		 394 aa  375  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0146  small GTP-binding protein  49.36 
 
 		 398 aa  376  1e-103  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0325934  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3256  small GTP-binding protein  49.62 
 
 		 412 aa  371  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00305193  hitchhiker  0.00001491 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0705  small GTP-binding protein  49.12 
 
 		 412 aa  370  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.131335  hitchhiker  0.000692522 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3103  small GTP-binding protein  46.58 
 
 		 396 aa  366  1e-100  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0475  small GTP-binding protein  47.07 
 
 		 404 aa  364  1e-99  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0490  small GTP-binding protein  47.07 
 
 		 404 aa  364  1e-99  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1387  small GTP-binding protein  45.75 
 
 		 410 aa  363  2e-99  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0245  small GTP-binding protein  46.82 
 
 		 403 aa  360  3e-98  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.31412  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1361  small GTP-binding protein  45.62 
 
 		 396 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.311924  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1862  small GTP-binding protein  44.27 
 
 		 398 aa  341  1e-92  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.803475  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2638  small GTP-binding protein  44.75 
 
 		 394 aa  326  5e-88  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0103  GTP-binding protein  41.46 
 
 		 440 aa  319  7e-86  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000228129  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0106  GTP-binding protein  41.46 
 
 		 440 aa  318  1e-85  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1501  small GTP-binding protein  42.64 
 
 		 408 aa  313  2.9999999999999996e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.206775  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0266  small GTP-binding protein  45.36 
 
 		 377 aa  298  8e-80  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.410874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0272  small GTP-binding protein  41.97 
 
 		 382 aa  271  1e-71  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.934792  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1098  small GTP-binding protein domain-containing protein  41.71 
 
 		 262 aa  172  7.999999999999999e-42  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  38.22 
 
 		 458 aa  90.9  3e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  37.58 
 
 		 458 aa  88.6  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  37.65 
 
 		 461 aa  87  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4200  tRNA modification GTPase TrmE  33.54 
 
 		 448 aa  83.2  0.000000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0153583 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2824  tRNA modification GTPase TrmE  31.33 
 
 		 446 aa  82.8  0.000000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0193  GTP-binding protein EngA  35.58 
 
 		 495 aa  79.7  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  29.49 
 
 		 452 aa  79.3  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1159  GTP-binding protein EngA  34.68 
 
 		 436 aa  78.2  0.0000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.427593  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3097  tRNA modification GTPase TrmE  32.3 
 
 		 464 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.151562  normal  0.0117151 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3213  tRNA modification GTPase TrmE  32.3 
 
 		 489 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03489  tRNA modification GTPase TrmE  32.92 
 
 		 446 aa  77  0.0000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2547  tRNA modification GTPase TrmE  32.3 
 
 		 464 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0461446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3161  tRNA modification GTPase TrmE  32.3 
 
 		 464 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.399046  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0825  tRNA modification GTPase TrmE  37.09 
 
 		 442 aa  77  0.0000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1291  GTP-binding protein Era  31.06 
 
 		 449 aa  77  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.537318 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3179  tRNA modification GTPase TrmE  32.3 
 
 		 464 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0373252  hitchhiker  0.000409063 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0062  GTP-binding protein EngA  32.52 
 
 		 455 aa  76.6  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  32.47 
 
 		 479 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  32.47 
 
 		 453 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  32.47 
 
 		 453 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0490  small GTP-binding protein  33.93 
 
 		 429 aa  75.5  0.000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3429  tRNA modification GTPase TrmE  38.46 
 
 		 461 aa  75.9  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000224644  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6518  tRNA modification GTPase TrmE  32.3 
 
 		 464 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  32.47 
 
 		 453 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1753  ribosome-associated GTPase EngA  30.86 
 
 		 477 aa  75.5  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1783  tRNA modification GTPase TrmE  36.42 
 
 		 454 aa  75.1  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.028326  normal  0.377376 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  32.47 
 
 		 457 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3152  tRNA modification GTPase TrmE  31.68 
 
 		 464 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000246642 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  33.12 
 
 		 453 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  33.12 
 
 		 453 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3161  tRNA modification GTPase TrmE  32.73 
 
 		 471 aa  74.7  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.258894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  33.12 
 
 		 453 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2181  GTP-binding protein Era  31.68 
 
 		 451 aa  74.3  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1224  ribosome-associated GTPase EngA  34.85 
 
 		 447 aa  74.3  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  33.12 
 
 		 453 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  34.21 
 
 		 455 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2365  tRNA modification GTPase TrmE  30.67 
 
 		 459 aa  74.3  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  34.48 
 
 		 446 aa  73.9  0.000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2008  GTP-binding protein EngA  32.12 
 
 		 438 aa  74.3  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1726  GTP-binding protein EngA  32.12 
 
 		 438 aa  74.3  0.000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.138722  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0435  GTP-binding protein EngA  30.17 
 
 		 460 aa  73.9  0.000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1036  tRNA modification GTPase TrmE  35.76 
 
 		 442 aa  73.9  0.000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.788526  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  34.93 
 
 		 446 aa  73.9  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2143  tRNA modification GTPase TrmE  33.72 
 
 		 478 aa  73.6  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0104732  hitchhiker  0.000152188 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  32.3 
 
 		 447 aa  73.9  0.000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0409  GTP-binding protein EngA  30.17 
 
 		 460 aa  73.9  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  34.87 
 
 		 455 aa  73.6  0.000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1336  tRNA modification GTPase TrmE  33.56 
 
 		 441 aa  73.6  0.000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5049  tRNA modification GTPase TrmE  33.13 
 
 		 471 aa  73.2  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0840037  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2137  tRNA modification GTPase TrmE  38.02 
 
 		 461 aa  72.8  0.000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.075642 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2632  small GTP-binding protein  29.63 
 
 		 434 aa  72.4  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3096  tRNA modification GTPase TrmE  31.29 
 
 		 466 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000134747 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1348  GTP-binding protein EngA  30 
 
 		 439 aa  72.8  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.124719  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09700  small GTP-binding protein domain/GTP-binding conserved hypothetical protein  29.94 
 
 		 438 aa  72.8  0.00000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.253075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0979  tRNA modification GTPase TrmE  35.76 
 
 		 442 aa  72.4  0.00000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.523955  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  32.47 
 
 		 453 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0392  GTP-binding protein EngA  31.3 
 
 		 494 aa  72.4  0.00000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0751  GTP-binding protein EngA  28.65 
 
 		 440 aa  72.8  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  32.03 
 
 		 454 aa  72.4  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2233  tRNA modification GTPase TrmE  31.74 
 
 		 461 aa  72.8  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  33.12 
 
 		 453 aa  72  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_002950  PG2143  GTP-binding protein EngA  34.96 
 
 		 437 aa  72  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  33.12 
 
 		 453 aa  72  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0053  GTP-binding protein EngA  37.1 
 
 		 460 aa  71.6  0.00000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6368  tRNA modification GTPase TrmE  33.55 
 
 		 455 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>