More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3655 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3655  ribonuclease H  100 
 
 		 151 aa  312  8e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00499502  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2706  ribonuclease HI  62.16 
 
 		 159 aa  198  1.9999999999999998e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2969  Ribonuclease H  61.22 
 
 		 157 aa  187  4e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  56.41 
 
 		 170 aa  181  3e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1135  ribonuclease H  55.03 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1098  hypothetical protein  54.73 
 
 		 152 aa  172  9.999999999999999e-43  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.26429 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10510  ribonuclease HI  54.72 
 
 		 161 aa  169  2e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000169175 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1094  ribonuclease H  53.8 
 
 		 158 aa  164  2.9999999999999998e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0989345  hitchhiker  0.0000000000000128694 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  54.3 
 
 		 156 aa  164  5e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  54.3 
 
 		 159 aa  163  6.9999999999999995e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  53.64 
 
 		 241 aa  161  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1373  Ribonuclease H  51.95 
 
 		 154 aa  158  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000016883  hitchhiker  0.00000157044 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  52.56 
 
 		 154 aa  154  4e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1584  RNase HI  49.02 
 
 		 157 aa  154  4e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.590507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  52.94 
 
 		 156 aa  153  8e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  51.28 
 
 		 156 aa  152  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  53.9 
 
 		 154 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2382  ribonuclease H  52.6 
 
 		 158 aa  150  5e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  49.34 
 
 		 158 aa  150  5.9999999999999996e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  53.25 
 
 		 154 aa  150  7e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  52.26 
 
 		 153 aa  148  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  53.95 
 
 		 156 aa  148  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  52.56 
 
 		 155 aa  148  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  52.56 
 
 		 155 aa  147  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  52.56 
 
 		 155 aa  147  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  52.56 
 
 		 155 aa  147  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  52.56 
 
 		 155 aa  147  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  52.56 
 
 		 155 aa  147  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  52.56 
 
 		 155 aa  147  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  52.56 
 
 		 155 aa  147  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  52.56 
 
 		 155 aa  147  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  50.64 
 
 		 155 aa  147  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  50.64 
 
 		 155 aa  147  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  50.64 
 
 		 155 aa  147  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  50.64 
 
 		 155 aa  147  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  50.64 
 
 		 155 aa  147  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  52.56 
 
 		 155 aa  146  9e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4372  Ribonuclease H  48.03 
 
 		 163 aa  145  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  52.98 
 
 		 154 aa  146  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  52.98 
 
 		 154 aa  146  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2729  ribonuclease H  50.33 
 
 		 192 aa  145  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4434  Ribonuclease H  48.03 
 
 		 163 aa  145  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.10837 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  52.98 
 
 		 154 aa  146  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  53.29 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  47.74 
 
 		 173 aa  145  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000149307  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  49.35 
 
 		 154 aa  144  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2115  ribonuclease H  47.92 
 
 		 146 aa  144  3e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.111638  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  48.7 
 
 		 156 aa  142  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  48.7 
 
 		 157 aa  142  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  49.35 
 
 		 156 aa  141  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  54.01 
 
 		 150 aa  141  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  46.79 
 
 		 158 aa  141  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  46.41 
 
 		 185 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0600  ribonuclease H  51.8 
 
 		 146 aa  138  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.42246  normal  0.0270163 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  47.71 
 
 		 158 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  49.34 
 
 		 154 aa  136  8.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  46.41 
 
 		 158 aa  136  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1744  ribonuclease H  49.64 
 
 		 146 aa  136  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  45.16 
 
 		 156 aa  136  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000066103  hitchhiker  0.00000132763 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2924  ribonuclease H  47.06 
 
 		 159 aa  135  2e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  50.71 
 
 		 149 aa  135  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0581  ribonuclease H  48.92 
 
 		 146 aa  135  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0543  ribonuclease H  50.36 
 
 		 146 aa  134  3.0000000000000003e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.751982 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  46.41 
 
 		 158 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  47.71 
 
 		 154 aa  134  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  44.81 
 
 		 161 aa  134  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  52.14 
 
 		 155 aa  134  5e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  50.72 
 
 		 151 aa  134  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  52.17 
 
 		 154 aa  134  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  52.05 
 
 		 145 aa  133  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  45.75 
 
 		 158 aa  133  9e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2324  ribonuclease H  46.36 
 
 		 156 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000039246  decreased coverage  0.0000234426 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2014  ribonuclease H  46.36 
 
 		 156 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000135342  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  49.65 
 
 		 150 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1999  ribonuclease H  46.36 
 
 		 156 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  44.74 
 
 		 159 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0628  ribonuclease H  50 
 
 		 146 aa  133  9.999999999999999e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.702855  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2062  ribonuclease H  46.36 
 
 		 156 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000221835  decreased coverage  0.0000999459 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1607  ribonuclease H  48.92 
 
 		 153 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.321118 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2071  ribonuclease H  49.65 
 
 		 149 aa  131  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2941  ribonuclease H  49.03 
 
 		 154 aa  131  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1340  Ribonuclease H  48.55 
 
 		 145 aa  131  3e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154889  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0619  ribonuclease H  48.53 
 
 		 152 aa  131  3e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.772003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0474  RNase H  46.05 
 
 		 153 aa  131  3e-30  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.357306  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  48.57 
 
 		 154 aa  130  5e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  50.71 
 
 		 151 aa  130  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  51.45 
 
 		 150 aa  130  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  51.85 
 
 		 161 aa  130  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  50.71 
 
 		 151 aa  130  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  49.28 
 
 		 154 aa  130  6.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  49.28 
 
 		 154 aa  130  6.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  45.33 
 
 		 236 aa  130  6.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  48.25 
 
 		 154 aa  130  7.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  50 
 
 		 153 aa  130  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  51.47 
 
 		 154 aa  129  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  48.61 
 
 		 146 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  48.61 
 
 		 152 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1495  ribonuclease H  48.91 
 
 		 146 aa  129  1.0000000000000001e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  51.85 
 
 		 155 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0446  Ribonuclease H  50 
 
 		 145 aa  129  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>