More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_7238 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_7238  MATE efflux family protein  100 
 
 
450 aa  897    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.866766  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2156  MATE efflux family protein  58.69 
 
 
451 aa  525  1e-148  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.540946 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09173  MATE efflux family protein  39.28 
 
 
457 aa  337  2.9999999999999997e-91  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0723  multidrug resistance protein  40.55 
 
 
454 aa  324  2e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1767  MATE efflux family protein  36.64 
 
 
462 aa  308  1.0000000000000001e-82  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5025  MATE efflux family protein  38.33 
 
 
461 aa  306  5.0000000000000004e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.274377  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6519  MATE efflux family protein  37.7 
 
 
466 aa  275  1.0000000000000001e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2515  MATE efflux family protein  37.07 
 
 
442 aa  270  5e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1494  MATE efflux family protein  38.16 
 
 
451 aa  268  1e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3887  multi anti extrusion protein MatE  33.03 
 
 
466 aa  218  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0845713 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1750  multidrug efflux protein  33.63 
 
 
457 aa  216  5e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000919244  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1856  multidrug efflux protein  33.63 
 
 
457 aa  216  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2579  multidrug efflux protein  33.63 
 
 
457 aa  216  5.9999999999999996e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.966509  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1930  MATE efflux family protein  30.66 
 
 
460 aa  213  4.9999999999999996e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.135248  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1736  MATE efflux family protein  32.48 
 
 
472 aa  211  2e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.282832  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003524  multidrug efflux protein NorM  32.09 
 
 
456 aa  211  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02236  multidrug efflux protein  31.93 
 
 
456 aa  209  6e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2189  multidrug efflux protein  32.74 
 
 
458 aa  204  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321419  hitchhiker  0.00000631963 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1783  multidrug efflux protein  31.98 
 
 
457 aa  204  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00383484 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1225  multidrug efflux pump, NorM, MATE family  32.64 
 
 
455 aa  203  5e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000329619  normal  0.0233556 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5517  multidrug efflux protein NorA  32.03 
 
 
464 aa  203  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0650  MATE efflux family protein  32.43 
 
 
458 aa  200  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1382  multidrug efflux protein  31.21 
 
 
460 aa  199  7.999999999999999e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.13512  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0440  MATE efflux family protein  29.57 
 
 
470 aa  199  9e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.589921  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4023  putative transporter  32.13 
 
 
477 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343891  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46680  putative transporter  32.13 
 
 
477 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.013844  hitchhiker  0.0000129498 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1907  MATE efflux family protein  31.67 
 
 
457 aa  197  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0742597  normal  0.100602 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1712  multidrug efflux protein  29.73 
 
 
457 aa  197  4.0000000000000005e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0162  MATE efflux family protein  30.75 
 
 
486 aa  197  4.0000000000000005e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1356  MATE efflux family protein  32.04 
 
 
461 aa  196  8.000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2675  multidrug efflux protein  30.93 
 
 
457 aa  196  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1166  MATE efflux family protein  32.57 
 
 
455 aa  195  1e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0236579  normal  0.0144354 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0355  putative multidrug resistance protein NorM  30.47 
 
 
471 aa  195  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.277827  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1050  MATE efflux family protein  29.98 
 
 
462 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.456746 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2391  multidrug efflux protein  30.18 
 
 
457 aa  195  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.346064  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0612  MATE efflux family protein  29.98 
 
 
462 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1091  MATE efflux family protein  29.98 
 
 
462 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.427191  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0339  multidrug resistance protein NorM, putative  30.47 
 
 
471 aa  194  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0255  multidrug efflux protein NorA  32.49 
 
 
461 aa  193  4e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1277  MATE efflux family protein  30.53 
 
 
480 aa  193  5e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4204  multi anti extrusion protein MatE  29.86 
 
 
462 aa  193  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0638116  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0454  MATE efflux family protein  29.28 
 
 
477 aa  193  5e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0967  MATE efflux family protein  29.75 
 
 
462 aa  193  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1680  multidrug efflux protein  29.82 
 
 
457 aa  193  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1146  multidrug efflux protein  30.14 
 
 
461 aa  193  6e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.292586  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2346  MATE efflux family protein  30.11 
 
 
460 aa  193  6e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458496 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3583  MATE efflux family protein  32.33 
 
 
438 aa  192  8e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.662735  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01634  multidrug efflux protein NorM  32.58 
 
