More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6302 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_2252  RNA-binding S1 domain-containing protein  50.14 
 
 		 757 aa  682    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000694259  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03259  predicted transcriptional accessory protein  47.71 
 
 		 772 aa  672    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0306  RNA binding S1 domain protein  47.84 
 
 		 773 aa  675    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0235  S1 RNA-binding domain-containing protein  50.99 
 
 		 761 aa  677    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.707301  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0245  S1 RNA-binding domain-containing protein  49.09 
 
 		 861 aa  669    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.409954  normal  0.0128243 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0358  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.15 
 
 		 774 aa  682    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1021  RNA-binding S1 domain-containing protein  54.2 
 
 		 707 aa  754    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.974178  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0539  RNA binding S1 domain protein  46.47 
 
 		 769 aa  637    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.500263  normal  0.212991 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1623  putative transcription accessory protein  45.76 
 
 		 779 aa  644    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3982  hypothetical protein  48.5 
 
 		 791 aa  678    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00795  S1 RNA binding domain protein  46.72 
 
 		 786 aa  637    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0660252  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4202  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.81 
 
 		 787 aa  667    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0326222  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0904  tex protein, putative  48.1 
 
 		 767 aa  647    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4629  hypothetical protein  47.56 
 
 		 784 aa  663    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0327  S1 RNA binding domain protein  48.86 
 
 		 773 aa  679    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00618  transcriptional accessory protein  47.72 
 
 		 766 aa  676    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4713  putative transcriptional accessory protein  47.84 
 
 		 773 aa  676    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0173  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.72 
 
 		 804 aa  667    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1329  transcription accessory protein, TEX  48.33 
 
 		 774 aa  652    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.279069  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2891  hypothetical protein  48.4 
 
 		 789 aa  644    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2746  hypothetical protein  48.26 
 
 		 789 aa  642    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3634  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.83 
 
 		 787 aa  677    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.557462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0257  RNA binding S1  48.58 
 
 		 772 aa  675    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3873  putative transcriptional accessory protein  48.55 
 
 		 776 aa  672    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2744  RNA binding S1  45.01 
 
 		 772 aa  637    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1406  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.44 
 
 		 780 aa  661    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.252881  decreased coverage  0.0000000874326 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1091  putative tex protein  48.33 
 
 		 774 aa  652    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.27369  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1339  RNA binding S1  48.13 
 
 		 802 aa  661    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4015  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.88 
 
 		 803 aa  647    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1534  RNA binding S1  50.78 
 
 		 719 aa  665    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.264491  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2339  transcription accessory protein, TEX  48.33 
 
 		 821 aa  652    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.367712  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3811  putative transcriptional accessory protein  48.42 
 
 		 776 aa  671    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.912817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0259  RNA binding S1  48.66 
 
 		 774 aa  683    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.742809  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2527  RNA binding S1 domain protein  48.85 
 
 		 782 aa  661    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.197314  hitchhiker  0.0000000921984 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0908  transcriptional accessory protein  46.92 
 
 		 759 aa  655    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.0000000000000019173  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5099  RNA binding S1  47.09 
 
 		 774 aa  635    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.83854 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0870  RNA binding S1 domain protein  53.49 
 
 		 756 aa  743    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.611113 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0182  RNA binding S1  50.48 
 
 		 757 aa  684    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000000267713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2316  RNA-binding domain-containing protein  53.1 
 
 		 740 aa  734    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3881  protein yhgF  47.97 
 
 		 773 aa  676    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3028  RNA binding S1 domain protein  50.76 
 
 		 754 aa  659    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0270  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.95 
 
 		 774 aa  666    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1596  RNA binding S1 domain protein  45.81 
 
 		 788 aa  639    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.702606  normal  0.0459363 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1507  RNA-binding S1 domain-containing protein  53.29 
 
 		 794 aa  734    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2212  putative tex protein  48.33 
 
 		 774 aa  652    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0306  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.84 
 
 		 773 aa  677    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0742204 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5945  hypothetical protein  48.45 
 
 		 779 aa  664    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.961122  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3541  general secretion pathway protein J  48.68 
 
 		 772 aa  671    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4967  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.37 
 
 		 774 aa  670    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00735813 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03211  hypothetical protein  47.71 
 
