More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3039 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 235 aa  486  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  59.13 
 
 		 230 aa  282  3.0000000000000004e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  58.26 
 
 		 229 aa  277  1e-73  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  53.28 
 
 		 230 aa  251  5.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.36 
 
 		 324 aa  184  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.77 
 
 		 315 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.26 
 
 		 319 aa  174  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.74 
 
 		 318 aa  168  8e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.29 
 
 		 315 aa  167  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.8 
 
 		 316 aa  150  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.74 
 
 		 230 aa  148  6e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  35.41 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  35.41 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  35.41 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.62 
 
 		 336 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.78 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  36.24 
 
 		 228 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.44 
 
 		 242 aa  133  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  35.09 
 
 		 313 aa  132  5e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  33.04 
 
 		 237 aa  131  7.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32 
 
 		 242 aa  129  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  34.65 
 
 		 313 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.84 
 
 		 233 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  34.21 
 
 		 313 aa  126  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  33 
 
 		 234 aa  126  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  31.84 
 
 		 233 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  33.77 
 
 		 313 aa  125  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  31.84 
 
 		 233 aa  125  5e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  33.91 
 
 		 232 aa  125  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  32.14 
 
 		 234 aa  124  9e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.32 
 
 		 240 aa  122  3e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  30.6 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30 
 
 		 232 aa  121  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_006663  SEA0009  transcriptional regulator, putative  51.4 
 
 		 111 aa  121  9e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.227571  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  29.11 
 
 		 232 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.12 
 
 		 228 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.33 
 
 		 232 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  34.09 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.18 
 
 		 232 aa  119  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  34.43 
 
 		 226 aa  119  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  32.55 
 
 		 230 aa  118  9e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.91 
 
 		 237 aa  118  9e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  34.21 
 
 		 244 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.08 
 
 		 232 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.08 
 
 		 232 aa  116  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.08 
 
 		 232 aa  116  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.86 
 
 		 229 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3521  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.44 
 
 		 231 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.71 
 
 		 226 aa  115  3.9999999999999997e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.8 
 
 		 232 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.97 
 
 		 229 aa  113  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  30.43 
 
 		 230 aa  112  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  31.58 
 
 		 230 aa  112  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  33.78 
 
 		 235 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.38 
 
 		 225 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.7 
 
 		 229 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.86 
 
 		 237 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.86 
 
 		 237 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.86 
 
 		 237 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  30.49 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.38 
 
 		 237 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0146  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.57 
 
 		 233 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7104  hypothetical protein  30.8 
 
 		 232 aa  108  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.38 
 
 		 229 aa  109  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  32.56 
 
 		 238 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.04 
 
 		 230 aa  108  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  28.95 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  31.75 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  33.64 
 
 		 229 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.6 
 
 		 237 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3216  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.03 
 
 		 224 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.67 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.87 
 
 		 230 aa  105  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.95 
 
 		 228 aa  105  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.78 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.57 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2380  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.95 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.33 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4069  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.26 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.41 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.55 
 
 		 233 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.87 
 
 		 246 aa  102  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.26 
 
 		 321 aa  102  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  31.75 
 
 		 246 aa  102  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.14 
 
 		 237 aa  102  7e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4185  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.95 
 
 		 248 aa  101  8e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  30.85 
 
 		 228 aa  100  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.85 
 
 		 228 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  30.85 
 
 		 228 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.85 
 
 		 228 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4540  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.05 
 
 		 228 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  29.13 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  29.13 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.85 
 
 		 228 aa  99.8  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.85 
 
 		 228 aa  99.8  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0408  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.51 
 
 		 233 aa  99.8  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4400  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.44 
 
 		 231 aa  99.4  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  29.26 
 
 		 320 aa  99  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.83 
 
 		 303 aa  99.4  5e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>