 
457 aa  192  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.900215  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01624  hypothetical protein  32.58 
 
 
457 aa  192  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1743  multidrug efflux protein  32.58 
 
 
457 aa  192  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000609014  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1966  multidrug efflux protein  32.58 
 
 
457 aa  192  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000267108 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0971  MATE efflux family protein  29.75 
 
 
462 aa  192  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500099  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5262  multidrug efflux protein NorA  31.17 
 
 
462 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00407645  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1861  multidrug efflux protein  32.36 
 
 
457 aa  191  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000216071  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4308  MATE efflux family protein  31.4 
 
 
470 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2376  multidrug efflux protein  32.29 
 
 
457 aa  191  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000568736  normal  0.0171948 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1877  multidrug efflux protein  32.36 
 
 
457 aa  191  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000154294  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1977  MATE efflux family protein  32.36 
 
 
457 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000001739  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1534  multidrug efflux protein  32.36 
 
 
457 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00445038  hitchhiker  0.00117159 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1935  MATE efflux family protein  30.22 
 
 
460 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.18016  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2295  MATE efflux family protein  32.21 
 
 
459 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2226  MATE efflux family protein  32.29 
 
 
459 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00326481  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1686  multidrug resistance protein NorM, putative  29.57 
 
 
464 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.712622  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2025  MATE efflux family protein  31.77 
 
 
459 aa  188  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0331062  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2031  MATE efflux family protein  32.72 
 
 
453 aa  188  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2212  MATE efflux family protein  29.08 
 
 
462 aa  188  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.520618  normal  0.988059 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2236  multidrug efflux protein  32.86 
 
 
453 aa  187  3e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1558  multidrug efflux protein  30.79 
 
 
457 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554893  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2039  MATE efflux family protein  31.77 
 
 
459 aa  187  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017072  normal  0.0193468 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2180  MATE efflux family protein  32.89 
 
 
459 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0347307  hitchhiker  0.00809884 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2144  MATE efflux family protein  32.14 
 
 
459 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00844779  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1019  MATE efflux family protein  30.56 
 
 
474 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2334  MATE efflux family protein  32.14 
 
 
459 aa  186  7e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0215455  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5314  multidrug efflux protein NorA  30.7 
 
 
462 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.133881 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1918  multidrug efflux protein  30.56 
 
 
457 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00462926  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2939  multidrug resistance protein  29.12 
 
 
468 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000251457  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1521  multidrug efflux protein  30.56 
 
 
457 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0251273  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1749  multidrug efflux protein  30.56 
 
 
457 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000456858  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2146  multidrug efflux protein  32.62 
 
 
453 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2021  MATE efflux family protein  32.06 
 
 
459 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.068877  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2117  MATE efflux family protein  30.43 
 
 
458 aa  184  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0110658  normal  0.0465778 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0502  multidrug resistance protein NorM, putative  29.12 
 
 
468 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00841305  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2770  multidrug efflux pump NorM  29.12 
 
 
468 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00327808  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0797  MATE efflux family protein  30.41 
 
 
463 aa  184  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.158372 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2885  multidrug efflux pump NorM  29.12 
 
 
468 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.132426  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2511  multidrug efflux pump NorM  29.12 
 
 
468 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0112614  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1951  MATE efflux family protein  31.39 
 
 
459 aa  184  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000663691  normal  0.290024 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1835  multidrug efflux pump NorM  29.12 
 
 
468 aa  184  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.143849  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0755  MATE efflux family protein  28.67 
 
 
456 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0124459  normal  0.621342 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1761  MATE efflux family protein  30.75 
 
 
453 aa  183  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.129666  normal  0.0637882 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04042  multidrug efflux protein  32.11 
 
 
441 aa  182  8.000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1117  MATE efflux family protein  30.56 
 
 
483 aa  182  1e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.860788 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2824  Na+-driven multidrug efflux pump  29.12 
 
 
468 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.338684  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1856  multidrug efflux protein  30.33 
 
 
455 aa  182  1e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.30191  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1535  multidrug efflux protein  30.34 
 
 
457 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1263  MATE efflux family protein  28.03 
 
 
467 aa  182  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0813234  normal  0.914064 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1109  multidrug efflux protein  30.16 
 
 
452 aa  182  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.654532  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4462  MATE efflux family protein  32.13 
 
 
470 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0073  multidrug efflux protein NorA  30.61 
 
 
460 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2268  MATE efflux family protein  30.3 
 
 
452 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.012169  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>