More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1967 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1967  outer membrane efflux protein  100 
 
 		 443 aa  900    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000399706  normal  0.35271 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2362  outer membrane efflux protein  49.77 
 
 		 446 aa  445  1.0000000000000001e-124  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0042  outer membrane efflux protein  53.53 
 
 		 454 aa  438  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.293166 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1475  outer membrane efflux protein  32 
 
 		 449 aa  229  6e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.236212  normal  0.298581 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5506  outer membrane efflux protein  29.57 
 
 		 451 aa  176  5e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.307266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3429  outer membrane efflux protein  28.27 
 
 		 442 aa  176  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.437271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2515  outer membrane protein  27.56 
 
 		 463 aa  168  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4162  outer membrane efflux protein  27.8 
 
 		 443 aa  160  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000533026  normal  0.288124 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1143  outer membrane efflux protein  28.63 
 
 		 455 aa  159  9e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.128527 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0610  outer membrane efflux protein  27.16 
 
 		 453 aa  153  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2173  outer membrane efflux protein  24.08 
 
 		 448 aa  134  3.9999999999999996e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3706  outer membrane efflux protein  28.16 
 
 		 447 aa  133  6.999999999999999e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2819  outer membrane efflux protein  27.61 
 
 		 438 aa  130  6e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0837  outer membrane efflux protein  25.61 
 
 		 462 aa  127  6e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4492  outer membrane efflux protein  25.99 
 
 		 455 aa  123  7e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.685781 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0733  outer membrane efflux protein, putative  23.74 
 
 		 463 aa  122  9.999999999999999e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0538  outer membrane efflux protein  25.18 
 
 		 462 aa  122  1.9999999999999998e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0954  outer membrane efflux protein  22.43 
 
 		 463 aa  119  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2647  outer membrane efflux protein  25.3 
 
 		 445 aa  117  5e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.910769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1884  outer membrane efflux protein  21.9 
 
 		 483 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3719  outer membrane efflux protein  23.72 
 
 		 444 aa  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.633766  normal  0.0948534 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2662  outer membrane efflux protein  23.38 
 
 		 445 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2560  outer membrane efflux protein  25.22 
 
 		 438 aa  114  5e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1266  outer membrane efflux protein  24.56 
 
 		 444 aa  110  7.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1617  outer membrane efflux protein  22.06 
 
 		 467 aa  109  9.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0627  outer membrane efflux protein, putative  24.36 
 
 		 470 aa  109  9.000000000000001e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.173588  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2807  outer membrane efflux protein/ immunoreative antigen  24.12 
 
 		 441 aa  108  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1990  outer membrane efflux protein  24.84 
 
 		 471 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.154832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0833  outer membrane efflux protein  21.19 
 
 		 496 aa  102  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0831  outer membrane efflux protein  27.23 
 
 		 419 aa  102  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01970  outer membrane efflux protein, putative  22.9 
 
 		 456 aa  102  2e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.154405  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0224  outer membrane efflux protein  26.52 
 
 		 419 aa  101  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000720591  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0881  outer membrane efflux protein  22.13 
 
 		 535 aa  97.1  6e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.705042  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5578  outer membrane efflux protein  24.03 
 
 		 451 aa  96.3  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.46516 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1761  hypothetical protein  25.64 
 
 		 576 aa  90.9  4e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.61 
 
 		 495 aa  88.6  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  23.88 
 
 		 476 aa  85.9  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1177  outer membrane efflux protein  24.57 
 
 		 427 aa  85.9  0.000000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2629  outer membrane efflux protein  23.3 
 
 		 421 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111539  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4505  outer membrane efflux protein  26.71 
 
 		 972 aa  84.7  0.000000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.300614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3409  outer membrane efflux protein  23.67 
 
 		 419 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000155286  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0814  outer membrane efflux protein  24.18 
 
 		 460 aa  84  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0366  outer membrane efflux protein  25.57 
 
 		 437 aa  84  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2630  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.4 
 
 		 489 aa  84  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2154  outer membrane protein CyaE, putative  23.9 
 
 		 453 aa  83.6  0.000000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1727  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.42 
 
 		 452 aa  82.8  0.00000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000826676  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0491  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.25 
 
 		 477 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00611692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1606  outer membrane efflux protein  23.53 
 
 		 421 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3096  outer membrane efflux protein  24.76 
 
 		 497 aa  80.1  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4088  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  24.52 
 
 		 489 aa  80.1  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.947344  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  22.38 
 
 		 475 aa  79.7  0.00000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0096  outer membrane efflux protein  20.13 
 
 		 441 aa  79.3  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.67 
 
 		 463 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2704  outer membrane efflux protein  24.29 
 
 		 423 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2577  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.28 
 
 		 522 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2818  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.17 
 
 		 469 aa  77.8  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.282777  normal  0.979363 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  22.86 
 
 		 485 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  23.06 
 
 		 485 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  22.94 
 
 		 1496 aa  77.8  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.07 
 
 		 518 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  23.87 
 
 		 471 aa  77.4  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4976  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.19 
 
 		 478 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  22.28 
 
 		 501 aa  77  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3465  Outer membrane efflux protein  21 
 
 		 441 aa  76.6  0.0000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.35 
 
 		 505 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1217  outer membrane efflux protein  22.54 
 
 		 438 aa  75.9  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.87899  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6206  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.83 
 
 		 508 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238233 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0761  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.42 
 
 		 491 aa  75.5  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1499  outer membrane efflux protein OprB  30.94 
 
 		 512 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.112473  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1020  outer membrane efflux protein  30.94 
 
 		 514 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.224609  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0080  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.94 
 
 		 551 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.28 
 
 		 507 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1582  outer membrane efflux protein OprB  30.94 
 
 		 512 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0861  outer membrane efflux protein OprB  30.94 
 
 		 514 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.89354  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1997  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.28 
 
 		 507 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0794932  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5839  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.83 
 
 		 508 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0530876  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.73 
 
 		 507 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.491395 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3490  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.38 
 
 		 503 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.350691 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0856  outer membrane efflux protein OprB  30.94 
 
 		 514 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2607  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.28 
 
 		 507 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3626  outer membrane efflux protein  25.71 
 
 		 627 aa  74.7  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0887926  normal  0.306741 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  22.28 
 
 		 470 aa  74.3  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4715  TolC family type I secretion outer membrane protein  22.09 
 
 		 477 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.133912 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.28 
 
 		 508 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0229467  normal  0.0582449 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1286  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.39 
 
 		 543 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.556611  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.39 
 
 		 519 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.323921  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2527  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.73 
 
 		 507 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2654  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.73 
 
 		 507 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354944  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3845  outer membrane efflux protein  21.84 
 
 		 437 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.78 
 
 		 507 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0498  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.45 
 
 		 494 aa  72.8  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2433  outer membrane efflux protein  21.55 
 
 		 440 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  23.14 
 
 		 533 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3126  outer membrane efflux protein  22.84 
 
 		 444 aa  72.4  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3677  outer membrane efflux protein  21.6 
 
 		 439 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4686  outer membrane efflux protein  21.6 
 
 		 439 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.432562  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0317  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.93 
 
 		 514 aa  72  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.34053  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4799  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.36 
 
 		 477 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1015  Outer membrane efflux protein  23.51 
 
 		 731 aa  72  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0127212 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0060  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.93 
 
 		 514 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0428433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>