More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3809 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3809  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 469 aa  968    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00323854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3207  RagB/SusD domain protein  53.36 
 
 		 462 aa  459  9.999999999999999e-129  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.176888  normal  0.977355 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  41.98 
 
 		 456 aa  340  2e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2098  RagB/SusD domain protein  40.45 
 
 		 464 aa  335  1e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1984  RagB/SusD domain protein  38.98 
 
 		 461 aa  316  7e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.494164  hitchhiker  0.00000440617 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2855  RagB/SusD domain protein  38.16 
 
 		 479 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.142091 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1658  RagB/SusD domain protein  38.71 
 
 		 464 aa  301  2e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.175275  normal  0.106302 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3988  RagB/SusD domain protein  36.02 
 
 		 478 aa  299  6e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4549  RagB/SusD domain protein  39.38 
 
 		 476 aa  296  5e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0213349  normal  0.0641014 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5114  RagB/SusD domain protein  39.7 
 
 		 480 aa  293  6e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184484  normal  0.114098 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3213  RagB/SusD domain protein  37.07 
 
 		 510 aa  291  2e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1801  RagB/SusD domain protein  37.5 
 
 		 484 aa  289  6e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.587569  hitchhiker  0.000152838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  38.56 
 
 		 472 aa  287  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0135  RagB/SusD domain protein  37.42 
 
 		 493 aa  287  2.9999999999999996e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4374  RagB/SusD domain-containing protein  35.47 
 
 		 471 aa  278  1e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0916382  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3557  RagB/SusD domain-containing protein  36.81 
 
 		 467 aa  276  4e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.927903  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  38.14 
 
 		 480 aa  273  5.000000000000001e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6428  RagB/SusD domain protein  39.16 
 
 		 466 aa  271  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3036  RagB/SusD domain-containing protein  35.43 
 
 		 471 aa  270  4e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0180462  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4610  RagB/SusD domain protein  35.83 
 
 		 494 aa  269  8.999999999999999e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0690802  normal  0.474781 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0042  RagB/SusD domain protein  35.28 
 
 		 472 aa  252  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0056  RagB/SusD domain protein  36.27 
 
 		 453 aa  249  9e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5561  RagB/SusD domain protein  34.57 
 
 		 452 aa  230  4e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0500213 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1743  RagB/SusD domain protein  32.74 
 
 		 466 aa  212  1e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0457607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  32.91 
 
 		 448 aa  197  3e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0338  RagB/SusD domain protein  32.34 
 
 		 447 aa  186  8e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0554  hypothetical protein  29.96 
 
 		 458 aa  171  2e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.704424  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  32.32 
 
 		 481 aa  160  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  29.55 
 
 		 479 aa  159  8e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4221  RagB/SusD domain protein  30.64 
 
 		 457 aa  158  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.964616 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0547  hypothetical protein  32.16 
 
 		 446 aa  157  3e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.395816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2730  RagB/SusD domain protein  29.32 
 
 		 447 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424565 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  28.37 
 
 		 478 aa  153  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2080  RagB/SusD domain protein  29.46 
 
 		 457 aa  153  7e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0104067  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05675  hypothetical protein  29.81 
 
 		 461 aa  152  8.999999999999999e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.127954  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  30.16 
 
 		 483 aa  149  7e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  29.33 
 
 		 477 aa  148  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  30 
 
 		 477 aa  145  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  28.92 
 
 		 476 aa  143  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  29.62 
 
 		 487 aa  142  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1622  RagB/SusD domain protein  28.72 
 
 		 447 aa  139  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.339218 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  30.39 
 
 		 490 aa  136  7.000000000000001e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  29.33 
 
 		 499 aa  133  6e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1779  RagB/SusD domain protein  27.57 
 
 		 485 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  31.22 
 
 		 486 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  27.31 
 
 		 514 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  26.57 
 
 		 497 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  29.95 
 
 		 491 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6683  RagB/SusD domain protein  27.69 
 
 		 490 aa  127  6e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  27.04 
 
 		 473 aa  124  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2846  RagB/SusD domain protein  29.9 
 
 		 487 aa  124  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000771194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  28.19 
 
 		 506 aa  124  5e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  30.41 
 
 		 488 aa  123  7e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  26.33 
 
 		 481 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  28.06 
 
 		 514 aa  122  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2136  RagB/SusD domain protein  27.15 
 
 		 470 aa  120  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.528291 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  29.25 
 
 		 498 aa  119  9e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  29.57 
 
 		 494 aa  119  9.999999999999999e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  27.62 
 
 		 500 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  29.52 
 
 		 502 aa  119  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  27.53 
 
 		 476 aa  118  1.9999999999999998e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  28.43 
 
 		 480 aa  118  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4497  RagB/SusD domain protein  27.34 
 
 		 531 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  32.02 
 
 		 460 aa  116  6.9999999999999995e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0455  RagB/SusD domain protein  26.81 
 
 		 478 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  28.51 
 
 		 488 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4233  RagB/SusD domain-containing protein  28.22 
 
 		 511 aa  115  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  26.41 
 
 		 499 aa  115  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1803  RagB/SusD domain protein  28.74 
 
 		 512 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  27.65 
 
 		 494 aa  114  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1122  RagB/SusD domain protein  27.52 
 
 		 511 aa  114  3e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0005  RagB/SusD domain protein  26.28 
 
 		 504 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4209  RagB/SusD domain protein  27.67 
 
 		 456 aa  114  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  28.87 
 
 		 497 aa  114  5e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  26.44 
 
 		 492 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3634  RagB/SusD domain protein  25.74 
 
 		 510 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358652  normal  0.222637 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  29.38 
 
 		 486 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0518  RagB/SusD domain protein  25.67 
 
 		 483 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138157 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1041  RagB/SusD domain protein  26.13 
 
 		 501 aa  110  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0635892  normal  0.364021 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6228  RagB/SusD domain protein  26.64 
 
 		 511 aa  110  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4207  RagB/SusD domain protein  28.1 
 
 		 451 aa  108  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  26.88 
 
 		 503 aa  107  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6530  RagB/SusD domain protein  26.8 
 
 		 521 aa  107  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0869  RagB/SusD domain protein  26.69 
 
 		 503 aa  107  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0508495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0453  RagB/SusD domain protein  27.8 
 
 		 469 aa  107  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000455349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  27.22 
 
 		 494 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4848  RagB/SusD domain protein  24.67 
 
 		 523 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.101496  hitchhiker  0.00561902 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1361  RagB/SusD domain protein  29.95 
 
 		 426 aa  105  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252312  normal  0.386209 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  28.96 
 
 		 541 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4005  RagB/SusD domain protein  30.53 
 
 		 495 aa  104  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0243804  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05060  hypothetical protein  28.31 
 
 		 519 aa  104  4e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.301626  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4709  RagB/SusD domain protein  26.06 
 
 		 479 aa  99.8  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.529727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  26.6 
 
 		 506 aa  99.4  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3539  RagB/SusD domain protein  25.54 
 
 		 496 aa  98.6  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.247427  normal  0.288919 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1406  RagB/SusD domain-containing protein  25.64 
 
 		 534 aa  98.2  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0224524  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  27.34 
 
 		 522 aa  97.8  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1129  RagB/SusD domain protein  28.03 
 
 		 493 aa  95.9  1e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.259882  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0444  RagB/SusD domain protein  26.04 
 
 		 498 aa  94.4  4e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1774  RagB/SusD domain protein  27.27 
 
 		 548 aa  93.6  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.475822  normal  0.891404 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0713  RagB/SusD domain protein  24.75 
 
 		 491 aa  93.6  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10796  normal  0.438194 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>