More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2271 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2271  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 326 aa  671    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0985  transcriptional regulator, AraC family  24.61 
 
 		 326 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  22.45 
 
 		 314 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  34.43 
 
 		 325 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  19.63 
 
 		 332 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  26.89 
 
 		 333 aa  72.4  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  28.66 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 350 aa  70.9  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 329 aa  69.3  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 329 aa  69.7  0.00000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3282  two component AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 535 aa  69.7  0.00000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 196 aa  69.3  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  31.21 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 		 274 aa  68.9  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 344 aa  68.6  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 326 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 342 aa  67.8  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  35.24 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2734  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 764 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000030307  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0100  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 252 aa  67.4  0.0000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 359 aa  67  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  38.32 
 
 		 773 aa  66.2  0.0000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  33.57 
 
 		 384 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 333 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4276  AraC family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 287 aa  65.5  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1467  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.145729 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1451  transcriptional regulator, AraC family protein  32.69 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0743909  normal  0.362871 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000110  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  22.46 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.827796  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1817  transcriptional regulator, AraC family protein  32.69 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.246217  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 265 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  33.64 
 
 		 320 aa  64.3  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 382 aa  63.9  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  32.65 
 
 		 293 aa  63.9  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 360 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1988  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 194 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.191818  hitchhiker  0.00402915 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 346 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3125  transcriptional regulator, AraC family  23.48 
 
 		 323 aa  63.2  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000947593  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0301  transcriptional regulator, AraC family  24.22 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 327 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  33.13 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  27.54 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 288 aa  63.2  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 388 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 324 aa  62.8  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0496  two component AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 543 aa  62.8  0.000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  32.2 
 
 		 304 aa  62.8  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 328 aa  62.4  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  32.38 
 
 		 331 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1432  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 387 aa  62.4  0.000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185359  normal  0.618503 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  24.85 
 
 		 333 aa  62.8  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1147  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 311 aa  62.8  0.000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1393  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 303 aa  62  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 315 aa  62.4  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 347 aa  62  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1935  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 303 aa  62  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 398 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 287 aa  62  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0308  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 324 aa  62.4  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0162295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3156  transcriptional regulator, AraC family  22.3 
 
 		 327 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0524869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 330 aa  62  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 321 aa  61.2  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1486  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.012343 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 356 aa  61.2  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0066  transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 		 286 aa  61.2  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4604  two component transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.514268  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 361 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2700  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 283 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0885  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 254 aa  61.6  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.206255  normal  0.305115 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  28.43 
 
 		 250 aa  61.2  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2370  AraC family transcriptional regulator  23.61 
 
 		 284 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  30.68 
 
 		 289 aa  61.2  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2744  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 283 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.128032  normal  0.769865 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0309  transcriptional regulator  29.84 
 
 		 320 aa  61.2  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.312356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  27.1 
 
 		 160 aa  60.8  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 544 aa  60.8  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 312 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1714  AraC-type transcriptional regulator-like protein  30.68 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00197834  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1680  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00886314  normal  0.186042 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2730  AraC family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 283 aa  60.5  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.136465 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  20.71 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  32.48 
 
 		 274 aa  60.8  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  29.1 
 
 		 300 aa  60.8  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2287  AraC family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000984991  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 342 aa  61.2  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  33.33 
 
 		 329 aa  60.5  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 311 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 337 aa  60.5  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 313 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 259 aa  60.5  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  25.51 
 
 		 308 aa  60.5  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0009  helix-turn-helix- domain containing protein  33.68 
 
 		 315 aa  60.5  0.00000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 399 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  29.73 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4523  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 494 aa  60.5  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.027207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  22.69 
 
 		 330 aa  60.5  0.00000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>