More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1616 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1616  ribosomal protein L4/L1e  100 
 
 		 212 aa  429  1e-119  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0603  ribosomal protein L4/L1e  51.69 
 
 		 209 aa  227  9e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0396  50S ribosomal protein L4  52.17 
 
 		 209 aa  226  1e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  51.22 
 
 		 209 aa  227  1e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000671055  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4344  50S ribosomal protein L4  51.22 
 
 		 209 aa  225  4e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000409516  normal  0.126717 
 
 
-
 
NC_002950  PG1937  50S ribosomal protein L4  52.17 
 
 		 209 aa  223  2e-57  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5786  ribosomal protein L4/L1e  51.74 
 
 		 209 aa  219  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.116422 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05720  50S ribosomal protein L4  50.25 
 
 		 208 aa  215  2.9999999999999998e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.316206  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3161  50S ribosomal protein L4  51.22 
 
 		 208 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.614669 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2422  50S ribosomal protein L4  50.25 
 
 		 208 aa  201  9e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00578828  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0181  50S ribosomal protein L4  47.83 
 
 		 208 aa  196  3e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000196789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2063  50S ribosomal protein L4  45.89 
 
 		 208 aa  195  5.000000000000001e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000340203  normal  0.385687 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1850  50S ribosomal protein L4  47.83 
 
 		 208 aa  194  6e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264817  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  49.51 
 
 		 207 aa  194  1e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2228  50S ribosomal protein L4  48.77 
 
 		 208 aa  192  3e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169782  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  49.03 
 
 		 207 aa  190  2e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0196  50S ribosomal protein L4  45.41 
 
 		 210 aa  186  2e-46  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.371225 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 		 207 aa  185  4e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  47 
 
 		 207 aa  184  8e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  47 
 
 		 207 aa  184  8e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  47 
 
 		 207 aa  184  8e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  47 
 
 		 207 aa  184  8e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0290  50S ribosomal protein L4  47.29 
 
 		 212 aa  184  8e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  47 
 
 		 207 aa  184  8e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  47 
 
 		 207 aa  184  8e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  47 
 
 		 207 aa  184  8e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  47 
 
 		 207 aa  184  8e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  47 
 
 		 207 aa  184  8e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  47.74 
 
 		 206 aa  182  3e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  45.63 
 
 		 207 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0843  ribosomal protein L4/L1e  41.46 
 
 		 214 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2295  50S ribosomal protein L4  45.41 
 
 		 208 aa  177  1e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0333756  hitchhiker  0.00351228 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  44 
 
 		 207 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  44.61 
 
 		 209 aa  174  7e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  43.9 
 
 		 207 aa  174  9.999999999999999e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  0.0000000146284 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  46.12 
 
 		 206 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  45.5 
 
 		 207 aa  172  3.9999999999999995e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  45.37 
 
 		 206 aa  172  3.9999999999999995e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  45.5 
 
 		 207 aa  172  3.9999999999999995e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  45.59 
 
 		 206 aa  166  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  43.22 
 
 		 206 aa  165  5e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  42.71 
 
 		 207 aa  164  5.9999999999999996e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  41.5 
 
 		 207 aa  162  2.0000000000000002e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  42.5 
 
 		 207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  45.18 
 
 		 207 aa  162  3e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  42.23 
 
 		 209 aa  162  3e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  44 
 
 		 207 aa  160  9e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  40.78 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0628  ribosomal protein L4/L1e  41.51 
 
 		 232 aa  159  3e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  41.95 
 
 		 205 aa  159  3e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  40.7 
 
 		 207 aa  157  1e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  42.44 
 
 		 207 aa  157  1e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000403747  hitchhiker  0.0000000000267396 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  42.65 
 
 		 207 aa  156  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000847375  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3142  ribosomal protein L4/L1e  39.02 
 
 		 221 aa  156  2e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.083105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  40.5 
 
 		 204 aa  155  4e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 		 208 aa  154  7e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000318286  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2658  ribosomal protein L4/L1e  40.65 
 
 		 228 aa  154  8e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  40 
 
 		 204 aa  153  2e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0563  50S ribosomal protein L4/L1e  42 
 
 		 216 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  39.32 
 
 		 207 aa  152  4e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000475036  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  41 
 
 		 208 aa  151  5.9999999999999996e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  41.55 
 
 		 214 aa  150  1e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1124  ribosomal protein L4/L1e  40.98 
 
 		 248 aa  150  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0695  50S ribosomal protein L4  41.63 
 
 		 208 aa  150  2e-35  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  40.45 
 
 		 221 aa  149  3e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000111144  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  39.7 
 
 		 207 aa  148  5e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000335339  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  38.35 
 
 		 207 aa  148  6e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  39.32 
 
 		 207 aa  148  7e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3447  50S ribosomal protein L4  39.3 
 
 		 206 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.628566 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3922  ribosomal protein L4/L1e  40 
 
 		 216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  39.13 
 
 		 209 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23800  50S ribosomal protein L4  41.9 
 
 		 312 aa  146  2.0000000000000003e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20860  LSU ribosomal protein L4P  40.98 
 
 		 223 aa  147  2.0000000000000003e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.699759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  39.2 
 
 		 207 aa  145  3e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000045126  hitchhiker  0.00000000148432 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl124  50S ribosomal protein L4  39.9 
 
 		 208 aa  144  7.0000000000000006e-34  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000604234  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1708  50S ribosomal protein L4  39.45 
 
 		 218 aa  144  7.0000000000000006e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00274066  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3904  50S ribosomal protein L4P  43.46 
 
 		 259 aa  144  8.000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1293  50S ribosomal protein L4  39.9 
 
 		 210 aa  144  9e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000205733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1417  ribosomal protein L4/L1e  40.59 
 
 		 211 aa  144  1e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.977567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  42.39 
 
 		 206 aa  144  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1160  ribosomal protein L4/L1e  38.24 
 
 		 208 aa  144  1e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000738717  hitchhiker  0.000000590673 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  39.15 
 
 		 221 aa  144  1e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1087  50S ribosomal protein L4  41.5 
 
 		 215 aa  144  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10489 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  39.8 
 
 		 206 aa  144  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6048  50S ribosomal protein L4  40.84 
 
 		 247 aa  143  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.239817 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4506  ribosomal protein L4/L1e  37.91 
 
 		 292 aa  143  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0932  ribosomal protein L4/L1e  39.9 
 
 		 217 aa  143  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3011  50S ribosomal protein L4  38.81 
 
 		 212 aa  143  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00787083 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  35.81 
 
 		 221 aa  142  4e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000717748 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  37.81 
 
 		 207 aa  142  4e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  37.93 
 
 		 205 aa  142  5e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29730  LSU ribosomal protein L4P  39.34 
 
 		 234 aa  142  5e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.379343 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3704  50S ribosomal protein L4  42.57 
 
 		 210 aa  142  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  36.32 
 
 		 223 aa  142  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3666  50S ribosomal protein L4  38.92 
 
 		 206 aa  141  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2064  50S ribosomal protein L4  36.41 
 
 		 206 aa  141  7e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000384651  normal  0.231159 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2296  50S ribosomal protein L4  38.31 
 
 		 206 aa  141  8e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  37.81 
 
 		 208 aa  141  8e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17150  LSU ribosomal protein L4P  41.24 
 
 		 211 aa  141  8e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  39.79 
 
 		 208 aa  141  9e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000599505  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>