More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5577 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01735  RND family efflux transporter  35.56 
 
 		 1035 aa  646    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1968  acriflavin resistance protein  38.61 
 
 		 1025 aa  658    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2131  AcrB/AcrD/AcrF family protein  42.38 
 
 		 1024 aa  795    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1852  acriflavin resistance protein  37.54 
 
 		 1042 aa  659    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0174296  hitchhiker  0.000605557 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1705  acriflavin resistance protein  37.03 
 
 		 1031 aa  681    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0236776  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1797  acriflavin resistance protein  37.03 
 
 		 1031 aa  673    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0223723  hitchhiker  0.000000350495 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1882  AcrB/AcrD/AcrF family protein  36.93 
 
 		 1031 aa  677    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2427  acriflavin resistance protein  37.34 
 
 		 1031 aa  666    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000387519 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2180  acriflavin resistance protein  37.45 
 
 		 1030 aa  674    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000146343  normal  0.137669 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2000  acriflavin resistance protein  39.35 
 
 		 1024 aa  706    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3207  acriflavin resistance protein  48.29 
 
 		 1037 aa  936    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0543905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0945  acriflavin resistance protein  37.97 
 
 		 1040 aa  659    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000402917 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2549  acriflavin resistance protein  37.03 
 
 		 1031 aa  674    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0932297  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1816  acriflavin resistance protein  40.08 
 
 		 1023 aa  702    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.742902  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2283  acriflavin resistance protein  37.03 
 
 		 1051 aa  647    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1922  acriflavin resistance protein  40.06 
 
 		 1022 aa  725    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209297  normal  0.294162 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1738  acriflavin resistance protein  37.25 
 
 		 1031 aa  647    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0173564  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5577  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1037 aa  2095    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.500475 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3361  acriflavin resistance protein  40.1 
 
 		 1048 aa  671    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.629992 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1146  acriflavine resistance protein  46.56 
 
 		 1026 aa  925    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.199335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2658  multidrug efflux membrane fusion protein  46.01 
 
 		 1030 aa  902    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2587  acriflavin resistance protein  37.03 
 
 		 1031 aa  674    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000412735  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0880  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  38.85 
 
 		 1068 aa  686    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.288102  normal  0.231109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2337  acriflavin resistance protein  37.27 
 
 		 1031 aa  681    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120926  hitchhiker  0.000298899 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2409  acriflavin resistance protein  37.13 
 
 		 1031 aa  680    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677885  normal  0.0307662 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1682  acriflavin resistance protein  37.23 
 
 		 1064 aa  667    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.377778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5136  acriflavin resistance protein  44.85 
 
 		 1029 aa  861    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0365  acriflavin resistance protein  49.13 
 
 		 1037 aa  984    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3736  acriflavin resistance protein  48.49 
 
 		 1036 aa  913    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.504437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1659  acriflavin resistance protein  37.22 
 
 		 1031 aa  681    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.178159  normal  0.998047 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0902  acriflavin resistance protein  51.46 
 
 		 1029 aa  1038    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.621432  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1905  AcrB/AcrD/AcrF family protein  36.98 
 
 		 1034 aa  686    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.209576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1983  acriflavin resistance protein  36.65 
 
 		 1034 aa  655    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000463224  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1020  acriflavin resistance protein  49.22 
 
 		 1037 aa  1001    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.00000109455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3888  acriflavin resistance protein  36.42 
 
 		 1048 aa  656    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.471381  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2664  acriflavin resistance protein  37.03 
 
 		 1031 aa  674    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2940  acriflavin resistance protein  48.07 
 
 		 1032 aa  932    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00284054  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1029  acriflavin resistance protein  36.29 
 
 		 1034 aa  634  1e-180  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.2741  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1611  acriflavin resistance protein  36.43 
 
 		 1028 aa  631  1e-179  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.921522  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2847  RND family multidrug efflux protein  36.82 
 
 		 1032 aa  626  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1810  acriflavin resistance protein  36.4 
 
 		 1034 aa  628  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1037  acriflavin resistance protein  37.49 
 
 		 1036 aa  627  1e-178  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3926  AcrB/AcrD/AcrF family protein  36.71 
 
 		 1029 aa  622  1e-177  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.831264  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0786  hypothetical protein  36.94 
 
 		 1015 aa  622  1e-177  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0757  hypothetical protein  36.66 
 
 		 1015 aa  623  1e-177  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4296  acriflavin resistance protein  36.43 
 
 		 1034 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0155758  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0175  acriflavin resistance protein  35.25 
 
 		 1046 aa  620  1e-176  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481543 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1738  acriflavin resistance protein  36.84 
 
 		 1038 aa  619  1e-176  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1193  acriflavin resistance plasma membrane protein  35.89 
 
 		 1019 aa  619  1e-175  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01921  acriflavin resistance protein  37.58 
 
 		 1041 aa  618  1e-175  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413816  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2094  acriflavin resistance protein  36.13 
 
