297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5456 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
360 aa  748  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  43.89 
 
 
373 aa  308  7e-83  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  44.09 
 
 
367 aa  301  1e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  2.41058e-09 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  40.95 
 
 
359 aa  296  5e-79  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  41.78 
 
 
359 aa  294  2e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3886  DNA replication and repair protein RecF  42.65 
 
 
365 aa  274  2e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127784  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  40.11 
 
 
368 aa  273  3e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  37.18 
 
 
377 aa  262  7e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  38.27 
 
 
370 aa  261  9e-69  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  35.93 
 
 
364 aa  236  5e-61  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  32 
 
 
373 aa  189  6e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  31.71 
 
 
375 aa  189  8e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.04808e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  31.71 
 
 
375 aa  189  8e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  31.71 
 
 
375 aa  189  8e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  31.71 
 
 
375 aa  188  1e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  31.71 
 
 
375 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  31.71 
 
 
375 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  31.43 
 
 
375 aa  187  3e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  31.43 
 
 
375 aa  187  3e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  31.43 
 
 
375 aa  186  5e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  31.43 
 
 
375 aa  186  5e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.62 
 
 
363 aa  182  1e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.44 
 
 
360 aa  180  3e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  33.14 
 
 
364 aa  178  2e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  32.18 
 
 
366 aa  177  2e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  31.81 
 
 
369 aa  177  3e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.43 
 
 
363 aa  175  1e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  31.82 
 
 
370 aa  175  1e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.61 
 
 
365 aa  174  2e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  31.22 
 
 
368 aa  174  2e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  30.88 
 
 
372 aa  172  6e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  32.01 
 
 
387 aa  169  7e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.65 
 
 
372 aa  168  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  28.12 
 
 
374 aa  168  1e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.72 
 
 
369 aa  167  3e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.77 
 
 
370 aa  167  3e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  31.43 
 
 
369 aa  165  1e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  30.22 
 
 
359 aa  164  2e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  28.33 
 
 
361 aa  164  2e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.77 
 
 
365 aa  164  2e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  28.33 
 
 
361 aa  164  2e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  29.97 
 
 
370 aa  163  4e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.69508e-07  hitchhiker  1.45417e-07 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  30.92 
 
 
364 aa  161  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.47 
 
 
386 aa  160  3e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.92 
 
 
364 aa  160  5e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  29.48 
 
 
375 aa  159  6e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  28 
 
 
374 aa  159  8e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  4.14234e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  31.93 
 
 
371 aa  159  9e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  27.49 
 
 
371 aa  157  2e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  30.23 
 
 
365 aa  157  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  28.8 
 
 
364 aa  154  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.22 
 
 
376 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  27.27 
 
 
370 aa  153  3e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  27.27 
 
 
370 aa  153  3e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  30.48 
 
 
369 aa  154  3e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.85 
 
 
378 aa  153  4e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.81 
 
 
371 aa  152  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  29.31 
 
 
374 aa  151  2e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  26.3 
 
 
374 aa  149  6e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  28.3 
 
 
378 aa  148  2e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.21 
 
 
373 aa  147  3e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  28.82 
 
 
371 aa  146  4e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  28.32 
 
 
365 aa  145  8e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.57 
 
 
360 aa  143  4e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  29.91 
 
 
363 aa  143  5e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.42 
 
 
382 aa  143  5e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  30.19 
 
 
384 aa  142  7e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  30.84 
 
 
376 aa  142  1e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  28.03 
 
 
362 aa  141  2e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  27.93 
 
 
404 aa  139  7e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2450  DNA replication and repair protein RecF  30.77 
 
 
366 aa  138  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1620  recombination protein F  28.4 
 
 
358 aa  139  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.251361 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  28.89 
 
 
377 aa  138  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0596  DNA replication and repair protein RecF  29.91 
 
 
351 aa  137  3e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.22 
 
 
353 aa  134  2e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000383314  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.61 
 
 
380 aa  135  2e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  27.94 
 
 
365 aa  134  3e-30  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  27.61 
 
 
389 aa  133  4e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  27.97 
 
 
386 aa  134  4e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.96 
 
 
401 aa  133  6e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  29.83 
 
 
390 aa  132  1e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  27.76 
 
 
371 aa  132  1e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  27.64 
 
 
376 aa  131  2e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  1.75389e-08 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  26.78 
 
 
377 aa  130  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.41 
 
 
381 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.06 
 
 
397 aa  129  5e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  25.57 
 
 
398 aa  129  6e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  26.37 
 
 
392 aa  129  7e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  26.8 
 
 
371 aa  129  8e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  28.15 
 
 
399 aa  128  1e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.02 
 
 
359 aa  127  2e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  26.89 
 
 
380 aa  128  2e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0940  DNA replication and repair protein RecF  25.36 
 
 
355 aa  128  2e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  26.89 
 
 
380 aa  128  2e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.67 
 
 
374 aa  128  2e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  26.89 
 
 
380 aa  127  2e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  25.4 
 
 
401 aa  127  4e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  25.78 
 
 
390 aa  127  4e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  30.13 
 
 
380 aa  127  4e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  30.13 
 
 
380 aa  127  4e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>