More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1671 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_1671  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  100 
 
 
244 aa  503  1e-141  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0006  shikimate dehydrogenase  54.88 
 
 
246 aa  280  1e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.171843  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2589  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  53.09 
 
 
249 aa  274  8e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.62342  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4157  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  52.44 
 
 
247 aa  265  5e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000985519 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  50.41 
 
 
244 aa  261  6.999999999999999e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.434063  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4321  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  52.59 
 
 
257 aa  258  4e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000245663  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0705  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  51.81 
 
 
247 aa  256  2e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681902  normal  0.688441 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  49.38 
 
 
244 aa  255  4e-67  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0978  shikimate 5-dehydrogenase  48 
 
 
249 aa  223  3e-57  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  36.05 
 
 
280 aa  145  8.000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.65 
 
 
271 aa  144  1e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 
278 aa  142  6e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  35.34 
 
 
289 aa  139  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  35.47 
 
 
290 aa  140  3e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2525  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.92 
 
 
256 aa  137  1e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.721385  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 
286 aa  137  2e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 
279 aa  137  2e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 
286 aa  137  2e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  34.24 
 
 
280 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  34.9 
 
 
271 aa  135  5e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  37.02 
 
 
284 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 
293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.68 
 
 
277 aa  135  9e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 
277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.06 
 
 
277 aa  133  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.06 
 
 
277 aa  133  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.7 
 
 
308 aa  133  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  30.92 
 
 
277 aa  133  3e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  34.96 
 
 
291 aa  132  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 
277 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  34.51 
 
 
271 aa  132  3.9999999999999996e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.06 
 
 
277 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  31.3 
 
 
277 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  36.09 
 
 
286 aa  131  9e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 
277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 
268 aa  130  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 
276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 
268 aa  130  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  32.06 
 
 
277 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
273 aa  131  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  34.47 
 
 
287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  33.21 
 
 
298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.4 
 
 
269 aa  129  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  29.77 
 
 
277 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 
289 aa  126  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.51 
 
 
279 aa  125  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  31.66 
 
 
284 aa  125  7e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 
294 aa  124  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 
279 aa  124  1e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 
298 aa  123  3e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 
289 aa  123  3e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 
297 aa  122  4e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 
283 aa  122  4e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 
315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  32.49 
 
 
301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 
288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.7 
 
 
273 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 
275 aa  116  3e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  34.08 
 
 
298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  29.89 
 
 
280 aa  115  6e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  35.02 
 
 
295 aa  115  6.9999999999999995e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  32.2 
 
 
298 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  32.2 
 
 
298 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  34.75 
 
 
295 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 
289 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  32.44 
 
 
288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0571  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 
263 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  31.2 
 
 
290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  32.37 
 
 
322 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 
286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  30.42 
 
 
261 aa  109  3e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  34.34 
 
 
293 aa  109  5e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  33.47 
 
 
457 aa  109  5e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 
286 aa  108  8.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 
296 aa  107  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 
290 aa  107  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
272 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 
285 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  32.43 
 
 
285 aa  106  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  32.06 
 
 
292 aa  106  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 
301 aa  105  5e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  32.05 
 
 
289 aa  105  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 
289 aa  105  9e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.83 
 
 
290 aa  103  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1652  hypothetical protein  34.65 
 
 
473 aa  103  2e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00124545 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 
285 aa  103  2e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 
271 aa  103  3e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  31.09 
 
 
300 aa  102  4e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 
311 aa  102  5e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
272 aa  102  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  30.51 
 
 
311 aa  102  8e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  32.7 
 
 
272 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  32.7 
 
 
272 aa  101  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  32.7 
 
 
272 aa  101  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  32.7 
 
 
272 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  32.7 
 
 
272 aa  101  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>