230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6620 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6620  Rhomboid family protein  100 
 
 
292 aa  583  1e-166  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000794004  hitchhiker  0.00987109 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3809  Rhomboid family protein  37.29 
 
 
304 aa  189  5e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.199592 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0016  hypothetical protein  35.93 
 
 
290 aa  177  2e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5567  Rhomboid family protein  40 
 
 
308 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0483  Rhomboid family protein  37.21 
 
 
286 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0209  rhomboid family protein  32.41 
 
 
287 aa  159  6e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07080  putative transmembrane rhomboid family protein  33.79 
 
 
299 aa  150  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0277  Rhomboid family protein  34.33 
 
 
293 aa  132  5e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.499185  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1403  rhomboid family protein  36.33 
 
 
288 aa  125  7e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.327287 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1654  hypothetical protein  30.7 
 
 
302 aa  102  1e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2191  Rhomboid family protein  31.47 
 
 
262 aa  101  2e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  32.29 
 
 
273 aa  99  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  29.65 
 
 
291 aa  98.2  1e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0860  Rhomboid family protein  35.32 
 
 
250 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  32.74 
 
 
278 aa  91.3  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  29.6 
 
 
283 aa  90.1  4e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  31.16 
 
 
276 aa  89.4  6e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  31.53 
 
 
264 aa  88.2  1e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  34.53 
 
 
279 aa  87.4  2e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  39.86 
 
 
220 aa  86.3  5e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3495  rhomboid family protein  29.54 
 
 
297 aa  82  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.335831 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  29.26 
 
 
273 aa  78.6  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  29.52 
 
 
273 aa  78.2  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  28.06 
 
 
207 aa  77  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1588  Rhomboid family protein  29.69 
 
 
296 aa  73.2  0.000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  36.99 
 
 
232 aa  71.6  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  34 
 
 
197 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0482  Rhomboid family protein  31.64 
 
 
241 aa  70.9  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  34.19 
 
 
220 aa  68.6  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  35.62 
 
 
224 aa  67  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  34.19 
 
 
234 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  37.65 
 
 
211 aa  66.6  0.0000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6787  Rhomboid family protein  27.97 
 
 
280 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.132625 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  36.05 
 
 
285 aa  66.2  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  34.25 
 
 
220 aa  65.9  0.0000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  29.03 
 
 
247 aa  65.9  0.0000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  30.73 
 
 
342 aa  63.2  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  30.73 
 
 
342 aa  62.8  0.000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4044  Rhomboid family protein  32.1 
 
 
513 aa  63.2  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.887377 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  35.29 
 
 
198 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  36.42 
 
 
211 aa  62.4  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  30.86 
 
 
486 aa  61.6  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  31.94 
 
 
209 aa  60.5  0.00000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  31.41 
 
 
487 aa  60.5  0.00000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  31.41 
 
 
487 aa  60.5  0.00000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1145  rhomboid-like protein  40 
 
 
209 aa  60.1  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.062247  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  31.58 
 
 
228 aa  59.3  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  38.46 
 
 
155 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  36.3 
 
 
225 aa  58.9  0.0000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  35.04 
 
 
197 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  30.94 
 
 
239 aa  57.8  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  33.64 
 
 
243 aa  57.8  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  32.88 
 
 
205 aa  57.8  0.0000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  39.81 
 
 
228 aa  57.8  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  30.56 
 
 
226 aa  57.4  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  36.11 
 
 
260 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  36.11 
 
 
260 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  30.19 
 
 
247 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  32.88 
 
 
200 aa  57.4  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  36.11 
 
 
229 aa  57  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  33.55 
 
 
225 aa  57  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  27.59 
 
 
237 aa  56.6  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  25.56 
 
 
265 aa  57  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  31.17 
 
 
252 aa  56.2  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_002950  PG1404  rhomboid family protein  30.71 
 
 
238 aa  55.8  0.0000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1552  Rhomboid family protein  29.3 
 
 
200 aa  55.8  0.0000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000315131 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0239  rhomboid family protein  32.14 
 
 
190 aa  55.8  0.0000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  36.11 
 
 
202 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_139  rhomboid  30.41 
 
 
190 aa  55.5  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  36.11 
 
 
202 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  36.11 
 
 
202 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  36.11 
 
 
202 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4634  rhomboid family protein  38.37 
 
 
273 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.248838  normal  0.0634854 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  35.37 
 
 
267 aa  54.7  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  29.26 
 
 
327 aa  54.7  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2146  Rhomboid family protein  26.84 
 
 
258 aa  54.3  0.000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000095331  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  27.96 
 
 
263 aa  54.7  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0287  hypothetical protein  25.21 
 
 
279 aa  53.9  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.742971  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  41.77 
 
 
258 aa  54.3  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  35.88 
 
 
224 aa  53.9  0.000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  35.71 
 
 
263 aa  53.9  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0883  rhomboid family protein  37.23 
 
 
172 aa  53.9  0.000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  37.08 
 
 
324 aa  54.3  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0210  rhomboid family protein  25.11 
 
 
249 aa  53.9  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0633  hypothetical protein  38.03 
 
 
263 aa  53.5  0.000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  37 
 
 
221 aa  53.1  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4409  Rhomboid family protein  34.56 
 
 
197 aa  53.1  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.824835 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  35.92 
 
 
238 aa  53.1  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  29.92 
 
 
293 aa  53.1  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  32.05 
 
 
444 aa  53.1  0.000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4542  Rhomboid family protein  34.56 
 
 
197 aa  53.1  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00483276 
 
 
-
 
NC_002936  DET0132  rhomboid family protein  31.25 
 
 
190 aa  52.8  0.000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1551  rhomboid-like protein  39.08 
 
 
231 aa  52  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0302245 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  25.84 
 
 
261 aa  51.6  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  26.52 
 
 
252 aa  51.2  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0599  AN1-type Zinc finger protein  25 
 
 
321 aa  51.2  0.00002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.715069  normal  0.614872 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3129  rhomboid-like protein  40 
 
 
276 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0489424  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  30.46 
 
 
348 aa  51.2  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  30.87 
 
 
232 aa  50.8  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0711  Rhomboid family protein  32.97 
 
 
515 aa  50.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.535917 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>