More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6000 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 278 aa  567  1e-161  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  65.56 
 
 		 282 aa  359  2e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 289 aa  198  7.999999999999999e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  41.84 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  42.32 
 
 		 280 aa  191  9e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  36.8 
 
 		 292 aa  155  6e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  32.66 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  32.92 
 
 		 287 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  35.51 
 
 		 307 aa  124  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  34.54 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  31.62 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 293 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  30.92 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  31.1 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  29.84 
 
 		 295 aa  113  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 292 aa  113  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 294 aa  112  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  27.27 
 
 		 291 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 		 297 aa  108  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  28.78 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  25.6 
 
 		 298 aa  106  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  29.84 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 		 285 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 296 aa  102  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 293 aa  100  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  30.12 
 
 		 287 aa  100  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 310 aa  99  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  28.34 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 283 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 285 aa  97.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.46 
 
 		 290 aa  96.7  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 281 aa  96.7  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  45.63 
 
 		 309 aa  96.3  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  27.74 
 
 		 293 aa  93.6  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 310 aa  93.2  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 295 aa  92.8  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2769  AraC family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 297 aa  92.4  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 295 aa  92  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  27.92 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 285 aa  92  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  41.23 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 294 aa  90.5  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1809  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  45.92 
 
 		 150 aa  90.5  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000134184 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  34.86 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  35.53 
 
 		 303 aa  90.1  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 289 aa  89.7  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  25.82 
 
 		 271 aa  89.7  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 301 aa  89.7  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  29.21 
 
 		 293 aa  89.4  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 296 aa  89.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 290 aa  89  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  36.21 
 
 		 295 aa  89  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  26.18 
 
 		 283 aa  88.2  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  36 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 274 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 317 aa  87.4  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 282 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 305 aa  87.4  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  38.33 
 
 		 295 aa  87.4  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  31.42 
 
 		 297 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  34.56 
 
 		 303 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  27.65 
 
 		 290 aa  86.3  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  32.02 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 316 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 295 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  38.18 
 
 		 293 aa  85.9  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 297 aa  85.5  8e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  29.74 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  23.83 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  38.54 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  39.62 
 
 		 316 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  40.43 
 
 		 288 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 280 aa  83.2  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 329 aa  82.4  0.000000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 291 aa  82  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  37.38 
 
 		 305 aa  82  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  41.05 
 
 		 279 aa  82  0.00000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>