297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0001 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0058  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0011  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0076  tRNA-Pro  94.67 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000227874  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0049  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.757916 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0051  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0049  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.197597  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0021  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.18962 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0051  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0004  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0008  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0013  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPro01  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113997 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPro02  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.112486 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0030  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13670  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.11068  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0031  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0050  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0041  tRNA-Pro  94 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000127927 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0046  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.372739  normal  0.328278 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0008  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0043  tRNA-Pro  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0225474  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  91.84 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309374  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309096  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 69 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.185  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05971  hypothetical protein  93.18 
 
 		 207 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0437067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0050  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166899  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0031  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000674228  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0027  tRNA-OTHER  91.11 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0083  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0051  tRNA-Pro  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0031  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000153307  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>