More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1518 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 288 aa  602  1.0000000000000001e-171  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5635  transcriptional regulator, AraC family  39.65 
 
 		 282 aa  211  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0154737  normal  0.936217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  36.62 
 
 		 285 aa  191  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4615  helix-turn-helix domain-containing protein  33.8 
 
 		 281 aa  180  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00567057  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  35.69 
 
 		 278 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2509  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4858  response regulator receiver protein  34.32 
 
 		 279 aa  159  7e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00250208  normal  0.0726035 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3850  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.15 
 
 		 275 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.427371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4328  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 310 aa  142  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11303 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10188  transcription regulator  33.06 
 
 		 275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2143  transcriptional regulator, AraC family  26.16 
 
 		 278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4681  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 277 aa  119  7.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.399866  hitchhiker  0.000374446 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0187  cupin 2 domain-containing protein  25.56 
 
 		 277 aa  103  3e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.778643  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  28.41 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 276 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 		 307 aa  75.9  0.0000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0868  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 336 aa  75.1  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  41.18 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 357 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 355 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  27.84 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 357 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 357 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0994  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 462 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  33.61 
 
 		 773 aa  73.2  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  29.01 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  36.7 
 
 		 393 aa  72.8  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  36.11 
 
 		 356 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  34.86 
 
 		 396 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 291 aa  71.6  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  34.86 
 
 		 396 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 410 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.78 
 
 		 360 aa  70.5  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1711  AraC family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.311162  normal  0.0412412 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  34.26 
 
 		 360 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 361 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  30.86 
 
 		 288 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4009  helix-turn-helix domain-containing protein  25.34 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125602  normal  0.35131 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  24.72 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 		 329 aa  69.7  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  27.33 
 
 		 356 aa  69.7  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  33.59 
 
 		 387 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2356  transcriptional regulator, AraC family  24.48 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 325 aa  69.3  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1189  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 550 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.459992  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0013  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 485 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344073  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  25.19 
 
 		 308 aa  68.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0818  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 293 aa  68.9  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3826  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 307 aa  68.9  0.00000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.753921  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 281 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  30.6 
 
 		 273 aa  68.2  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 338 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  34.26 
 
 		 360 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  29.52 
 
 		 288 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 281 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0149  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 331 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.511163  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0427  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 331 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.459699  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1497  AraC family transcription regulator  36.27 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.141505  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1411  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 337 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.439169  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1151  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 342 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0648007  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  38.1 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1388  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 336 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00534804  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 293 aa  67.8  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 366 aa  68.2  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0692  transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 		 287 aa  67.8  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  25.88 
 
 		 329 aa  67.8  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  27.13 
 
 		 530 aa  67.4  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1824  two component AraC family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 362 aa  67  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000196685  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 282 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2237  AraC family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 292 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5518  response regulator receiver protein  26.07 
 
 		 284 aa  66.6  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.484795  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0197  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160748  normal  0.0260258 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  23.4 
 
 		 309 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  25.63 
 
 		 308 aa  66.6  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 277 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 282 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 223 aa  66.2  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4447  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 297 aa  65.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000015359  hitchhiker  0.00108803 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  30.63 
 
 		 529 aa  65.9  0.0000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4407  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 313 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.332097 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 318 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000330517  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  38.55 
 
 		 386 aa  65.9  0.0000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 334 aa  65.9  0.0000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 334 aa  65.9  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3944  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 313 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.313213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 278 aa  65.5  0.0000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  34.51 
 
 		 297 aa  65.5  0.0000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4141  AraC family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0368552 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  23.36 
 
 		 313 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5791  AraC family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 325 aa  65.5  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>