181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3305 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 271 aa  565  1e-160  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 271 aa  102  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  27.73 
 
 		 272 aa  100  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 254 aa  91.7  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 279 aa  87.4  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  27.11 
 
 		 244 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  25.89 
 
 		 274 aa  86.7  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 271 aa  84.3  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  24.89 
 
 		 274 aa  84  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 287 aa  82  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 261 aa  80.5  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  23.35 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 257 aa  76.3  0.0000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 280 aa  76.3  0.0000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  24.22 
 
 		 327 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  23.91 
 
 		 272 aa  73.6  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1713  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 286 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 268 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  23.32 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  23.19 
 
 		 253 aa  69.7  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  28.02 
 
 		 272 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  24.11 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  23.83 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 260 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 271 aa  68.2  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.42 
 
 		 260 aa  68.6  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  24.43 
 
 		 257 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 256 aa  67.4  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 297 aa  67  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 269 aa  66.6  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  22.81 
 
 		 271 aa  65.9  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 277 aa  65.5  0.0000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  23.81 
 
 		 256 aa  65.5  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 259 aa  65.5  0.0000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  22.77 
 
 		 277 aa  65.5  0.0000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  25.5 
 
 		 271 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  28.89 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 257 aa  62.8  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1914  helix-turn-helix domain-containing protein  24.51 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  24.27 
 
 		 287 aa  62.4  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  25.22 
 
 		 263 aa  62  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  22.93 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.486206  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  22.39 
 
 		 304 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  25.42 
 
 		 309 aa  60.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0497  helix-turn-helix domain-containing protein  22.52 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.516029  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 281 aa  60.5  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 267 aa  60.1  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1875  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 294 aa  59.7  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 273 aa  59.3  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  28.86 
 
 		 252 aa  58.9  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  21.37 
 
 		 297 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  22.57 
 
 		 279 aa  58.5  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2016  transcriptional regulator, AraC family  22.05 
 
 		 308 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296737 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  21.62 
 
 		 306 aa  57.4  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3824  transcriptional regulator, AraC family  20.1 
 
 		 276 aa  56.6  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  25.43 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  21.72 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  22.5 
 
 		 251 aa  55.8  0.0000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.98 
 
 		 288 aa  55.5  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  21.83 
 
 		 246 aa  54.7  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  26.4 
 
 		 252 aa  55.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.57 
 
 		 255 aa  55.5  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.88 
 
 		 252 aa  54.7  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 271 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5257  transcriptional regulator, AraC family  24.79 
 
 		 289 aa  55.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 		 269 aa  54.7  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 246 aa  54.3  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 		 275 aa  53.5  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 281 aa  53.1  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6610  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 277 aa  53.5  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25000  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  23.76 
 
 		 263 aa  53.1  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2622  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 228 aa  52.8  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 271 aa  52.4  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  25.33 
 
 		 267 aa  52.4  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2103  AraC family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 253 aa  52  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.985837 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 289 aa  50.8  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  29.9 
 
 		 253 aa  50.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1931  helix-turn-helix, AraC type  26.97 
 
 		 274 aa  50.8  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2898  AraC family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 221 aa  50.8  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 273 aa  50.8  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  23.14 
 
 		 292 aa  50.4  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4856  negative transcriptional regulator of cel operon  28.1 
 
 		 271 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 309 aa  50.1  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4782  negative transcriptional regulator of cel operon  28.1 
 
 		 271 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0663748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3502  transcriptional regulator, AraC family  23.24 
 
 		 278 aa  49.7  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  23.46 
 
 		 244 aa  49.7  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  23.71 
 
 		 275 aa  49.3  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8641  transcriptional regulator  26.53 
 
 		 266 aa  49.3  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2463  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 		 248 aa  48.9  0.00009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 462 aa  48.9  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0782  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 131 aa  48.5  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4320  AraC family transcriptional regulator  23.14 
 
 		 255 aa  48.1  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.400643  normal  0.300736 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 310 aa  47.8  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  21.43 
 
 		 305 aa  47.4  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0145  transcriptional regulator, AraC family  21.88 
 
 		 255 aa  47.8  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.818844  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>