 		 1037 aa  618  1e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1234  RND efflux transporter  35.89 
 
 		 1019 aa  618  1e-175  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0528  acriflavin resistance protein  36.8 
 
 		 1026 aa  618  1e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0929  acriflavin resistance protein  35.99 
 
 		 1033 aa  615  9.999999999999999e-175  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1155  acriflavin resistance protein  36.49 
 
 		 1036 aa  615  9.999999999999999e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00884759  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1366  acriflavin resistance protein  36.32 
 
 		 1035 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0602713  hitchhiker  0.00132005 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1083  acriflavin resistance protein  37.22 
 
 		 1051 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.126768  normal  0.966269 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1083  acriflavin resistance protein  37.22 
 
 		 1051 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1267  acriflavin resistance protein  36.38 
 
 		 1035 aa  609  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0368024  hitchhiker  0.0000615461 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0778  acriflavin resistance protein  37.49 
 
 		 1040 aa  611  1e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.21707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3203  acriflavin resistance protein  37.28 
 
 		 1041 aa  610  1e-173  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2699  acriflavin resistance protein  36.93 
 
 		 1029 aa  609  1e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.984927  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1149  acriflavin resistance protein  37.12 
 
 		 1051 aa  610  1e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.460529  normal  0.362909 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0267  acriflavin resistance protein  35.78 
 
 		 1040 aa  612  1e-173  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.856769 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0439  putative multidrug resistance protein  35.96 
 
 		 1036 aa  606  9.999999999999999e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00223634  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3649  acriflavin resistance protein  36.37 
 
 		 1035 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1651  acriflavin resistance protein  36.85 
 
 		 1026 aa  608  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1187  acriflavin resistance protein  35.6 
 
 		 1036 aa  607  9.999999999999999e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.359485  normal  0.0265423 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0704  acriflavin resistance protein  35.97 
 
 		 1038 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3699  acriflavin resistance protein  35.88 
 
 		 1029 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.459748  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2787  acriflavin resistance protein  36.63 
 
 		 1046 aa  605  1.0000000000000001e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000304862  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3484  AcrB/AcrD/AcrF family protein  36.43 
 
 		 1046 aa  600  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0707  acriflavin resistance protein  35.24 
 
 		 1025 aa  601  1e-170  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01445  hypothetical protein  34.96 
 
 		 1037 aa  602  1e-170  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0473  acriflavin resistance protein  35.37 
 
 		 1033 aa  601  1e-170  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.239628  normal  0.228728 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2283  acriflavin resistance protein  37.2 
 
 		 1031 aa  596  1e-169  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.212799 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09520  RND efflux transporter  35.8 
 
 		 1029 aa  598  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.652607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0891  RND efflux transporter  35.8 
 
 		 1029 aa  595  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.668261  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2552  putative multidrug resistance protein  34.79 
 
 		 1036 aa  593  1e-168  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000475921  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3139  acriflavin resistance protein  35.34 
 
 		 1012 aa  595  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.389349  normal  0.483157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3314  acriflavin resistance protein  36.43 
 
 		 1047 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.378933 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1200  acriflavin resistance protein  36.43 
 
 		 1047 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.994972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4493  multidrug efflux protein  35.2 
 
 		 1009 aa  591  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0361963 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3170  acriflavin resistance protein  36.43 
 
 		 1047 aa  589  1e-167  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130532  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1208  multidrug efflux protein  35.55 
 
 		 1017 aa  589  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.584016  normal  0.669413 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2618  acriflavin resistance protein  35.52 
 
 		 1024 aa  591  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0519656  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3171  acriflavin resistance protein  36.43 
 
 		 1047 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0148776  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1611  AcrB/AcrD/AcrF family protein  32.94 
 
 		 1032 aa  588  1e-166  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.651571  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1088  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  35.58 
 
 		 1029 aa  587  1e-166  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004021  RND multidrug efflux transporter  35.07 
 
 		 1037 aa  589  1e-166  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0276647  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3476  acriflavin resistance protein  35.65 
 
 		 1028 aa  588  1e-166  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.247927 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0857  acriflavin resistance protein  34.96 
 
 		 1033 aa  584  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.533856  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2065  acriflavin resistance protein  35.61 
 
 		 1027 aa  585  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.824615  normal  0.45428 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1581  acriflavin resistance protein  34.99 
 
 		 1026 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.270184 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0201  acriflavin resistance protein  35.27 
 
 		 1028 aa  583  1.0000000000000001e-165  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3678  acriflavin resistance protein  35.65 
 
 		 1027 aa  585  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1024  acriflavin resistance protein  34.07 
 
 		 1037 aa  584  1.0000000000000001e-165  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.197282 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1439  acriflavin resistance protein  35.94 
 
 		 1035 aa  585  1.0000000000000001e-165  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100841  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1178  acriflavin resistance protein  35.78 
 
 		 1042 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2173  acriflavin resistance protein  35.58 
 
 		 1029 aa  586  1.0000000000000001e-165  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.310659  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>