More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0093 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0093  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0096  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.434013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0094  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0059  tRNA-Asp  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.938712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2259  tRNA-Asp  98.36 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.169626  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  95.65 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  95.65 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2219  tRNA-Asp  98.36 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Asp-2  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.520938  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  94.2 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1156  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00893597  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2178  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1160  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0165656  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2182  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1734  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000527786  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1738  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000457664  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0038  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0051  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000613833  normal  0.325471 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000370726  hitchhiker  0.000000254524 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2259  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00453346  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2260  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00104987  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2261  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000972867  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2262  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0143888  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t001  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t053  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t102  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0026  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0039  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000226797  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0045  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115238  normal  0.0333455 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0048  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000361323  normal  0.0154574 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0032  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.167731 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0042  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000507757  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0030  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0050  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000259699  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0018  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.130391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0041  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109501  normal  0.0527209 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0018  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0114  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0124  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0027  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000248152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0041  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0000325058  normal  0.507644 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0158  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0016  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.034253  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0004  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.372238  hitchhiker  0.00144913 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0019  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000445716 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0103  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118993  normal  0.0723976 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0104  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103964  normal  0.0748014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0004  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.253522  hitchhiker  0.00233636 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0103  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000505774  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0104  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000485826  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0138  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0021  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000252162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0082  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000638289  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0083  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116842  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0130  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.511088  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0049  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.256681  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0052  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000247942  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0029  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0847414 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0027  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00239727  normal  0.0594729 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00246  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0018  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0004  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00373  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0022  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000352228  hitchhiker  0.00000353756 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0047  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000477067  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0012  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0364761 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0100  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000567752  hitchhiker  0.00319693 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0101  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000609189  hitchhiker  0.00329166 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0505  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00547208  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0018  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00473987  normal  0.433792 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0078  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000246729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0108  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00436109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0129  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0024  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000320512  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0025  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000839406  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0026  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000028925  normal  0.89976 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0027  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000271545  normal  0.890927 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0028  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000281515  normal  0.867908 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0047  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000429092  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0050  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000296648  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0024  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0281562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0027  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0290112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0019  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0571821  normal  0.107747 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0021  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0325051  normal  0.108203 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0080  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000081344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0079  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000855359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0046  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000017154  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0044  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0294288  normal  0.154046 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0008  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0004  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.660889  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0114  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0007  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0041  tRNA-Asp  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000101983  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>