More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6716 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
247 aa  508  1e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.15 
 
 
248 aa  224  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.53 
 
 
246 aa  209  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277781  normal  0.0166501 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2855  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.34 
 
 
253 aa  206  4e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.243051  normal  0.0981468 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.23 
 
 
241 aa  166  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.200672  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
247 aa  162  6e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.938804 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
241 aa  151  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.66 
 
 
257 aa  144  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.125705  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2258  oxidoreductase  33.47 
 
 
244 aa  143  2e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.188796  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1691  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.9 
 
 
258 aa  141  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
278 aa  135  8e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.47 
 
 
264 aa  134  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
256 aa  132  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.117974  normal  0.033856 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1732  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
257 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.42 
 
 
253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00176111  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 
260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.488757  normal  0.0305569 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.12 
 
 
253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.12 
 
 
256 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.434402  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.06 
 
 
240 aa  127  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.300255  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
250 aa  125  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130584  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2965  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.9 
 
 
293 aa  125  6e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 
253 aa  123  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120533  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1582  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  36.22 
 
 
253 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518044  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
262 aa  121  8e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.207826 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2769  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.57 
 
 
252 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
248 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
249 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.898611  normal  0.512081 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4065  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  37.77 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.372477  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11068  oxidoreductase  34.84 
 
 
301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.205536 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4962  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
290 aa  120  3e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000187582  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4279  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.26 
 
 
241 aa  119  6e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.57822  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1299  fatty acyl-CoA reductase protein  34.76 
 
 
295 aa  115  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0044  D-alanine transfer protein, short-chain dehydrogenase  28.81 
 
 
263 aa  115  3.9999999999999997e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.170136  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 
252 aa  115  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.64 
 
 
295 aa  115  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.366872  normal  0.186845 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
264 aa  115  6.9999999999999995e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.427609  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 
252 aa  115  7.999999999999999e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.11 
 
 
251 aa  115  8.999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 
252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 
252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 
252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0231345 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10469  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G01330)  37.11 
 
 
264 aa  113  3e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.331607  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3494  short chain dehydrogenase  32.86 
 
 
664 aa  113  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.447449 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
244 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
252 aa  113  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.717982 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0143  Short-chain dehydrogenase (D-alanine transfer protein)  32.91 
 
 
261 aa  112  5e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3526  short chain dehydrogenase  32.39 
 
 
665 aa  112  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.309759  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.13 
 
 
230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  35.27 
 
 
252 aa  109  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 
281 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 
330 aa  110  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.68 
 
 
244 aa  108  5e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0980  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.64 
 
 
238 aa  108  7.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633587  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.76 
 
 
332 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
264 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.75 
 
 
247 aa  107  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.7 
 
 
244 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.09 
 
 
231 aa  107  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.09 
 
 
231 aa  107  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.48 
 
 
270 aa  107  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.349709 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
251 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.315729  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.67 
 
 
245 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
251 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.76 
 
 
330 aa  107  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4023  short chain dehydrogenase  30.99 
 
 
671 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.367232  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 
261 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.72 
 
 
292 aa  107  2e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0182353  hitchhiker  0.000251864 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
275 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05556  conserved hypothetical protein  36.79 
 
 
266 aa  106  3e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 
245 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7370  short-chain alcohol dehydrogenase  32.38 
 
 
247 aa  106  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 
269 aa  106  3e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.5 
 
 
245 aa  107  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0491  short chain dehydrogenase  31.94 
 
 
668 aa  106  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0442129 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.65 
 
 
281 aa  106  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.255746 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  31.9 
 
 
271 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
271 aa  105  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
254 aa  105  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
247 aa  105  6e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
256 aa  105  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292404 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.51 
 
 
254 aa  105  8e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.51 
 
 
254 aa  105  8e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.96 
 
 
342 aa  105  9e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891974  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
258 aa  105  9e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3201  oxidoreductase protein  36.9 
 
 
179 aa  104  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0457415 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
273 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.44 
 
 
252 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000475718  normal  0.564028 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 
246 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
242 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.18 
 
 
305 aa  104  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.623354  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  35.35 
 
 
253 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
247 aa  103  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.466284  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 
245 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
344 aa  103  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.753226  normal  0.910238 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  33.19 
 
 
254 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  29.82 
 
 
236 aa  102  4e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>