33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4012 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4012  outer membrane efflux protein  100 
 
 		 465 aa  953    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0140035  decreased coverage  0.00198888 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3159  outer membrane efflux protein  28.95 
 
 		 445 aa  186  9e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1159  outer membrane efflux protein  28.83 
 
 		 465 aa  170  5e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2584  outer membrane efflux protein  28.79 
 
 		 466 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0423133  decreased coverage  0.00978547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0462  outer membrane efflux protein  28.54 
 
 		 451 aa  166  9e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4284  Outer membrane protein-like protein  26.37 
 
 		 480 aa  144  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2617  outer membrane efflux protein  28.38 
 
 		 479 aa  144  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.205144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3465  Outer membrane efflux protein  22.49 
 
 		 441 aa  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1750  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.33 
 
 		 498 aa  47.8  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0410029 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2559  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.57 
 
 		 527 aa  47.8  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2912  hypothetical protein  24.66 
 
 		 533 aa  47  0.0007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4260  outer membrane efflux protein  23.73 
 
 		 438 aa  47  0.0007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1723  outer membrane efflux protein  23.22 
 
 		 436 aa  46.2  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0996  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.78 
 
 		 498 aa  45.8  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0224  outer membrane efflux protein  24.12 
 
 		 419 aa  45.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000720591  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1056  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.78 
 
 		 498 aa  45.8  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.14613  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0170  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.78 
 
 		 498 aa  45.8  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0737823  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1921  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.78 
 
 		 514 aa  45.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.330678  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.78 
 
 		 514 aa  45.8  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.370375  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  21.41 
 
 		 452 aa  45.8  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4646  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.78 
 
 		 498 aa  45.8  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0590697  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1745  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  24.78 
 
 		 498 aa  45.1  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.134149  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2799  outer membrane efflux protein  25.82 
 
 		 435 aa  45.1  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000194078  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1387  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.98 
 
 		 498 aa  45.1  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1427  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.98 
 
 		 498 aa  45.1  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0987986 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1768  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  24.78 
 
 		 493 aa  45.1  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1990  outer membrane efflux protein  20.59 
 
 		 471 aa  44.7  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.154832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.77 
 
 		 498 aa  44.3  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1481  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.77 
 
 		 498 aa  44.3  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.497778 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0066  outer membrane efflux protein  22.78 
 
 		 436 aa  44.3  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1724  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.19 
 
 		 515 aa  43.9  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0888  ComEC/Rec2 family protein  22.37 
 
 		 559 aa  43.9  0.006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00289662  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  20.12 
 
 		 569 aa  43.5  0.009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.19723 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>