More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3092 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
435 aa  894    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.53 
 
 
436 aa  565  1e-160  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.92 
 
 
437 aa  564  1.0000000000000001e-159  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.76 
 
 
437 aa  557  1e-157  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  60.55 
 
 
435 aa  553  1e-156  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  58.94 
 
 
437 aa  547  1e-154  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.91 
 
 
433 aa  546  1e-154  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.36 
 
 
444 aa  538  9.999999999999999e-153  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  51.27 
 
 
434 aa  457  1e-127  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  48.6 
 
 
440 aa  411  1e-114  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1592  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  49.41 
 
 
429 aa  408  1.0000000000000001e-112  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000486202  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1757  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.01 
 
 
431 aa  404  1e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0963  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.24 
 
 
442 aa  393  1e-108  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1513  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  46.84 
 
 
433 aa  391  1e-107  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.627818  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1760  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.03 
 
 
432 aa  389  1e-107  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.57 
 
 
444 aa  382  1e-105  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.75 
 
 
440 aa  379  1e-104  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  44.81 
 
 
438 aa  369  1e-101  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.12 
 
 
446 aa  371  1e-101  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.81 
 
 
436 aa  362  7.0000000000000005e-99  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.12 
 
 
446 aa  362  9e-99  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.72 
 
 
442 aa  359  4e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.22 
 
 
453 aa  359  6e-98  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.64 
 
 
449 aa  349  5e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  43.88 
 
 
483 aa  348  8e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.18 
 
 
450 aa  347  3e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.36 
 
 
442 aa  346  4e-94  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.37 
 
 
440 aa  344  2e-93  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.09 
 
 
469 aa  343  4e-93  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.09 
 
 
469 aa  342  5.999999999999999e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.18 
 
 
470 aa  341  2e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.12 
 
 
448 aa  338  8e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.93 
 
 
448 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40 
 
 
447 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.6 
 
 
430 aa  336  3.9999999999999995e-91  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.08 
 
 
444 aa  335  9e-91  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.49 
 
 
448 aa  335  1e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.86 
 
 
463 aa  333  3e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  40.45 
 
 
445 aa  333  4e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  40.82 
 
 
445 aa  330  3e-89  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  39.69 
 
 
455 aa  329  6e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.59 
 
 
445 aa  328  9e-89  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.47 
 
 
452 aa  328  1.0000000000000001e-88  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.04 
 
 
471 aa  327  2.0000000000000001e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.53 
 
 
435 aa  312  7.999999999999999e-84  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.95 
 
 
450 aa  311  1e-83  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.65 
 
 
431 aa  311  2e-83  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  40.41 
 
 
432 aa  310  2.9999999999999997e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  38.43 
 
 
440 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  37.76 
 
 
439 aa  307  2.0000000000000002e-82  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  38.98 
 
 
466 aa  307  3e-82  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  39.91 
 
 
458 aa  306  4.0000000000000004e-82  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  40.18 
 
 
448 aa  306  4.0000000000000004e-82  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.57 
 
 
486 aa  306  7e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  38.99 
 
 
471 aa  303  6.000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  38.33 
 
 
454 aa  302  9e-81  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.5 
 
 
440 aa  301  1e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  39.25 
 
 
472 aa  301  1e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.39 
 
 
430 aa  301  2e-80  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.74 
 
 
450 aa  300  4e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  37.89 
 
 
454 aa  300  4e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0770  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.99 
 
 
457 aa  299  5e-80  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.579434 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.07 
 
 
430 aa  298  9e-80  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.24 
 
 
441 aa  298  2e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  38.88 
 
 
454 aa  297  2e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.45 
 
 
472 aa  298  2e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.15 
 
 
470 aa  296  4e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.24 
 
 
427 aa  296  4e-79  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1764  hypothetical protein  41.2 
 
 
443 aa  296  5e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.341507  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  38.96 
 
 
440 aa  296  5e-79  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.5 
 
 
436 aa  296  6e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.33 
 
 
430 aa  295  9e-79  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1284  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.72 
 
 
482 aa  295  1e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.323089 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.39 
 
 
438 aa  293  6e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  36.84 
 
 
450 aa  292  9e-78  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0127  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.35 
 
 
446 aa  291  1e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0728871  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1361  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39 
 
 
456 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1063  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.91 
 
 
458 aa  289  7e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.270511  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0160  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.05 
 
 
401 aa  289  8e-77  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0127  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.22 
 
 
442 aa  289  9e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0233399  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2966  2-alkenal reductase  39.82 
 
 
446 aa  288  1e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000212158  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2811  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.57 
 
 
441 aa  288  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.1 
 
 
441 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000318709  unclonable  0.000000244003 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.91 
 
 
441 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  39.91 
 
 
441 aa  286  4e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.91 
 
 
441 aa  286  4e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.91 
 
 
441 aa  286  4e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  39.91 
 
 
441 aa  286  4e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.91 
 
 
441 aa  286  4e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.91 
 
 
441 aa  286  4e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.91 
 
 
441 aa  286  4e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.91 
 
 
441 aa  286  4e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.13 
 
 
441 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.13 
 
 
441 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.13 
 
 
441 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.13 
 
 
441 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  37.16 
 
 
462 aa  286  7e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2732  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.2 
 
 
455 aa  285  8e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106546  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0082  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.04 
 
 
437 aa  285  9e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3120  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.13 
 
 
443 aa  285  9e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>