More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2784 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1385  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  40.52 
 
 
1050 aa  761    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3426  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  40.84 
 
 
1059 aa  757    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.96069  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1360  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  39.41 
 
 
1054 aa  800    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.103096  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1597  multidrug efflux transporter MexF  41.31 
 
 
1055 aa  765    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.586106  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2231  HAE1 efflux family protein  43.98 
 
 
1037 aa  839    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.601813  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0010  putative acriflavin resistance transmembrane protein  39.11 
 
 
1049 aa  734    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.461171  normal  0.0539399 
 
 
-
 
NC_003296  RS01889  drug efflux transmembrane protein  38.45 
 
 
1053 aa  726    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.43508  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1113  transmembrane multidrug-efflux system lipoprotein transmembrane  41.86 
 
 
1069 aa  731    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.674026  normal  0.708175 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1355  hydrophobe/amphiphile efflux-1 family protein  40.33 
 
 
1052 aa  791    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1537  hydrophobe/amphiphile efflux-1 family protein  41.32 
 
 
1037 aa  847    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209864  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0415  RND efflux system, inner membrane transporter CmeB  39.92 
 
 
1040 aa  790    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0292  hydrophobe/amphiphile efflux-1 family protein  44.37 
 
 
1051 aa  903    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0334  hydrophobe/amphiphile efflux-1 family protein  42.12 
 
 
1074 aa  802    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3492  RND multidrug efflux transporter MexF  41.3 
 
 
1047 aa  726    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4692  AcrB/AcrD/AcrF family protein  38.69 
 
 
1044 aa  736    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3100  multidrug efflux RND transporter MexF  41.39 
 
 
1063 aa  750    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0635013  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4304  AcrB/AcrD/AcrF family protein  40.74 
 
 
1044 aa  773    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1465  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  42.05 
 
 
1061 aa  801    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.372368  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2130  hypothetical protein  41.45 
 
 
1050 aa  803    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2580  hypothetical protein  39.55 
 
 
1050 aa  744    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2104  hypothetical protein  40.97 
 
 
1052 aa  794    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2434  hypothetical protein  39.36 
 
 
1050 aa  739    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2282  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  39.67 
 
 
1047 aa  724    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0161777 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2968  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.33 
 
 
1063 aa  768    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.599397  normal  0.253976 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4008  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  40.71 
 
 
1044 aa  775    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.507214  normal  0.0226563 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2161  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  42.1 
 
 
1040 aa  809    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297975  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3828  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.2 
 
 
1062 aa  721    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.130415  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3062  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.03 
 
 
1057 aa  827    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.143061  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4089  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  39.56 
 
 
1050 aa  737    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4334  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.78 
 
 
1063 aa  742    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.637408  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3838  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.45 
 
 
1057 aa  838    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1841  multidrug-efflux transporter protein  42.05 
 
 
1061 aa  801    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1130  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  43.06 
 
 
1059 aa  810    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.121687  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1827  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.44 
 
 
1071 aa  744    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0746968  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1279  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  39.92 
 
 
1054 aa  744    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0197931  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2658  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.8 
 
 
1063 aa  773    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.350472  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2757  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  39.83 
 
 
1043 aa  729    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0156651  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1100  AcrB/AcrD/AcrF family cation efflux protein  41.19 
 
 
1060 aa  781    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3095  cation/multidrug efflux pump  42.76 
 
 
1042 aa  847    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00680948  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0296  hydrophobe/amphiphile efflux pump, HAE1  42.35 
 
 
1066 aa  794    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.243004  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0807  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  59.69 
 
 
1070 aa  1204    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1203  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  57.66 
 
 
1055 aa  1211    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0458875  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1664  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  38.02 
 
 
1044 aa  739    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.186908  normal  0.57083 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0401  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  37.79 
 
 
1055 aa  729    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.913827  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0536  resistance-nodulation-cell division family transporter  40.17 
 
 
1034 aa  796    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2369  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  39.29 
 
 
1056 aa  722    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.11897  normal  0.738324 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0688  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41 
 
 
1057 aa  795    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.67862  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0691  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.71 
 
