179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6856 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  100 
 
 		 340 aa  712    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  57.59 
 
 		 383 aa  396  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  52.74 
 
 		 332 aa  366  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  54.49 
 
 		 375 aa  365  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  51.19 
 
 		 349 aa  362  6e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  53.73 
 
 		 348 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  54.35 
 
 		 348 aa  354  1e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  49.54 
 
 		 347 aa  350  2e-95  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  52.01 
 
 		 371 aa  347  1e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  53.46 
 
 		 346 aa  347  2e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  52.8 
 
 		 366 aa  345  7e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  52.17 
 
 		 366 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  54.08 
 
 		 344 aa  343  4e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  50 
 
 		 368 aa  337  9.999999999999999e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  50.88 
 
 		 351 aa  338  9.999999999999999e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  50.62 
 
 		 383 aa  334  1e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  50.62 
 
 		 383 aa  334  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  51.86 
 
 		 332 aa  333  2e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  51.95 
 
 		 338 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  51.99 
 
 		 338 aa  326  3e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  51.65 
 
 		 338 aa  325  5e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  48.66 
 
 		 358 aa  325  7e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  51.65 
 
 		 338 aa  322  5e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  47.48 
 
 		 342 aa  322  6e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  51.38 
 
 		 335 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  44.65 
 
 		 362 aa  310  2e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  49.08 
 
 		 382 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  47.35 
 
 		 332 aa  305  6e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  47.85 
 
 		 383 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  48.62 
 
 		 335 aa  302  5.000000000000001e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  48.32 
 
 		 350 aa  298  7e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  47.35 
 
 		 340 aa  297  2e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  43.75 
 
 		 328 aa  277  2e-73  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  45.91 
 
 		 340 aa  275  8e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  37.5 
 
 		 328 aa  259  5.0000000000000005e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  43.64 
 
 		 328 aa  259  6e-68  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  37.18 
 
 		 328 aa  254  1.0000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  36.22 
 
 		 328 aa  249  5e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  39.76 
 
 		 348 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  34.19 
 
 		 330 aa  241  2e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  37.94 
 
 		 344 aa  239  6.999999999999999e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  38.37 
 
 		 349 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  38.96 
 
 		 334 aa  230  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  38.87 
 
 		 336 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  37.77 
 
 		 337 aa  228  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  38.18 
 
 		 344 aa  227  3e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  38.46 
 
 		 348 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  37.98 
 
 		 351 aa  225  8e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  38.12 
 
 		 336 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  37.54 
 
 		 347 aa  224  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  37.61 
 
 		 356 aa  222  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  37.39 
 
 		 337 aa  222  6e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  37.27 
 
 		 348 aa  220  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  37.2 
 
 		 345 aa  219  5e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  38.39 
 
 		 338 aa  219  5e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  38.27 
 
 		 355 aa  217  2e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  36.13 
 
 		 352 aa  216  4e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  35.29 
 
 		 329 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  36.39 
 
 		 365 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  34.64 
 
 		 338 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  37.12 
 
 		 335 aa  213  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  35.63 
 
 		 352 aa  211  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  35.34 
 
 		 352 aa  209  4e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  36.31 
 
 		 351 aa  209  7e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  37.43 
 
 		 390 aa  207  2e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  36.47 
 
 		 354 aa  206  6e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  36.45 
 
 		 371 aa  206  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  35.78 
 
 		 337 aa  203  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  34.84 
 
 		 357 aa  184  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  31.82 
 
 		 330 aa  163  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  31.49 
 
 		 330 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  31.82 
 
 		 330 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  30.74 
 
 		 330 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.86 
 
 		 1017 aa  158  1e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  29.75 
 
 		 313 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  27.05 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  28.66 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  28.36 
 
 		 315 aa  99.8  7e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  25.62 
 
 		 321 aa  96.7  5e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  27.46 
 
 		 327 aa  95.1  2e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  22.12 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  24.92 
 
 		 317 aa  65.9  0.0000000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1508  beta-lactamase domain-containing protein  25.32 
 
 		 452 aa  62  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.872448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  30.6 
 
 		 454 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  30.6 
 
 		 454 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1105  beta-lactamase domain-containing protein  30.09 
 
 		 454 aa  53.9  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1572  beta-lactamase domain-containing protein  23.85 
 
 		 635 aa  52.8  0.000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.342192  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3879  beta-lactamase-like  28.81 
 
 		 452 aa  52  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.486794  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2691  beta-lactamase domain-containing protein  23 
 
 		 452 aa  52.4  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.770917  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  22.09 
 
 		 327 aa  52.4  0.00001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0930  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  21 
 
 		 410 aa  52  0.00002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1144  Beta-lactamase-like:RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  31.25 
 
 		 452 aa  51.2  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0156  beta-lactamase-like protein  26.27 
 
 		 485 aa  51.6  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.215691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2297  beta-lactamase domain-containing protein  28.21 
 
 		 452 aa  51.2  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.168183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2474  beta-lactamase-like protein  30.08 
 
 		 473 aa  50.8  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.766773  normal  0.305499 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0192  beta-lactamase domain-containing protein  26.8 
 
 		 455 aa  51.2  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0992  Beta-lactamase-like:RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  28.06 
 
 		 470 aa  50.4  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2692  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  25.4 
 
 		 450 aa  50.4  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0719706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  25.47 
 
 		 328 aa  50.4  0.00004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4121  beta-lactamase domain-containing protein  29.91 
 
 		 457 aa  50.4  0.00004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.729695 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>