More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4378 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4378  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
281 aa  586  1e-166  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0103943  hitchhiker  0.00146244 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5280  transcriptional regulator, AraC family  50.18 
 
 
280 aa  285  7e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1667  transcriptional regulator, AraC family  46.07 
 
 
281 aa  265  8e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.57 
 
 
290 aa  192  7e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 
290 aa  186  3e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  35.55 
 
 
291 aa  163  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5736  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 
302 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.458087  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 
291 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  30.58 
 
 
288 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.15 
 
 
290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  30.31 
 
 
291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 
339 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  32.68 
 
 
286 aa  139  6e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0508  transcriptional regulator, AraC family  30.66 
 
 
295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.3342  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  31.62 
 
 
290 aa  133  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0731  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 
328 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.617247  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 
325 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  31.72 
 
 
294 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0251  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 
309 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 
303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 
321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 
288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 
329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2701  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.48 
 
 
292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.485012  normal  0.370839 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.75 
 
 
289 aa  125  7e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  29.2 
 
 
298 aa  124  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4594  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 
294 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571926  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  27.05 
 
 
329 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 
289 aa  123  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 
319 aa  122  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 
319 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 
319 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 
319 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 
329 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 
315 aa  122  6e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  27.87 
 
 
322 aa  122  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 
294 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 
339 aa  122  8e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 
318 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 
298 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 
332 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 
332 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  27.46 
 
 
350 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 
329 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 
350 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 
332 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 
329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 
329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 
329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 
329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 
289 aa  119  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  29.69 
 
 
301 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  27.11 
 
 
330 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4811  helix-turn-helix, AraC type  27.14 
 
 
315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  27.18 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  27.18 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 
297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  29.69 
 
 
307 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2939  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.31 
 
 
289 aa  116  3e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0806864  normal  0.433201 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  28.27 
 
 
301 aa  116  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4043  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 
303 aa  115  6.9999999999999995e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3586  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.9 
 
 
294 aa  115  8.999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.700608 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 
301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  26.43 
 
 
299 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 
311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 
303 aa  112  7.000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0345  transcriptional regulator, AraC family  29.39 
 
 
296 aa  112  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2310  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.8 
 
 
299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.120361  normal  0.040249 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  26.38 
 
 
299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 
311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 
312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 
312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 
312 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4283  transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 
290 aa  110  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 
301 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20280  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 
309 aa  109  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0229385  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4642  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 
318 aa  106  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  26.09 
 
 
324 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 
324 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 
327 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.699646 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 
326 aa  104  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  29.32 
 
 
287 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  29.59 
 
 
301 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  24.84 
 
 
324 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  25.35 
 
 
325 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3229  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 
326 aa  104  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.382079  normal  0.686696 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 
327 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 
310 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4427  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 
325 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3588  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 
325 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0511949  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  26.46 
 
 
324 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3940  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 
325 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.9 
 
 
319 aa  102  6e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  28.2 
 
 
301 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5587  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 
291 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.425806  normal  0.825086 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1743  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 
324 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1627  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 
324 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0192166  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1835  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 
324 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00187488  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2466  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 
324 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000149064  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0505  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 
324 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.66204  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>