More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Csal_R0074 on replicon NC_007963
Organism: Chromohalobacter salexigens DSM 3043



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0025  tRNA-Leu  90.59 
 
 
85 bp  105  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.330204  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0050  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R53  tRNA-Leu  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.9371 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t43  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0642422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3504  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0020  tRNA-Leu  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24589  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4585  tRNA-Leu  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0022  tRNA-Leu  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60230  tRNA-Leu  87.8 
 
 
82 bp  83.8  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41320  tRNA-Leu  87.8 
 
 
82 bp  83.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73657  normal  0.390973 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0022  tRNA-Leu  88.46 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0030  tRNA-Leu  87.06 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.551474  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  87.34 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  87.34 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  87.34 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0004  tRNA-Leu  92.59 
 
 
82 bp  75.8  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.446366  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0120  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00172985  normal  0.187402 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0002  tRNA-Leu  92.59 
 
 
82 bp  75.8  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.318863  normal  0.56109 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0130  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584266  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0133  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000286761  normal  0.279281 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0124  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141518  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0127  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000102689  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0128  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00106969  normal  0.52847 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  89.39 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0115  tRNA-Leu  89.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000122421  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0041  tRNA-Leu  85.88 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.264208 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0107  tRNA-Leu  89.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109808  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0104  tRNA-Leu  89.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000390142  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t019  tRNA-Leu  89.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0031  tRNA-Leu  88.89 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.9705100000000005e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0032  tRNA-Leu  88.89 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209696  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t014  tRNA-Leu  89.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000624241  hitchhiker  0.000000000488126 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0031  tRNA-Leu  89.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0100  tRNA-Leu  89.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000931181  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0124  tRNA-Leu  89.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00204049  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0042  tRNA-Leu  95.56 
 
 
82 bp  73.8  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.105612  normal  0.123579 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0033  tRNA-Leu  89.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000505134  normal  0.14321 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0037  tRNA-Leu  89.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000519454  normal  0.148568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0034  tRNA-Leu  89.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000179854  normal  0.115675 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0038  tRNA-Leu  89.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000710628  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0039  tRNA-Leu  89.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000435375  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0032  tRNA-Leu  89.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000103773  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0036  tRNA-Leu  89.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000195889  normal  0.0261952 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0039  tRNA-Leu  86.25 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00836126  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  89.06 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0099  tRNA-Leu  88.1 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.116508  normal  0.84635 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0038  tRNA-Leu  86.25 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00398477  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0055  tRNA-Leu  87.34 
 
 
84 bp  69.9  0.00000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.796576  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  86.08 
 
 
85 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tLeu02  tRNA-Leu  85.54 
 
 
85 bp  69.9  0.00000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.453597  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  93.48 
 
 
81 bp  67.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0040  tRNA-Leu  93.48 
 
 
81 bp  67.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  87.88 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000908106  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  87.88 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0053  tRNA-Leu  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.177582  normal  0.0218771 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t015  tRNA-Leu  87.69 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0119  tRNA-Leu  87.69 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110809  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0128  tRNA-Leu  87.69 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0038  tRNA-Leu  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.544461  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  93.33 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0068  tRNA-Leu  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000622539  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t010  tRNA-Leu  87.69 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000827659  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0111  tRNA-Leu  87.69 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000389505  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0123  tRNA-Leu  93.33 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  86.11 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0025  tRNA-Leu  87.5 
 
 
82 bp  63.9  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  84.81 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0039  tRNA-Leu  87.3 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.32934  normal  0.56241 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  84.81 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0107  tRNA-Leu  93.02 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.57373  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0021  tRNA-Leu  91.49 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.10172  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  84.81 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0122  tRNA-Leu  93.02 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000181545  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  87.1 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  87.1 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0094  tRNA-Leu  97.06 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0029  tRNA-Leu  95.24 
 
 
84 bp  60  0.00000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0406184  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0073  tRNA-Leu  97.06 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.218287  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1580  tRNA-Leu  91.3 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1615  tRNA-Leu  91.3 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.622416 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0625  tRNA-Leu  92.86 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00420103  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0070  tRNA-Leu  97.06 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.436303  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna133  tRNA-Leu  83.53 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0002  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0422651  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0036  tRNA-Leu  86.89 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0055  tRNA-Leu  91.11 
 
 
82 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.143811  hitchhiker  0.0000015114 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00313005  normal  0.455942 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0003  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277294  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>