More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2171 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2171  Exodeoxyribonuclease V  100 
 
 
1152 aa  2395    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.74 
 
 
1200 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.31 
 
 
1203 aa  440  9.999999999999999e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  30.27 
 
 
1212 aa  434  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  30.14 
 
 
1224 aa  431  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  29 
 
 
1208 aa  429  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1904  exodeoxyribonuclease V, 135 kDa subunit  29.38 
 
 
1208 aa  421  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  29.52 
 
 
1181 aa  422  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.7 
 
 
1269 aa  414  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.14 
 
 
1168 aa  410  1e-113  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  30.3 
 
 
1180 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.69 
 
 
1180 aa  409  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  30.3 
 
 
1180 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  30.69 
 
 
1180 aa  409  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  28.78 
 
 
1203 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  30.69 
 
 
1180 aa  408  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  30.69 
 
 
1180 aa  409  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0914  exonuclease V subunit beta  28.93 
 
 
1194 aa  406  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3042  exonuclease V subunit beta  30.51 
 
 
1180 aa  403  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  30.51 
 
 
1180 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  30.07 
 
 
1170 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  28.77 
 
 
1181 aa  399  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  29.02 
 
 
1181 aa  398  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3814  exonuclease V subunit beta  29.1 
 
 
1183 aa  398  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.0108471 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.14 
 
 
1223 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  29 
 
 
1181 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.24 
 
 
1204 aa  394  1e-108  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  28.69 
 
 
1181 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  29.02 
 
 
1181 aa  395  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  29.26 
 
 
1220 aa  388  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  29.26 
 
 
1220 aa  389  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  29.26 
 
 
1220 aa  388  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.2 
 
 
1223 aa  382  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.27 
 
 
1251 aa  382  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.06 
 
 
1229 aa  380  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.35 
 
 
1276 aa  374  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1270  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.19 
 
 
1240 aa  372  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.74 
 
 
1224 aa  372  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4851  exodeoxyribonuclease V beta chain  28.39 
 
 
1244 aa  368  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.07 
 
 
1226 aa  369  1e-100  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.79 
 
 
1251 aa  360  7e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.14 
 
 
1226 aa  359  1.9999999999999998e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.7 
 
 
1238 aa  357  7.999999999999999e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.74 
 
 
1130 aa  355  2.9999999999999997e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55670  exodeoxyribonuclease V beta chain  27.98 
 
 
1245 aa  353  8.999999999999999e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.80629  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0804  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.04 
 
 
1242 aa  352  2e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.888497  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3007  exonuclease V subunit beta  30.8 
 
 
1189 aa  352  3e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3232  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.48 
 
 
1240 aa  350  8e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0067022  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.39 
 
 
1129 aa  349  2e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.99 
 
 
1085 aa  343  1e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.69 
 
 
1216 aa  331  5.0000000000000004e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.53 
 
 
1207 aa  328  3e-88  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1748  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.47 
 
 
1241 aa  327  7e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2768  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.66 
 
 
1286 aa  327  9e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4323  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.22 
 
 
1236 aa  327  1e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.182798  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0011  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.15 
 
 
1241 aa  324  5e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4014  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.56 
 
 
1226 aa  323  9.999999999999999e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.398722 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.15 
 
 
1199 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.37 
 
 
1221 aa  322  1.9999999999999998e-86  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0546  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.4 
 
 
1183 aa  322  3e-86  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.57 
 
 
1200 aa  318  3e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30 
 
 
1234 aa  318  3e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4671  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.16 
 
 
1224 aa  318  5e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000828259 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4537  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.18 
 
 
1224 aa  317  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.227788  normal  0.354601 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4673  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.73 
 
 
1224 aa  316  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.214082 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0735  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.79 
 
 
2007 aa  314  6.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1188  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.79 
 
 
1235 aa  313  9e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.513756  normal  0.625115 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1215  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.79 
 
 
1235 aa  312  2e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.513189  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.59 
 
 
1203 aa  309  2.0000000000000002e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4568  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.61 
 
 
1263 aa  309  2.0000000000000002e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0997  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.9 
 
 
1203 aa  308  4.0000000000000004e-82  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.749431 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1614  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.52 
 
 
1232 aa  307  8.000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0364449  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2088  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.34 
 
 
1236 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2932  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.36 
 
 
1198 aa  305  2.0000000000000002e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2547  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.36 
 
 
1198 aa  305  2.0000000000000002e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.789149 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.7 
 
 
1230 aa  295  3e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2838  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.15 
 
 
1230 aa  295  4e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.506585  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1459  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.77 
 
 
1226 aa  291  4e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.84 
 
 
1229 aa  290  8e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.48 
 
 
1230 aa  288  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.88 
 
 
1209 aa  284  5.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1624  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.92 
 
 
1240 aa  278  6e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.547512  normal  0.545211 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.43 
 
 
1269 aa  267  8e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1746  UvrD/REP helicase  29.38 
 
 
1243 aa  266  1e-69  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1814  exodeoxyribonuclease V beta chain  29.42 
 
 
1242 aa  266  1e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.41 
 
 
1273 aa  266  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  26.94 
 
 
1273 aa  266  2e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.94 
 
 
1273 aa  266  2e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.16 
 
 
1273 aa  266  2e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.43 
 
 
1224 aa  264  6e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.17 
 
 
1336 aa  264  6.999999999999999e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.56 
 
 
1259 aa  263  2e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1757  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.69 
 
 
1320 aa  263  2e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.98 
 
 
1274 aa  261  4e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.33 
 
 
1263 aa  262  4e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.95 
 
 
1273 aa  261  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1981  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.75 
 
 
1259 aa  251  6e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.335433  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03906  exodeoxyribonuclease V beta chain  27.7 
 
 
1357 aa  242  2e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1209  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.82 
 
 
1097 aa  239  3e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.79 
 
 
1109 aa  238  7e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.915993  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>