189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6797 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6797  RagB/SusD domain protein  100 
 
 
638 aa  1325    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000012034  hitchhiker  0.000000000461447 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2858  RagB/SusD domain protein  50.7 
 
 
646 aa  594  1e-168  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00145898  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2559  RagB/SusD domain protein  41.59 
 
 
629 aa  505  1e-141  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.615969  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2298  RagB/SusD domain protein  42.56 
 
 
629 aa  499  1e-140  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0544973 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0711  RagB/SusD domain protein  41.76 
 
 
642 aa  482  1e-135  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0174034  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4100  RagB/SusD domain protein  40.78 
 
 
638 aa  463  1e-129  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0502  RagB/SusD domain protein  41.44 
 
 
677 aa  442  1e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00011099  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3405  RagB/SusD domain protein  29.64 
 
 
600 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.363725  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5520  RagB/SusD domain protein  28.83 
 
 
599 aa  234  4.0000000000000004e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000150302  normal  0.0291709 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5836  RagB/SusD domain protein  27.08 
 
 
620 aa  213  5.999999999999999e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.857238 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2640  RagB/SusD domain protein  26.95 
 
 
584 aa  177  5e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0117999  normal  0.357997 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1299  RagB/SusD domain protein  29.8 
 
 
565 aa  159  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1301  RagB/SusD domain protein  26.92 
 
 
571 aa  153  8.999999999999999e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.0026313  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3876  RagB/SusD domain protein  26.74 
 
 
587 aa  151  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0565  RagB/SusD domain protein  26.83 
 
 
673 aa  142  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.642447  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2240  RagB/SusD domain protein  24.66 
 
 
584 aa  136  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0277051  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2242  RagB/SusD domain protein  28.36 
 
 
557 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0577944  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4817  RagB/SusD domain protein  24.96 
 
 
564 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0936776  unclonable  0.0000000000000465252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3644  RagB/SusD domain protein  22.4 
 
 
615 aa  110  7.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158423  normal  0.455687 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1128  RagB/SusD domain protein  25.95 
 
 
568 aa  109  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0330333 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4636  RagB/SusD domain protein  23.82 
 
 
593 aa  103  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00173325  normal  0.0770072 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2529  RagB/SusD domain protein  25.38 
 
 
579 aa  103  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500869  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4094  RagB/SusD domain-containing protein  26.88 
 
 
666 aa  101  5e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00249622  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1021  RagB/SusD domain protein  31.63 
 
 
582 aa  100  6e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00103937  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1420  RagB/SusD domain protein  23.88 
 
 
594 aa  100  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0201854 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1801  RagB/SusD domain protein  26.01 
 
 
587 aa  97.1  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2102  RagB/SusD domain protein  23.82 
 
 
617 aa  95.9  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.337622  normal  0.239188 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2152  RagB/SusD domain protein  23.98 
 
 
582 aa  95.5  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000171014  normal  0.505642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4813  RagB/SusD domain protein  29.6 
 
 
568 aa  90.9  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00404134  unclonable  0.0000000000000282037 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2721  RagB/SusD domain protein  26.37 
 
 
559 aa  89  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1487  RagB/SusD domain protein  25.58 
 
 
561 aa  88.2  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.424946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1590  RagB/SusD domain protein  24.86 
 
 
540 aa  85.1  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.361992 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3874  RagB/SusD domain protein  23.99 
 
 
568 aa  85.1  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.483678  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1019  RagB/SusD domain protein  30.09 
 
 
566 aa  82  0.00000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4531  RagB/SusD domain protein  31.82 
 
 
614 aa  79.7  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.056511  normal  0.0821101 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4286  RagB/SusD domain protein  22.33 
 
 
630 aa  79.7  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4737  RagB/SusD domain protein  29 
 
 
625 aa  77  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.273253 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4974  RagB/SusD domain protein  22.45 
 
 
636 aa  77  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3372  RagB/SusD domain protein  24.28 
 
 
549 aa  76.3  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0199  RagB/SusD domain protein  27.88 
 
 
511 aa  75.1  0.000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.820829  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4558  RagB/SusD domain protein  27.54 
 
 
555 aa  75.1  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.001407  normal  0.0159313 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2140  RagB/SusD domain protein  29.1 
 
 
529 aa  75.1  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.305226 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  26.54 
 
 
502 aa  73.2  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1844  RagB/SusD domain protein  22.73 
 
 
601 aa  72.4  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.273957  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0301  RagB/SusD domain protein  28.36 
 
