More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3571 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 269 aa  562  1.0000000000000001e-159  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  37.22 
 
 		 269 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 		 271 aa  163  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  30.34 
 
 		 272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 279 aa  108  7.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 271 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 261 aa  102  7e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  32.2 
 
 		 289 aa  96.3  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  26.12 
 
 		 281 aa  95.9  7e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 271 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 273 aa  90.9  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 309 aa  90.9  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 274 aa  91.3  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.41 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 260 aa  85.9  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 274 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  30.73 
 
 		 280 aa  84.3  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  27.11 
 
 		 268 aa  82.8  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  31.02 
 
 		 272 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  26.44 
 
 		 272 aa  82.4  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1632  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 291 aa  82  0.000000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0196517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 257 aa  81.6  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 271 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  28.14 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  29.94 
 
 		 253 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 271 aa  79  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 278 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.29 
 
 		 260 aa  74.7  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.57 
 
 		 325 aa  75.1  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0383824  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 275 aa  73.2  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 		 272 aa  73.6  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 257 aa  72.4  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 257 aa  72.4  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  25.98 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 275 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  26.23 
 
 		 277 aa  72  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 287 aa  70.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  26.61 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 		 282 aa  70.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 271 aa  70.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4039  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 280 aa  70.5  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0024992  normal  0.0177037 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  27.75 
 
 		 289 aa  70.1  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3491  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.84 
 
 		 248 aa  69.3  0.00000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.873447  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 256 aa  69.3  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 304 aa  68.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25000  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  28.57 
 
 		 263 aa  68.9  0.00000000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 		 275 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 259 aa  67.8  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1875  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  26.75 
 
 		 273 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  24.41 
 
 		 244 aa  67.4  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 244 aa  67  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  22.61 
 
 		 254 aa  67.4  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  27.22 
 
 		 277 aa  66.6  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 277 aa  66.6  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  24.5 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 267 aa  65.9  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3824  transcriptional regulator, AraC family  22.9 
 
 		 276 aa  65.9  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2016  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296737 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0979  transcriptional regulator, AraC family  27.23 
 
 		 279 aa  65.9  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560002  normal  0.0613388 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 264 aa  65.5  0.0000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 281 aa  65.5  0.0000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 252 aa  65.1  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  26.9 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1931  helix-turn-helix, AraC type  39.24 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1298  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00392823  normal  0.549276 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  27.37 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  23.4 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  23.85 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1914  helix-turn-helix domain-containing protein  24.46 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  29.53 
 
 		 229 aa  63.5  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0264  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 228 aa  63.5  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  42.31 
 
 		 276 aa  63.9  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.88 
 
 		 255 aa  63.5  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  25.34 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0678  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.364827 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  32.85 
 
 		 360 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  24.44 
 
 		 271 aa  62.4  0.000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0111  AraC family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 274 aa  62  0.000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0958  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.84 
 
 		 268 aa  61.6  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0644351  decreased coverage  0.00475018 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 253 aa  60.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  23.72 
 
 		 263 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  33.67 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  32.12 
 
 		 360 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 361 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 331 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 462 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  24.07 
 
 		 239 aa  60.5  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0145  Helix-turn-helix, AraC domain protein  23.67 
 
 		 276 aa  60.5  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2336  hypothetical protein  24.23 
 
 		 274 aa  60.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.429257 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  25.97 
 
 		 257 aa  60.1  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>