 
1038 aa  774    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.553697  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0850  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  40.45 
 
 
1074 aa  720    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1727  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  44.62 
 
 
1059 aa  855    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0256707  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0886  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  40.13 
 
 
1052 aa  758    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2105  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  42.14 
 
 
1061 aa  804    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.179451  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2567  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  40.53 
 
 
1047 aa  734    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.461697 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3303  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.22 
 
 
1078 aa  760    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.110746  normal  0.948069 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1190  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.15 
 
 
1057 aa  761    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0696515  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1903  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.86 
 
 
1066 aa  731    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.819338  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3585  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  40.76 
 
 
1050 aa  781    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4635  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  43.66 
 
 
1047 aa  891    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.518068  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0373  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  46.07 
 
 
1059 aa  936    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0673649 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1592  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.48 
 
 
1037 aa  790    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0951856  unclonable  0.000000469931 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1793  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  40.89 
 
 
1062 aa  743    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3428  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  43.24 
 
 
1065 aa  753    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2892  RND family hydrophobe/amphiphile efflux pump  42.59 
 
 
1088 aa  775    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0850  RND family hydrophobe/amphiphile efflux pump  41.48 
 
 
1061 aa  753    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.033039  decreased coverage  0.00102824 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1230  RND family hydrophobe/amphiphile efflux pump  41.68 
 
 
1076 aa  810    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.207904 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3080  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.44 
 
 
1078 aa  739    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2310  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  40.74 
 
 
1062 aa  756    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.107479  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0949  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.63 
 
 
1066 aa  813    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3239  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  39.52 
 
 
1067 aa  743    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0712  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.48 
 
 
1057 aa  791    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0993  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  40.42 
 
 
1048 aa  749    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.379885  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1702  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.27 
 
 
1063 aa  823    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.710777  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3924  multidrug efflux system protein  40.57 
 
 
1048 aa  747    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0170856  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4866  acriflavin resistance protein F  41.95 
 
 
1081 aa  739    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0385197  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1068  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  38.38 
 
 
1059 aa  772    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.186507 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2817  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.03 
 
 
1043 aa  788    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.702974  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4071  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.36 
 
 
1055 aa  764    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.702974  normal  0.202748 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3420  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  40.06 
 
 
1042 aa  759    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3015  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  42.25 
 
 
1061 aa  791    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.841089  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0738  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  40.21 
 
 
1055 aa  763    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4125  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  40.19 
 
 
1058 aa  724    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0790876  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0538  AcrB/AcrD family multidrug resistance protein  52.48 
 
 
1048 aa  1060    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.199673  normal  0.872862 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0941  acriflavin resistance protein D  43.44 
 
 
1056 aa  798    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0389771  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2860  acridine efflux pump  44.67 
 
 
1055 aa  880    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00427277  normal  0.0312794 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1074  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  40.91 
 
 
1049 aa  719    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1940  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  40.32 
 
 
1055 aa  742    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0454025  hitchhiker  0.00180133 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3836  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  38.71 
 
 
1044 aa  734    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1146  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  40.91 
 
 
1049 aa  720    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.204778  normal  0.908583 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2036  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  40.42 
 
 
1055 aa  744    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.449144  normal  0.194235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3929  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  38.71 
 
 
1044 aa  734    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1408  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  39.92 
 
 
1058 aa  785    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.902436  normal  0.728656 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4698  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  42.06 
 
 
1071 aa  788    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.294616  normal  0.444302 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05540  RND multidrug efflux transporter MexB  41.29 
 
 
1046 aa  767    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.277681  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32390  RND multidrug efflux transporter MexF  41.19 
 
 
1062 aa  754    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.119837  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60830  multidrug efflux RND transporter MexD  39.54 
 
 
1043 aa  727    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.503401  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5351  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  42.25 
 
 
1061 aa  791    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.31153  normal  0.391167 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1075  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  39.81 
 
 
1065 aa  735    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.405118  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1076  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  40.48 
 
 
1063 aa  784    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.421657  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1457  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  41.4 
 
 
1055 aa  780    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000798188 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3922  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  41.94 
 
 
1052 aa  847    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.222699 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>