 
626 aa  71.6  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.788503  normal  0.462507 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0554  RagB/SusD domain protein  23.15 
 
 
582 aa  72  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.674726  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1125  RagB/SusD domain protein  25.62 
 
 
583 aa  71.6  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256792 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4848  RagB/SusD domain protein  28.15 
 
 
523 aa  68.6  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.101496  hitchhiker  0.00561902 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0444  RagB/SusD domain protein  26.55 
 
 
498 aa  68.9  0.0000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  26.89 
 
 
476 aa  67.8  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  22.85 
 
 
519 aa  67  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3171  RagB/SusD domain protein  23.26 
 
 
579 aa  67  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670451  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3634  RagB/SusD domain protein  23.46 
 
 
510 aa  65.5  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358652  normal  0.222637 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3965  RagB/SusD domain protein  25.1 
 
 
664 aa  65.5  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00142425  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2453  RagB/SusD domain protein  26.48 
 
 
540 aa  65.1  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00111761  normal  0.539083 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  27.57 
 
 
494 aa  64.7  0.000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4497  RagB/SusD domain protein  26.86 
 
 
531 aa  64.3  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  34.12 
 
 
481 aa  64.3  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  28.07 
 
 
501 aa  63.9  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2104  RagB/SusD domain protein  22.25 
 
 
581 aa  63.5  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.475472 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0197  RagB/SusD domain protein  22.05 
 
 
595 aa  63.2  0.00000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6287  RagB/SusD domain protein  31.13 
 
 
531 aa  63.5  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.360151 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2809  RagB/SusD domain protein  29.7 
 
 
627 aa  63.5  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0471827  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1857  RagB/SusD domain protein  34.15 
 
 
505 aa  63.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.363797  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0788  RagB/SusD domain protein  26.17 
 
 
603 aa  62.8  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  27 
 
 
522 aa  61.6  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4696  RagB/SusD domain protein  23.81 
 
 
639 aa  61.6  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000012975  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  26.2 
 
 
456 aa  61.6  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2709  RagB/SusD domain protein  27.2 
 
 
489 aa  61.2  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000284151  normal  0.714697 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  28.65 
 
 
527 aa  61.2  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  24.58 
 
 
487 aa  61.2  0.00000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6447  RagB/SusD domain protein  25.53 
 
 
527 aa  60.8  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  25.79 
 
 
476 aa  60.1  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1140  RagB/SusD domain protein  22.33 
 
 
650 aa  60.1  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4503  RagB/SusD domain protein  24.71 
 
 
607 aa  60.1  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.468205  normal  0.602053 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  24.48 
 
 
490 aa  59.3  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0713  RagB/SusD domain protein  24.44 
 
 
491 aa  59.3  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10796  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6228  RagB/SusD domain protein  35.66 
 
 
511 aa  59.3  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  26.8 
 
 
499 aa  59.7  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0344  RagB/SusD domain protein  25 
 
 
612 aa  59.3  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  23.37 
 
 
478 aa  58.5  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2846  RagB/SusD domain protein  25.45 
 
 
487 aa  58.5  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000771194  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4823  RagB/SusD domain protein  22.41 
 
 
495 aa  58.9  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000639961  hitchhiker  0.00000000207149 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2828  RagB/SusD domain protein  24.31 
 
 
549 aa  57.8  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.251846  normal  0.0738006 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  25 
 
 
483 aa  57.8  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  31.08 
 
 
494 aa  57.4  0.0000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  31.09 
 
 
514 aa  57.4  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  29.38 
 
 
497 aa  57.4  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1774  RagB/SusD domain protein  31.64 
 
 
548 aa  57.4  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.475822  normal  0.891404 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  22.92 
 
 
494 aa  56.6  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  33.33 
 
 
479 aa  57  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1849  RagB/SusD domain protein  22.79 
 
 
557 aa  56.6  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5395  RagB/SusD domain protein  21.67 
 
 
506 aa  55.8  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0481462  normal  0.244827 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1472  RagB/SusD domain protein  25.47 
 
 
601 aa  56.2  0.000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.105312  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1803  RagB/SusD domain protein  23.24 
 
 
512 aa  56.2  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2115  RagB/SusD domain protein  29.33 
 
 
508 aa  56.2  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.103234  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  26.72 
 
 
499 aa  55.8  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4209  RagB/SusD domain protein  27.43 
 
 
456 aa  55.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  30.77 
 
 
503 aa  55.5  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  34.09 
 
 
498 aa  55.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>