More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6795 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
306 aa  644  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  3.09577e-06 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  50.51 
 
 
300 aa  322  4e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  41.58 
 
 
301 aa  240  2e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  9.94716e-07  hitchhiker  6.11237e-05 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.5 
 
 
298 aa  217  2e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  37.33 
 
 
298 aa  210  2e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  35.13 
 
 
306 aa  172  7e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  30.45 
 
 
297 aa  147  2e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  31.12 
 
 
303 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18110  transcriptional regulator MmsR  32.86 
 
 
307 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1573  transcriptional regulator MmsR  33.21 
 
 
297 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 
293 aa  142  9e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 
288 aa  140  3e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 
293 aa  140  4e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
290 aa  135  7e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  30.64 
 
 
291 aa  135  1e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 
278 aa  100  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  24.12 
 
 
300 aa  91.7  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  38.38 
 
 
331 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 
361 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  26.5 
 
 
301 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 
284 aa  88.6  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  35.54 
 
 
316 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  30.22 
 
 
202 aa  85.9  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  26.72 
 
 
311 aa  85.5  1e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 
223 aa  84.3  2e-15  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  36.04 
 
 
519 aa  84.3  2e-15  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 
204 aa  82.4  8e-15  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  35.14 
 
 
301 aa  82.4  8e-15  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  25.21 
 
 
279 aa  82.4  8e-15  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  35.24 
 
 
513 aa  82  1e-14  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 
291 aa  82  1e-14  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  43.37 
 
 
310 aa  81.6  2e-14  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  32.64 
 
 
288 aa  80.5  3e-14  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  24.79 
 
 
279 aa  80.5  3e-14  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  34.82 
 
 
330 aa  80.5  3e-14  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 
299 aa  79.7  5e-14  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  24.05 
 
 
314 aa  79.3  7e-14  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 
338 aa  79.3  7e-14  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  25.96 
 
 
303 aa  78.6  1e-13  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  24.71 
 
 
294 aa  78.6  1e-13  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 
532 aa  78.6  1e-13  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 
517 aa  78.2  1e-13  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  6.11836e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 
154 aa  77.8  2e-13  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0415  AraC family transcriptional regulator  23.74 
 
 
288 aa  77.8  2e-13  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.547266  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 
292 aa  77.8  2e-13  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 
533 aa  78.2  2e-13  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  24.31 
 
 
311 aa  78.2  2e-13  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3619  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 
340 aa  77.4  3e-13  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.425647 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0347  AraC family transcriptional regulator  23.74 
 
 
288 aa  77  3e-13  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3601  response regulator receiver domain-containing protein  23.43 
 
 
278 aa  77  3e-13  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0123865 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 
430 aa  77  4e-13  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0056  DNA-binding transcriptional regulator AraC  40.2 
 
 
292 aa  76.3  6e-13  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  40.2 
 
 
292 aa  76.3  6e-13  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00065  hypothetical protein  40.2 
 
 
292 aa  76.3  6e-13  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  40.2 
 
 
281 aa  76.3  6e-13  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.269311  normal  0.445846 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3593  DNA-binding transcriptional regulator AraC  40.2 
 
 
292 aa  76.3  6e-13  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  3.16606e-07 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0068  DNA-binding transcriptional regulator AraC  40.2 
 
 
292 aa  76.3  6e-13  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3535  transcriptional regulator, AraC family  40.2 
 
 
292 aa  76.3  6e-13  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00066  DNA-binding transcriptional dual regulator  40.2 
 
 
292 aa  76.3  6e-13  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  33.33 
 
 
393 aa  76.3  6e-13  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0069  DNA-binding transcriptional regulator AraC  40.2 
 
 
309 aa  76.3  6e-13  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.69 
 
 
294 aa  75.9  8e-13  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 
344 aa  75.9  8e-13  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  33.33 
 
 
360 aa  75.5  1e-12  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3428  transcriptional regulator, AraC family  23.53 
 
 
265 aa  75.1  1e-12  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  39.22 
 
 
281 aa  74.3  2e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1295  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 
317 aa  74.3  2e-12  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0328  transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 
323 aa  74.3  2e-12  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
360 aa  74.3  2e-12  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  29.2 
 
 
294 aa  75.1  2e-12  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 
299 aa  73.9  3e-12  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  36.61 
 
 
314 aa  73.9  3e-12  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  39.45 
 
 
386 aa  73.9  3e-12  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1868  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 
332 aa  73.9  3e-12  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0566  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 
332 aa  73.9  3e-12  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.207783  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0448  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 
332 aa  73.9  3e-12  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1931  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 
332 aa  73.9  3e-12  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.746291  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2025  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 
332 aa  73.9  3e-12  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  39.22 
 
 
281 aa  73.9  3e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.839696  normal  0.0929131 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  24.25 
 
 
276 aa  73.9  3e-12  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0901  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 
332 aa  73.9  3e-12  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0108  DNA-binding transcriptional regulator AraC  39.22 
 
 
281 aa  73.9  3e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0111  DNA-binding transcriptional regulator AraC  39.22 
 
 
281 aa  73.9  3e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.311813 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 
198 aa  73.9  3e-12  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0110  DNA-binding transcriptional regulator AraC  39.22 
 
 
281 aa  73.9  3e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.234129 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  24.17 
 
 
282 aa  74.3  3e-12  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3751  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  35 
 
 
198 aa  73.6  4e-12  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.28468e-11 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 
316 aa  73.6  4e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0325  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
325 aa  73.6  4e-12  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 
462 aa  73.6  4e-12  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0886  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 
313 aa  73.2  5e-12  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  32.41 
 
 
356 aa  73.2  5e-12  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  39.05 
 
 
273 aa  73.6  5e-12  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  7.29156e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 
261 aa  73.6  5e-12  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
355 aa  72.8  6e-12  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 
287 aa  72.8  6e-12  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
360 aa  72.8  6e-12  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
360 aa  72.8  6e-12  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.8 
 
 
310 aa  72.8  6e-12  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.8 
 
 
310 aa  73.2  6e-12  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>