More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4084 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 244 aa  502  1e-141  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  47.92 
 
 		 235 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 237 aa  210  1e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.98 
 
 		 236 aa  203  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.04 
 
 		 237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  43.22 
 
 		 250 aa  198  5e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.8 
 
 		 250 aa  197  9e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  39.58 
 
 		 238 aa  192  3e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.28 
 
 		 235 aa  191  7e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.92 
 
 		 240 aa  190  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.62 
 
 		 235 aa  188  5.999999999999999e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.5 
 
 		 245 aa  187  1e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.35 
 
 		 230 aa  187  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.17 
 
 		 235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  38.08 
 
 		 241 aa  182  3e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.3 
 
 		 243 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  37.97 
 
 		 235 aa  182  4.0000000000000006e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.5 
 
 		 245 aa  180  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.03 
 
 		 244 aa  179  4.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.96 
 
 		 237 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  36.13 
 
 		 237 aa  176  4e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.09 
 
 		 227 aa  174  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.32 
 
 		 232 aa  173  1.9999999999999998e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  39.24 
 
 		 233 aa  172  3.9999999999999995e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.41 
 
 		 248 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  37.12 
 
 		 229 aa  172  5.999999999999999e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.11 
 
 		 231 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.6 
 
 		 243 aa  171  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  37.18 
 
 		 244 aa  170  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.32 
 
 		 241 aa  170  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  36.4 
 
 		 236 aa  169  4e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  34.91 
 
 		 243 aa  169  5e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.67 
 
 		 244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.09 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.74 
 
 		 254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.12 
 
 		 240 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  38.96 
 
 		 227 aa  163  3e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.21 
 
 		 240 aa  161  7e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  37.55 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  37.18 
 
 		 232 aa  158  9e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.5 
 
 		 232 aa  156  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.47 
 
 		 242 aa  157  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.62 
 
 		 250 aa  156  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.5 
 
 		 256 aa  155  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.08 
 
 		 261 aa  155  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.78 
 
 		 231 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.91 
 
 		 249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.73 
 
 		 254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  33.48 
 
 		 245 aa  152  4e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.55 
 
 		 227 aa  150  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.13 
 
 		 238 aa  150  2e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  37.17 
 
 		 231 aa  149  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.38 
 
 		 230 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.62 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  34.22 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.59 
 
 		 228 aa  141  8e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.74 
 
 		 231 aa  141  8e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  31.32 
 
 		 275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.19 
 
 		 242 aa  138  7e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  33.21 
 
 		 272 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  34.33 
 
 		 245 aa  135  5e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  34.53 
 
 		 231 aa  135  6.0000000000000005e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  33.19 
 
 		 237 aa  134  9e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.11 
 
 		 238 aa  134  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  33.74 
 
 		 248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 253 aa  129  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  31.14 
 
 		 237 aa  129  5.0000000000000004e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.34 
 
 		 244 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  32.19 
 
 		 238 aa  126  3e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 252 aa  125  5e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  32.63 
 
 		 235 aa  125  6e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  30.98 
 
 		 268 aa  124  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.47 
 
 		 237 aa  123  2e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11558  two-component system response regulator  30.9 
 
 		 233 aa  123  3e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  27.46 
 
 		 239 aa  122  6e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.69 
 
 		 238 aa  121  8e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1548  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.03 
 
 		 236 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.496368  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  31.16 
 
 		 280 aa  119  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.38 
 
 		 271 aa  118  9.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  30.4 
 
 		 234 aa  118  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  31.56 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.9 
 
 		 237 aa  117  1.9999999999999998e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  31.28 
 
 		 248 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2434  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.17 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.318628  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1281  putative two-component response-regulatory protein YehT  31.2 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.155887  normal  0.0159688 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  29.55 
 
 		 261 aa  113  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  24.8 
 
 		 250 aa  113  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  30 
 
 		 248 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  28.99 
 
 		 243 aa  113  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1695  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.6 
 
 		 236 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000884824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2685  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.6 
 
 		 236 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0538398  hitchhiker  0.000367908 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1658  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.6 
 
 		 236 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153786  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1673  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.6 
 
 		 236 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000537167  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1301  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.51 
 
 		 245 aa  112  5e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.39793  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  30.42 
 
 		 243 aa  112  5e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  28.97 
 
 		 265 aa  112  6e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.84 
 
 		 257 aa  112  8.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2823  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.44 
 
 		 236 aa  111  9e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2594  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.74 
 
 		 236 aa  111  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0103906  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>