248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4096 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
503 aa  1042    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  53.11 
 
 
598 aa  484  1e-135  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  49.28 
 
 
632 aa  482  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  47.22 
 
 
482 aa  419  1e-116  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  48.8 
 
 
658 aa  374  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  40.93 
 
 
449 aa  285  1.0000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  35.12 
 
 
482 aa  255  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  34.15 
 
 
440 aa  188  2e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  36.51 
 
 
415 aa  187  3e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  37.1 
 
 
446 aa  187  4e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  37.68 
 
 
479 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.26 
 
 
338 aa  177  3e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.26 
 
 
338 aa  177  3e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  36.23 
 
 
449 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  36.96 
 
 
449 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  36.96 
 
 
449 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  37.15 
 
 
479 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.84 
 
 
451 aa  171  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  32.72 
 
 
320 aa  171  4e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  32.72 
 
 
320 aa  171  4e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  38.89 
 
 
584 aa  168  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  30.37 
 
 
541 aa  164  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  28.49 
 
 
380 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  32.28 
 
 
563 aa  153  8e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.65 
 
 
364 aa  152  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  32.5 
 
 
568 aa  148  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  31.66 
 
 
594 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  28.9 
 
 
377 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  30.99 
 
 
321 aa  130  5.0000000000000004e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  28.08 
 
 
382 aa  128  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  27.92 
 
 
324 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.93 
 
 
332 aa  113  8.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.57 
 
 
343 aa  85.1  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.92 
 
 
310 aa  76.6  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  24.66 
 
 
323 aa  76.3  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.88 
 
 
315 aa  73.2  0.000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  27.17 
 
 
323 aa  72.4  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  24.9 
 
 
374 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1723  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.75 
 
 
420 aa  70.9  0.00000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0955  group II intron, maturase  25.63 
 
 
434 aa  70.1  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2471  group II intron, maturase  25.63 
 
 
434 aa  70.1  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.546508  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  27.56 
 
 
393 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6534  putative reverse transcriptasematurase of intron  27.23 
 
 
455 aa  67.4  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.339692  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4614  putative recombinase  27.23 
 
 
461 aa  67.4  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179717  normal  0.182467 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2611  retron-type reverse transcriptase  25.89 
 
 
383 aa  67  0.0000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2165  group II intron, maturase  27.01 
 
 
455 aa  67  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.052518  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3326  group II intron, maturase  27.01 
 
 
455 aa  67  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.214533  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2212  RNA-directed DNA polymerase  28.5 
 
 
454 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0905944  normal  0.180359 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  25.61 
 
 
339 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  21.28 
 
 
316 aa  64.7  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2269  prophage LambdaSa1, reverse transcriptase/maturase family protein  25.23 
 
 
446 aa  64.7  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.295773  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0483  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.57 
 
 
419 aa  63.5  0.000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000125765  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02975  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00141  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00759  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01296  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02652  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01083  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02490  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03670  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00271  reverse transcriptase  26.83 
 
 
281 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00350  reverse transcriptase  26.83 
 
 
430 aa  62.8  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01811  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02426  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03030  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03017  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03119  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03266  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04800  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05916  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05463  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06317  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06609  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06996  Na-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
430 aa  63.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1269  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.09 
 
 
472 aa  62.4  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.418772  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06379  RNA-directed DNA polymerase  26.83 
 
 
367 aa  62.4  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00341  RNA-directed DNA polymerase  27.78 
 
 
289 aa  61.6  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3727  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.54 
 
 
465 aa  61.6  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1255  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.09 
 
 
472 aa  61.6  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.09 
 
 
472 aa  61.2  0.00000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0566133  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1235  GBSi1, group II intron, maturase  25.35 
 
 
425 aa  61.2  0.00000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00153428  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0487  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.95 
 
 
470 aa  61.2  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0265658  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  23.55 
 
 
323 aa  60.8  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.95 
 
 
470 aa  60.8  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0142  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.66 
 
 
475 aa  60.1  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1325  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.95 
 
 
303 aa  60.1  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0584  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.66 
 
 
475 aa  60.1  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2778  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.66 
 
 
475 aa  60.1  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1901  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.66 
 
 
475 aa  60.1  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0976  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.66 
 
 
475 aa  60.1  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.307448  normal  0.190974 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1387  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.66 
 
 
475 aa  60.1  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.017267  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2067  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.66 
 
 
475 aa  60.1  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121404  normal  0.0104805 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.66 
 
 
475 aa  60.1  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.102915  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1714  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.66 
 
 
475 aa  60.1  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.125991 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2185  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.66 
 
 
475 aa  60.1  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124712 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2652  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.66 
 
 
475 aa  60.1  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.66 
 
 
475 aa  60.1  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0812  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.66 
 
 
475 aa  60.1  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.158231  hitchhiker  0.0000219513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0624  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.66 
 
 
475 aa  60.1  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1923  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.66 
 
 
475 aa  60.1  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>