More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2426 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 326 aa  679    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  62.27 
 
 		 326 aa  444  1.0000000000000001e-124  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  62.93 
 
 		 321 aa  439  9.999999999999999e-123  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  58.77 
 
 		 327 aa  413  1e-114  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  56.62 
 
 		 327 aa  402  1e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  50.62 
 
 		 326 aa  368  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  51.54 
 
 		 326 aa  364  1e-99  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  48.92 
 
 		 324 aa  326  3e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  47.81 
 
 		 325 aa  320  3e-86  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  44.83 
 
 		 323 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  46.39 
 
 		 326 aa  312  3.9999999999999997e-84  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  50.18 
 
 		 293 aa  311  1e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  43.89 
 
 		 322 aa  276  3e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  39.32 
 
 		 332 aa  245  9.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.56 
 
 		 324 aa  241  9e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 339 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 324 aa  218  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  34.62 
 
 		 329 aa  204  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  34.24 
 
 		 325 aa  204  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  33.54 
 
 		 320 aa  201  9.999999999999999e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  34.3 
 
 		 336 aa  192  5e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 348 aa  187  2e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 335 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 332 aa  186  5e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 330 aa  186  7e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  32.06 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  32.83 
 
 		 330 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  32.24 
 
 		 347 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  31.47 
 
 		 347 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  32.93 
 
 		 340 aa  177  3e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 334 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  30.37 
 
 		 331 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  30.37 
 
 		 334 aa  172  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 329 aa  171  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  29.14 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 336 aa  169  8e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 306 aa  169  9e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  29.66 
 
 		 361 aa  168  9e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 341 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 326 aa  168  1e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  31.72 
 
 		 336 aa  164  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  30.72 
 
 		 331 aa  164  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 285 aa  162  7e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  28.62 
 
 		 335 aa  162  7e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 328 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 322 aa  161  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  30.89 
 
 		 331 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 313 aa  155  8e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 331 aa  155  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  29.27 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  35.68 
 
 		 345 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  29.35 
 
 		 330 aa  154  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 319 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 360 aa  152  8.999999999999999e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  30.65 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  31.45 
 
 		 337 aa  149  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 		 327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  29.54 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  29.93 
 
 		 351 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  29.64 
 
 		 344 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 338 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 341 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 330 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 344 aa  138  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  27.55 
 
 		 314 aa  139  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1956  transcriptional regulator  26.15 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 322 aa  137  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  29.28 
 
 		 319 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1617  transcriptional regulator  27.61 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3129  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 328 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 327 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5675  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 320 aa  133  5e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5976  transcriptional regulator  27.18 
 
 		 325 aa  132  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557743  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5796  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 317 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 316 aa  132  7.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2043  transcriptional regulator, AraC family  27.79 
 
 		 330 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.437  normal  0.109712 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2502  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 327 aa  132  1.0000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  26.33 
 
 		 338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1693  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 321 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.69841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 333 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0298  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 368 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218642 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  28.24 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 342 aa  130  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  26.93 
 
 		 334 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 368 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>