More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_7080 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_7080  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 416 aa  845    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1902  membrane-fusion protein  24.03 
 
 		 419 aa  113  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0558652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2737  membrane-fusion protein  25.71 
 
 		 420 aa  111  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1839  membrane-fusion protein  27.36 
 
 		 388 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00691456  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1470  membrane-fusion protein  26.9 
 
 		 394 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  25.85 
 
 		 403 aa  104  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.44 
 
 		 432 aa  100  7e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1840  membrane-fusion protein  23 
 
 		 429 aa  99.8  7e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0341971  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24 
 
 		 448 aa  94  4e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2738  membrane-fusion protein  25.81 
 
 		 399 aa  93.6  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1471  membrane-fusion protein  25.45 
 
 		 400 aa  89.4  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.18 
 
 		 448 aa  87  5e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  25.59 
 
 		 377 aa  84.3  0.000000000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  26.24 
 
 		 429 aa  82  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  24.88 
 
 		 402 aa  81.3  0.00000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.53 
 
 		 428 aa  81.3  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0987  secretion protein HlyD  22.82 
 
 		 419 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.71 
 
 		 598 aa  77  0.0000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.807091  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  25 
 
 		 394 aa  76.3  0.000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  26.79 
 
 		 360 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0769  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.98 
 
 		 322 aa  75.5  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.100875  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2149  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.58 
 
 		 409 aa  74.7  0.000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.111795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.02 
 
 		 360 aa  74.7  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  31.55 
 
 		 364 aa  73.9  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  24.35 
 
 		 509 aa  73.6  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1203  RND family efflux transporter MFP subunit  24.9 
 
 		 621 aa  73.6  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  24.13 
 
 		 372 aa  73.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  23.37 
 
 		 449 aa  73.2  0.000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  23.86 
 
 		 397 aa  72.8  0.00000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  23.88 
 
 		 372 aa  72  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4067  RND family efflux transporter MFP subunit  26.4 
 
 		 621 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  23.88 
 
 		 372 aa  72.4  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  23.88 
 
 		 372 aa  71.6  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1719  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.13 
 
 		 517 aa  71.6  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0477  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1675  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.5 
 
 		 608 aa  71.2  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  24.23 
 
 		 405 aa  70.9  0.00000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.69 
 
 		 368 aa  70.1  0.00000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0739  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.88 
 
 		 362 aa  69.3  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.941037  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2851  hypothetical protein  27.69 
 
 		 381 aa  69.3  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  24.41 
 
 		 607 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  30.61 
 
 		 399 aa  69.3  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2991  hypothetical protein  27.69 
 
 		 381 aa  68.2  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  23.38 
 
 		 372 aa  68.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  23.13 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  23.13 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  23.13 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  23.13 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0228  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.18 
 
 		 465 aa  68.2  0.0000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  23.38 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0336  secretion protein HlyD  28.48 
 
 		 324 aa  68.2  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0816826  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1838  multidrug resistance efflux pump-like protein  26.26 
 
 		 363 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000704068  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  23.38 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.38 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  23.28 
 
 		 370 aa  67.4  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  22.84 
 
 		 390 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  23.28 
 
 		 370 aa  67.4  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.55 
 
 		 663 aa  67.4  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  24.33 
 
 		 370 aa  67  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  23.13 
 
 		 371 aa  67  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  25.26 
 
 		 390 aa  67  0.0000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  23.33 
 
 		 371 aa  66.6  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  22.08 
 
 		 456 aa  66.6  0.0000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0558  secretion protein HlyD  23.53 
 
 		 360 aa  66.6  0.0000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.177986  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  22.28 
 
 		 431 aa  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13281  membrane fusion protein  24.23 
 
 		 353 aa  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.403546  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0747  secretion protein HlyD  23 
 
 		 357 aa  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.554021  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21240  multidrug resistance efflux pump  22.92 
 
 		 536 aa  66.2  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13141  membrane fusion protein  23.99 
 
 		 353 aa  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  27.62 
 
 		 354 aa  66.2  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1602  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 641 aa  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  23.19 
 
 		 394 aa  66.2  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1634  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 417 aa  65.5  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  26.92 
 
 		 352 aa  65.5  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1900  multidrug resistance efflux pump-like protein  23.19 
 
 		 331 aa  65.1  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24 
 
 		 360 aa  65.1  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 417 aa  65.1  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  26.78 
 
 		 373 aa  65.5  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1144  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.47 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000342468  normal  0.524577 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  21.74 
 
 		 411 aa  64.7  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0480  RND family efflux transporter MFP subunit  28.63 
 
 		 363 aa  64.7  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2739  multidrug resistance efflux pump-like protein  24.91 
 
 		 343 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1334  secretion protein HlyD  27.81 
 
 		 410 aa  64.3  0.000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.39 
 
 		 415 aa  63.9  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0621  RND family efflux transporter MFP subunit  26.53 
 
 		 311 aa  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000387759  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0322  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 		 353 aa  63.5  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0619651 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.8 
 
 		 415 aa  63.5  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.75 
 
 		 397 aa  63.9  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.38 
 
 		 424 aa  63.5  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336631 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15871  membrane fusion protein  23.32 
 
 		 357 aa  63.2  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  21.63 
 
 		 455 aa  63.2  0.000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0927  macrolide efflux protein MacA  23.17 
 
 		 399 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  22.59 
 
 		 371 aa  62.8  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0836  macrolide efflux protein MacA  23.35 
 
 		 435 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2186  macrolide efflux protein MacA  23.35 
 
 		 428 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0495  secretion protein HlyD  26.21 
 
 		 323 aa  62.8  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  23.86 
 
 		 407 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1532  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.71 
 
 		 415 aa  62.8  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  22.91 
 
 		 426 aa  62.8  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.32 
 
 		 427 aa  62  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1235  secretion protein HlyD  23.52 
 
 		 353 aa  62  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.681968  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>