More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3979 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3979  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 220 aa  455  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487116  normal  0.704163 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2180  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.08 
 
 		 222 aa  238  5e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.384012 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4735  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.61 
 
 		 229 aa  176  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.261027  hitchhiker  0.000239774 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 204 aa  129  5.0000000000000004e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2881  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.71 
 
 		 212 aa  126  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1580  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.8 
 
 		 216 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1605  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.8 
 
 		 216 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2887  LuxR family two component transcriptional regulator  31.88 
 
 		 225 aa  121  9e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.526109  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 225 aa  120  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.717242  normal  0.142765 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5215  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.39 
 
 		 217 aa  118  9e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2107  two component LuxR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 245 aa  107  1e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 215 aa  106  3e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.115662  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1037  response regulator receiver protein  38.66 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2427  two component LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.27075  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1040  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  39.5 
 
 		 365 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02441  two-component response regulator  27.8 
 
 		 242 aa  102  5e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.72299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0584  response regulator receiver protein  36.6 
 
 		 216 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0767221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2199  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  37.01 
 
 		 344 aa  100  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.425276 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4491  two component LuxR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.697305 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1537  two component LuxR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 242 aa  99.8  3e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.84 
 
 		 201 aa  98.6  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.84 
 
 		 201 aa  98.6  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01871  two-component response regulator  27.35 
 
 		 242 aa  97.8  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2987  LuxR family two component transcriptional regulator  26.11 
 
 		 231 aa  98.2  1e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2022  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.97 
 
 		 589 aa  96.7  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1271  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.5 
 
 		 350 aa  96.3  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0301  two component LuxR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 231 aa  95.9  5e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.54347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27181  two-component response regulator  27.03 
 
 		 233 aa  94.7  9e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1860  two component LuxR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 235 aa  94.7  1e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0031  two component transcriptional regulator, LuxR family  23.98 
 
 		 229 aa  94.4  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0171  two component LuxR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 242 aa  94  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.45 
 
 		 354 aa  93.6  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 265 aa  93.6  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4627  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.56 
 
 		 226 aa  92.8  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.83 
 
 		 348 aa  92.4  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01891  two-component response regulator  26.91 
 
 		 242 aa  92.4  4e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.991625  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.5 
 
 		 201 aa  92.8  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.5 
 
 		 201 aa  92.8  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  33.09 
 
 		 352 aa  91.7  7e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01871  two-component response regulator  26.91 
 
 		 242 aa  91.7  8e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.528311  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2955  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.07 
 
 		 231 aa  91.3  9e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.800941 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0065  response regulator receiver domain-containing protein  31.79 
 
 		 196 aa  91.3  9e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.670969  normal  0.0252366 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  38.14 
 
 		 355 aa  91.3  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0463  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  34.71 
 
 		 403 aa  90.5  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2430  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.19 
 
 		 223 aa  89.4  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2657  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 128 aa  89.7  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0140925  normal  0.150861 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01981  two-component response regulator  25.56 
 
 		 242 aa  89.7  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.125891  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3680  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.19 
 
 		 223 aa  89.4  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.233635 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1838  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.51 
 
 		 231 aa  89.4  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 209 aa  89.4  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1812  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.51 
 
 		 231 aa  89.4  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0648  diguanylate phosphodiesterase  34.45 
 
 		 403 aa  88.2  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.215101 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1472  two component LuxR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 214 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.781461 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0411  two component transcriptional regulator  38.66 
 
 		 230 aa  87.8  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0679  two component LuxR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 213 aa  87.8  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2324  two component LuxR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 245 aa  86.7  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2593  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.08 
 
 		 214 aa  86.3  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.382122  hitchhiker  0.00235574 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.88 
 
 		 1559 aa  86.7  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1893  two component transcriptional regulator  25.35 
 
 		 235 aa  86.7  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2673  response regulator receiver modulated serine phosphatase  32.23 
 
 		 392 aa  86.3  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  37.21 
 
 		 289 aa  85.5  5e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3186  two component LuxR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 215 aa  85.1  7e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0678517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3577  two component transcriptional regulator  25.79 
 
 		 232 aa  85.1  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.70324 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2844  two component transcriptional regulator  32.2 
 
 		 248 aa  85.1  7e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  35.2 
 
 		 993 aa  85.1  8e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  26.44 
 
 		 209 aa  85.1  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5556  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.36 
 
 		 352 aa  84.3  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487576  normal  0.0420739 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0439  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.05 
 
 		 230 aa  84.3  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0440  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.05 
 
 		 230 aa  84.3  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3468  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.03 
 
 		 412 aa  83.6  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5322  two component LuxR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 220 aa  83.6  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929677 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.9 
 
 		 208 aa  84  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1539  two component LuxR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 214 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.274992 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 278 aa  84  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 208 aa  84  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3796  two component LuxR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 209 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.79 
 
 		 237 aa  83.2  0.000000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2873  two component LuxR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 216 aa  82.8  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0649  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 		 387 aa  82.4  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.736737  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  30.65 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.95 
 
 		 313 aa  81.6  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0530  two component LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 211 aa  82  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 213 aa  81.6  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19400  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  28.57 
 
 		 279 aa  81.6  0.000000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0470356  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0465  DNA-binding response regulator  28.33 
 
 		 230 aa  81.6  0.000000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000321608  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0981  two component transcriptional regulator, LuxR family  20.49 
 
 		 221 aa  81.6  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3412  adenylate/guanylate cyclase  30.89 
 
 		 1207 aa  81.6  0.000000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.210507 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  25 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1878  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.23 
 
 		 208 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1701  two component LuxR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 201 aa  80.1  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0166117  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2355  response regulator receiver protein  35.04 
 
 		 129 aa  80.5  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1276  two component transcriptional regulator, winged helix family  23.25 
 
 		 242 aa  80.9  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.114994 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 216 aa  80.1  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1659  two component transcriptional regulator  30.67 
 
 		 245 aa  80.5  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  32 
 
 		 241 aa  80.1  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0436  response regulator receiver protein  27.75 
 
 		 370 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1921  response regulator receiver protein  32.23 
 
 		 208 aa  80.1  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.287441  normal  0.0849999 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2711  transcriptional regulator NarP  29.65 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.281479  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3810  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.48 
 
 		 236 aa  79.7  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.225059  normal  0.0261757 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>