More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0004 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1942 aa  3954    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  59.9 
 
 		 1959 aa  2044    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  89.61 
 
 		 1917 aa  3094    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  79.09 
 
 		 1840 aa  2881    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  90.57 
 
 		 1669 aa  3079    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  28.5 
 
 		 2096 aa  423  1e-116  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  27.42 
 
 		 3027 aa  417  1e-114  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  27.46 
 
 		 2035 aa  339  1.9999999999999998e-91  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  25.55 
 
 		 2149 aa  328  6e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  27.68 
 
 		 1271 aa  327  2e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  24.74 
 
 		 2277 aa  306  3.0000000000000004e-81  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  29.96 
 
 		 2942 aa  305  6.000000000000001e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  26.56 
 
 		 1352 aa  273  2.9999999999999997e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  25.05 
 
 		 3273 aa  254  1e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  26.18 
 
 		 1485 aa  246  3e-63  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  24.6 
 
 		 1953 aa  244  1e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  26.34 
 
 		 1614 aa  241  8e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  22.78 
 
 		 3689 aa  235  5e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  26.98 
 
 		 1600 aa  228  7e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  28.74 
 
 		 3193 aa  221  7.999999999999999e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  25.7 
 
 		 1520 aa  221  8.999999999999998e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  24.03 
 
 		 2731 aa  221  1e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  26.1 
 
 		 1550 aa  219  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  26.28 
 
 		 1547 aa  217  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  26.24 
 
 		 1527 aa  215  5.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  24.84 
 
 		 1384 aa  214  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  28.52 
 
 		 2003 aa  212  7e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  26.21 
 
 		 1572 aa  211  8e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  25.69 
 
 		 1551 aa  210  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  25.44 
 
 		 1560 aa  208  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  25.7 
 
 		 1586 aa  206  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  25.7 
 
 		 1595 aa  204  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5146  YD repeat-containing protein  22.27 
 
 		 2374 aa  204  1.9999999999999998e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  25.8 
 
 		 1611 aa  204  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  25.3 
 
 		 1467 aa  199  6e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  25.37 
 
 		 1576 aa  195  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  25.1 
 
 		 1390 aa  192  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  24.66 
 
 		 1381 aa  191  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  26.76 
 
 		 2294 aa  191  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  24.33 
 
 		 1259 aa  189  3e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  23.93 
 
 		 1488 aa  189  5e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  23.43 
 
 		 1197 aa  188  8e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  25.56 
 
 		 1568 aa  187  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.02 
 
 		 1552 aa  187  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  24.02 
 
 		 1543 aa  185  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  24.25 
 
 		 1593 aa  183  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  23.83 
 
 		 1485 aa  182  4e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  24.22 
 
 		 1508 aa  182  5.999999999999999e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  25.61 
 
 		 924 aa  182  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  24.32 
 
 		 3073 aa  181  1e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  23.94 
 
 		 1518 aa  178  9e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  24.12 
 
 		 1464 aa  176  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  25.29 
 
 		 1446 aa  176  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  24.43 
 
 		 1517 aa  176  5e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  22.35 
 
 		 1609 aa  176  5e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  25.29 
 
 		 1362 aa  175  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  24.59 
 
 		 1531 aa  174  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  24.8 
 
 		 1579 aa  173  3e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1130  wall-associated protein  28.6 
 
 		 2225 aa  173  3e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.490053  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  24.72 
 
 		 1428 aa  173  3e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  23.5 
 
 		 1639 aa  170  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  22.29 
 
 		 1492 aa  170  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  24.7 
 
 		 927 aa  170  2.9999999999999998e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  23.23 
 
 		 1673 aa  169  5e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  23.97 
 
 		 1385 aa  169  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  24.73 
 
 		 1495 aa  168  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  24.69 
 
 		 1565 aa  167  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  24.69 
 
 		 1565 aa  167  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1201  wall associated protein, putative  26.73 
 
 		 2246 aa  167  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.491377  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1275  wall-associated protein, putative  29.37 
 
 		 2221 aa  167  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  22.42 
 
 		 1466 aa  166  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  23.31 
 
 		 1679 aa  166  4.0000000000000004e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  26.76 
 
 		 738 aa  165  6e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1253  wall-associated protein  28.25 
 
 		 765 aa  165  7e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  27.1 
 
 		 1433 aa  165  9e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  25 
 
 		 1400 aa  165  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  23.55 
 
 		 1434 aa  164  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  27.86 
 
 		 678 aa  163  4e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  22.59 
 
 		 6272 aa  161  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  23.51 
 
 		 1528 aa  160  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  22.17 
 
 		 1527 aa  160  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  27.33 
 
 		 1732 aa  160  3e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  24.65 
 
 		 1409 aa  159  7e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  23.12 
 
 		 1541 aa  159  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  23.12 
 
 		 1541 aa  158  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  24.25 
 
 		 1410 aa  158  8e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  26.49 
 
 		 690 aa  158  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  22.3 
 
 		 1763 aa  157  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  22.93 
 
 		 1381 aa  157  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  23.1 
 
 		 1573 aa  157  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  23.12 
 
 		 1541 aa  156  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  23.01 
 
 		 1541 aa  156  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3017  YD repeat-containing protein  24.32 
 
 		 1149 aa  156  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  23.01 
 
 		 1541 aa  156  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  23.01 
 
 		 1541 aa  156  4e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3445  wall-associated protein  28.72 
 
 		 2178 aa  156  5e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837931  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  24.35 
 
 		 866 aa  155  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  23.31 
 
 		 1626 aa  155  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0160  YD repeat protein  26.28 
 
 		 2658 aa  155  8e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  24.97 
 
 		 1411 aa  154  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>