More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4153 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 309 aa  641    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  50.17 
 
 		 308 aa  301  8.000000000000001e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2943  helix-turn-helix domain-containing protein  49.48 
 
 		 307 aa  290  2e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0314532  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2332  transcriptional regulator, AraC family  38.41 
 
 		 311 aa  221  9e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000141159  normal  0.457995 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3282  helix-turn-helix domain-containing protein  29.05 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 318 aa  132  6.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 295 aa  87  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  30.82 
 
 		 287 aa  79.3  0.00000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001016  transcriptional regulator AraC/XylS family  34.31 
 
 		 270 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0540486  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3550  transcriptional regulator, AraC family  34.35 
 
 		 313 aa  78.2  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4437  transcriptional activator RhaS  25.48 
 
 		 278 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4079  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4871  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412804  normal  0.401729 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4135  transcriptional activator RhaS  25.48 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4297  transcriptional activator RhaS  24.84 
 
 		 278 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082999 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4112  transcriptional activator RhaS  25.48 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03791  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  25.48 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.9 
 
 		 281 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.269311  normal  0.445846 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5358  transcriptional activator RhaS  25.48 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03740  hypothetical protein  25.48 
 
 		 278 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00066  DNA-binding transcriptional dual regulator  24.9 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3535  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00065  hypothetical protein  24.9 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3593  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.9 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  0.000000316606 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0069  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.97 
 
 		 309 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0056  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.9 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0068  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.9 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.9 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07095  hypothetical protein  31.37 
 
 		 270 aa  76.3  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  23.05 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  33.08 
 
 		 322 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  29.14 
 
 		 332 aa  75.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  34.34 
 
 		 160 aa  75.9  0.0000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 322 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4384  transcriptional activator RhaS  24.84 
 
 		 278 aa  75.1  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 341 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 538 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  34.86 
 
 		 530 aa  73.2  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  27.22 
 
 		 292 aa  72.8  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  30 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0168  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 287 aa  72  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000293268  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 		 366 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  35.85 
 
 		 513 aa  71.6  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2399  AraC family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 324 aa  71.2  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  25.13 
 
 		 273 aa  70.5  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 276 aa  70.9  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0886  transcriptional regulator, AraC family  21.77 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1455  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  32.29 
 
 		 391 aa  70.1  0.00000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  34.74 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 522 aa  69.7  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 338 aa  69.3  0.00000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.59 
 
 		 415 aa  69.7  0.00000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 285 aa  69.3  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0152  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 392 aa  69.3  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1968  transcriptional regulator, AraC family  24.48 
 
 		 321 aa  68.9  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  31 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 287 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0110  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.74 
 
 		 281 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.234129 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1388  AraC family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 336 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00534804  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  34.74 
 
 		 255 aa  68.9  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0111  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.74 
 
 		 281 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.311813 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1355  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 303 aa  68.6  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000118066  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  20.97 
 
 		 291 aa  68.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 		 291 aa  68.9  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.74 
 
 		 281 aa  68.9  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.74 
 
 		 281 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.839696  normal  0.0929131 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0108  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.74 
 
 		 281 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 1201 aa  68.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 294 aa  68.2  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 318 aa  68.2  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  32.74 
 
 		 365 aa  67.8  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  27.15 
 
 		 306 aa  67.8  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  29.75 
 
 		 515 aa  68.2  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4262  transcriptional activator RhaS  24.39 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  21.85 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03421  DNA-binding transcriptional activator, xylose-binding  28.4 
 
 		 392 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.684991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0141  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 392 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 316 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  22 
 
 		 285 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3953  xylose operon regulatory protein  28.4 
 
 		 392 aa  67  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3772  xylose operon regulatory protein  28.4 
 
 		 392 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0145  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 392 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4065  xylose operon regulatory protein  28.4 
 
 		 392 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>