41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2584 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2584  outer membrane efflux protein  100 
 
 
466 aa  950    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0423133  decreased coverage  0.00978547 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1159  outer membrane efflux protein  63.86 
 
 
465 aa  588  1e-167  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4284  Outer membrane protein-like protein  53 
 
 
480 aa  518  1.0000000000000001e-145  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0462  outer membrane efflux protein  33.04 
 
 
451 aa  225  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3159  outer membrane efflux protein  30.82 
 
 
445 aa  215  9.999999999999999e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2617  outer membrane efflux protein  30.58 
 
 
479 aa  177  4e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.205144  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4012  outer membrane efflux protein  28.79 
 
 
465 aa  155  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0140035  decreased coverage  0.00198888 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3973  outer membrane efflux protein  25.97 
 
 
513 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0704049 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5578  outer membrane efflux protein  25.78 
 
 
514 aa  55.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0232692  hitchhiker  0.00628536 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4722  outer membrane efflux protein  25.78 
 
 
514 aa  55.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0674524  decreased coverage  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3645  outer membrane efflux protein  25.78 
 
 
514 aa  55.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.784148  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1054  outer membrane efflux protein  25.19 
 
 
514 aa  55.1  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000452487  normal  0.217723 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4114  outer membrane efflux protein  26.23 
 
 
519 aa  53.9  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.865486  normal  0.0282956 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5636  outer membrane efflux protein  22.19 
 
 
421 aa  53.9  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.513783  normal  0.540164 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  23.87 
 
 
479 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.36 
 
 
445 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4579  outer membrane efflux protein  25.71 
 
 
515 aa  51.6  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0188996  decreased coverage  0.000000771093 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.02 
 
 
450 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3710  outer membrane efflux protein  25.33 
 
 
419 aa  50.8  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.26 
 
 
488 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.26 
 
 
497 aa  50.4  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  23.46 
 
 
479 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3627  outer membrane efflux protein  23.83 
 
 
461 aa  49.7  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.433273  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5078  outer membrane efflux protein  24.84 
 
 
635 aa  48.9  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.851054  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  23.93 
 
 
445 aa  48.5  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3838  RND efflux system outer membrane lipoprotein  20.94 
 
 
503 aa  48.1  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  20.88 
 
 
482 aa  47.8  0.0004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.774787 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0925  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  22.03 
 
 
494 aa  47  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2145  outer membrane efflux protein  19.56 
 
 
472 aa  47  0.0007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0192834 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0610  outer membrane efflux protein  25.29 
 
 
453 aa  47  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0831  outer membrane efflux protein  24.65 
 
 
419 aa  45.8  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0662  outer membrane efflux protein  23.5 
 
 
483 aa  45.4  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1840  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  24.74 
 
 
462 aa  45.8  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.67 
 
 
472 aa  44.7  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2441  outer membrane efflux protein  22.95 
 
 
453 aa  45.1  0.003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.93 
 
 
473 aa  45.1  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  21.93 
 
 
473 aa  45.1  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.32 
 
 
511 aa  44.3  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2692  outer membrane efflux protein  21.24 
 
 
442 aa  43.9  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.922433  normal  0.254416 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1723  outer membrane efflux protein  24.36 
 
 
436 aa  43.5  0.009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.33 
 
 
472 aa  43.1  0.01  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>