 		 773 aa  672    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1609  S1 RNA-binding domain-containing protein  47.25 
 
 		 781 aa  666    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.217486  normal  0.534196 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0243  RNA binding S1  47.05 
 
 		 799 aa  647    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3743  hypothetical protein  48.5 
 
 		 791 aa  678    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2655  RNA binding S1  46.83 
 
 		 804 aa  639    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.047572  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4334  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.19 
 
 		 787 aa  667    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.515985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3820  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.02 
 
 		 776 aa  665    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1232  RNA binding S1  46.61 
 
 		 787 aa  658    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.821312  normal  0.0934617 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0703  RNA binding S1  46.6 
 
 		 814 aa  643    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.509283  normal  0.104907 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0240  RNA binding S1 domain protein  49.1 
 
 		 780 aa  654    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1924  RNA binding S1 domain protein  45.55 
 
 		 777 aa  640    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0525601 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4130  RNA binding S1 domain protein  46.81 
 
 		 787 aa  668    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0317  RNA binding S1  46.67 
 
 		 772 aa  636    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.499934  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0077  putative tex protein  48.33 
 
 		 774 aa  652    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.170927  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2338  S1 RNA-binding domain-containing protein  60.06 
 
 		 754 aa  852    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.156081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0197  putative RNA binding protein  47.81 
 
 		 778 aa  679    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364185  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3702  putative transcriptional accessory protein  48.55 
 
 		 776 aa  672    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1493  transcription accessory protein  48 
 
 		 767 aa  660    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3809  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.35 
 
 		 779 aa  662    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3885  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.87 
 
 		 779 aa  658    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3786  putative transcriptional accessory protein  47.84 
 
 		 773 aa  675    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0235  RNA-binding S1 domain-containing protein  44.77 
 
 		 790 aa  638    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3705  putative transcriptional accessory protein  48.55 
 
 		 776 aa  672    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5424  RNA binding S1 domain protein  47.57 
 
 		 763 aa  665    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68710  hypothetical protein  48.38 
 
 		 779 aa  662    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.329631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3804  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.39 
 
 		 813 aa  653    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0153  RNA-binding S1 domain-containing protein  46.83 
 
 		 802 aa  660    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0320  RNA binding S1 domain protein  47.73 
 
 		 775 aa  650    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1222  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.13 
 
 		 784 aa  648    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.923017  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3604  protein yhgF  47.84 
 
 		 773 aa  675    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0170  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.5 
 
 		 791 aa  678    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00510  RNA binding S1 domain protein  47.86 
 
 		 722 aa  638    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000209068  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1838  RNA-binding S1 domain-containing protein  55.29 
 
 		 788 aa  803    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.225923  normal  0.149327 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05040  transcriptional accessory protein  47.7 
 
 		 770 aa  653    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.948642  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4013  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.12 
 
 		 779 aa  661    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2174  putative tex protein  48.33 
 
 		 774 aa  652    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1685  RNA-binding S1 domain-containing protein  51.94 
 
 		 723 aa  707    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4944  RNA binding S1 domain protein  48.45 
 
 		 718 aa  652    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.840168 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4627  RNA-binding S1 domain-containing protein  48.62 
 
 		 777 aa  672    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3508  hypothetical protein  49.59 
 
 		 778 aa  675    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.631069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3777  putative transcriptional accessory protein  48.04 
 
 		 776 aa  671    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0260  RNA-binding S1 domain-containing protein  49.09 
 
 		 774 aa  669    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217676 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2544  RNA binding S1 domain protein  50.76 
 
 		 762 aa  692    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.493353  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2288  hypothetical protein  49.66 
 
 		 773 aa  696    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0137  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.07 
 
 		 787 aa  668    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.233986  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0464  RNA-binding S1 domain-containing protein  47.97 
 
 		 774 aa  680    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0995  RNA-binding S1 domain-containing protein  51.85 
 
 		 723 aa  748    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.5301 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3688  putative transcriptional accessory protein  47.71 
 
 		 773 aa  675    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.913461 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2849  RNA binding S1 domain protein  48.8 
 
 		 719 aa  644    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0163  RNA-binding S1 domain-containing protein  55.34 
 
 		 759 aa  770    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0161736  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1819  putative tex protein  48.33 
 
 		 774 aa  652    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>