More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3505 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 97 aa  197  3.9999999999999996e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 218 aa  57.4  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 128 aa  57.4  0.00000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 105 aa  55.5  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 143 aa  54.3  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  40.68 
 
 		 145 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 142 aa  53.5  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  34.94 
 
 		 182 aa  52  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  34.94 
 
 		 182 aa  52  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 366 aa  51.6  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19180  predicted transcriptional regulator  38.18 
 
 		 141 aa  50.8  0.000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.433834  normal  0.0717748 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 		 117 aa  50.8  0.000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  44.9 
 
 		 69 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 83 aa  50.4  0.000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 69 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  44.9 
 
 		 69 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 300 aa  50.1  0.000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  43.55 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 489 aa  49.7  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 321 aa  48.9  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3325  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 132 aa  48.9  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.951431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 178 aa  49.3  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10023  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 256 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 101 aa  48.5  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0455  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 214 aa  48.5  0.00003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000298649 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 213 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  36.63 
 
 		 124 aa  48.1  0.00004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 106 aa  48.1  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 256 aa  48.1  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 182 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  31.46 
 
 		 200 aa  47.8  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  30.95 
 
 		 182 aa  47.4  0.00006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 68 aa  47.4  0.00006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 182 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  33.8 
 
 		 182 aa  47.4  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1039  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 264 aa  47.4  0.00007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000101655  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 176 aa  47.4  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  38.18 
 
 		 255 aa  47  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 77 aa  47  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 182 aa  47  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 100 aa  47  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 197 aa  47  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  36.49 
 
 		 182 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 182 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 137 aa  46.6  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 205 aa  46.2  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0631  hypothetical protein  50.91 
 
 		 73 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  29.52 
 
 		 186 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 182 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 190 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 134 aa  46.2  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 359 aa  46.6  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 182 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0650  transcriptional regulator, XRE family  34.02 
 
 		 110 aa  46.6  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  36.49 
 
 		 182 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 70 aa  45.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1900  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 104 aa  46.2  0.0002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.43236e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 69 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  31.17 
 
 		 118 aa  45.8  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 110 aa  46.2  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 199 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  43.86 
 
 		 127 aa  45.8  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 76 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2653  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 110 aa  46.2  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200481  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 181 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  43.4 
 
 		 196 aa  45.8  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  44.44 
 
 		 180 aa  45.8  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 432 aa  45.4  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 210 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  28.57 
 
 		 186 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 182 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  41.67 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 205 aa  45.4  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  36.21 
 
 		 188 aa  45.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 67 aa  45.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 182 aa  45.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_489  DNA-binding protein  36.21 
 
 		 67 aa  45.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.140066  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 105 aa  45.4  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  39.29 
 
 		 77 aa  44.7  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  34.09 
 
 		 209 aa  44.7  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2097  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 361 aa  44.7  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.961796  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  28.87 
 
 		 169 aa  45.1  0.0004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 118 aa  44.7  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  42.11 
 
 		 180 aa  45.1  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 123 aa  44.7  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 528 aa  45.1  0.0004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 142 aa  44.7  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 77 aa  44.7  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5157  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 107 aa  44.3  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086798  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  47.06 
 
 		 356 aa  44.3  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 208 aa  44.7  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 208 aa  44.7  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 505 aa  44.7  0.0005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 208 aa  44.7  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 93 aa  44.7  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2319  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 124 aa  44.3  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>