More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2755 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2755  putative transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
456 aa  941  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.243959 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3547  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  41.5 
 
 
477 aa  370  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224357  normal  0.0204741 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0559  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.75 
 
 
508 aa  330  3e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3314  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.97 
 
 
494 aa  329  5e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7471  GntR family transcriptional regulator  37.42 
 
 
449 aa  301  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1191  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.56 
 
 
489 aa  292  1e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419241  normal  0.290751 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4302  GntR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
521 aa  288  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4623  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.14 
 
 
489 aa  286  4e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.609617  normal  0.250213 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1434  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
480 aa  286  4e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.515471 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0573  GntR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
470 aa  280  4e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1922  GntR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
470 aa  278  2e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.664628  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0881  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
478 aa  270  3e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426216  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2642  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
496 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6053  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.7 
 
 
472 aa  268  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.137627  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4138  GntR family transcriptional regulator  33.71 
 
 
470 aa  266  5e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2148  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
498 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2637  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.36 
 
 
493 aa  265  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.750053 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1025  GntR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
499 aa  257  4e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.684124 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3187  transcriptional regulator  33.62 
 
 
487 aa  255  1e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.685376  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2235  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.75 
 
 
473 aa  249  8e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.71743 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4822  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
496 aa  248  1e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.364543  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2912  transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 
485 aa  246  5e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.784119  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0043  GntR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
492 aa  246  6e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0047  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.8 
 
 
482 aa  229  9e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.493151  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0059  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.21 
 
 
487 aa  228  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.869186  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4437  GntR family transcriptional regulator  34.37 
 
 
469 aa  223  8e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.654603 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3935  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 
503 aa  220  4e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.558201  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3373  transcriptional regulator  28.64 
 
 
484 aa  201  2e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.98747  normal  0.499869 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  27.6 
 
 
490 aa  181  2e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1688  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
491 aa  179  7e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.82306  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.35 
 
 
472 aa  179  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  27.16 
 
 
494 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  27.16 
 
 
494 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3125  GntR family transcriptional regulator  29.54 
 
 
393 aa  178  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6889  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.26 
 
 
515 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0343806  normal  0.248624 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
494 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2934  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 
513 aa  177  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6226  transcriptional regulator  28.57 
 
 
509 aa  176  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3719  transcriptional regulator  28.22 
 
 
476 aa  176  7e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 
494 aa  175  1e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4666  transcriptional regulator  28.36 
 
 
511 aa  175  1e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  27.37 
 
 
509 aa  175  1e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  26.94 
 
 
494 aa  175  2e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3811  transcriptional regulator  28.66 
 
 
507 aa  174  2e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0103  putative transcriptional regulator, GntR family  30.89 
 
 
396 aa  174  3e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3295  GntR family transcriptional regulator  28.66 
 
 
507 aa  174  3e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.761418 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2171  GntR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
507 aa  174  3e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164401  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1085  GntR family transcriptional regulator  27.17 
 
 
475 aa  174  4e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.350273 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3519  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.41 
 
 
471 aa  174  4e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0233  GntR family transcriptional regulator  29.75 
 
 
395 aa  173  7e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.511167 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3202  GntR family transcriptional regulator  27.95 
 
 
478 aa  172  9e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00416739 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1809  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
506 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0109  putative transcriptional regulator, GntR family  29.97 
 
 
396 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0430  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
506 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0480  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
509 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.320093  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2224  transcriptional regulator  27.23 
 
 
510 aa  171  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0182275 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0817  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 
506 aa  171  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.389843  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2364  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 
506 aa  171  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0684851  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2503  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 
506 aa  170  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10010  putative transcriptional regulator  26.24 
 
 
496 aa  171  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287288  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4139  GntR family transcriptional regulator  27.39 
 
 
503 aa  170  6e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.5231  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0835  GntR family transcriptional regulator  27.08 
 
 
501 aa  170  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2951  GntR family transcriptional regulator  25.7 
 
 
475 aa  169  6e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.604196  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1992  transcriptional regulator, GntR family  25.16 
 
 
480 aa  170  6e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0394003  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2172  GntR family transcriptional regulator  25.99 
 
 
477 aa  169  7e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3767  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, class I protein  27.11 
 
 
477 aa  169  8e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.29089e-09 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3886  GntR family transcriptional regulator  27.11 
 
 
477 aa  169  8e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3600  GntR family transcriptional regulator  27.11 
 
 
477 aa  169  8e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0439  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  28.42 
 
 
517 aa  169  8e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4320  transcriptional regulator  30.19 
 
 
521 aa  169  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.268323 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4852  transcriptional regulator  26.95 
 
 
523 aa  169  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.791352 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3799  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, class I protein  26.88 
 
 
477 aa  169  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00124231  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.7 
 
 
501 aa  169  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
509 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0641  GntR family transcriptional regulator  28.3 
 
 
506 aa  169  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.371693  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3511  GntR family transcriptional regulator  26.86 
 
 
477 aa  169  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0801  regulatory protein GntR, HTH  28.98 
 
 
508 aa  169  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0129569  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0621  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 
547 aa  169  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3499  transcriptional regulator  27.11 
 
 
477 aa  169  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0033434  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
509 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  7.22465e-07 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3107  transcriptional regulator  28.33 
 
 
478 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.936861  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3610  transcriptional regulator  28.03 
 
 
507 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.530067  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3917  GntR family transcriptional regulator  28.03 
 
 
507 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  27.31 
 
 
489 aa  168  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4449  GntR family transcriptional regulator  28.03 
 
 
507 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
492 aa  168  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7128  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.45 
 
 
507 aa  167  3e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3074  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
470 aa  167  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3789  GntR family transcriptional regulator  27.29 
 
 
477 aa  167  4e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0162684  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4374  putative transcriptional regulator, GntR family  28.31 
 
 
508 aa  167  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  25.98 
 
 
485 aa  167  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3526  transcriptional regulator  26.67 
 
 
477 aa  167  5e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3337  transcriptional regulator, GntR family  24.95 
 
 
480 aa  167  5e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.157491  hitchhiker  4.75852e-14 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  26.7 
 
 
503 aa  166  8e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3329  GntR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
515 aa  166  9e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.895754  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  27.53 
 
 
490 aa  166  9e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  26.53 
 
 
509 aa  166  1e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5240  transcriptional regulator  26.85 
 
 
502 aa  165  1e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000463  transcriptional regulator  26.86 
 
 
467 aa  165  1e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.566945  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0348  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
495 aa  166  1e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>