More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1509 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
287 aa  598  1e-170  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  51.59 
 
 
297 aa  296  3e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.18 
 
 
292 aa  290  3e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.07 
 
 
291 aa  289  4e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.23 
 
 
290 aa  282  5.000000000000001e-75  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.24 
 
 
286 aa  281  6.000000000000001e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.65 
 
 
285 aa  279  3e-74  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.92 
 
 
284 aa  272  5.000000000000001e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.77 
 
 
288 aa  268  7e-71  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.48 
 
 
296 aa  267  1e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.45 
 
 
288 aa  265  8.999999999999999e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.23 
 
 
280 aa  264  1e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0332  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.2 
 
 
281 aa  260  2e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.326946  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.52 
 
 
288 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.67 
 
 
286 aa  246  4e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1063  hypothetical protein  41.4 
 
 
290 aa  239  2.9999999999999997e-62  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  42.27 
 
 
296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.01 
 
 
285 aa  231  1e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.54 
 
 
294 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.14 
 
 
298 aa  229  3e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.94 
 
 
294 aa  226  3e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.94 
 
 
294 aa  226  3e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
285 aa  226  4e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.54 
 
 
307 aa  225  7e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.74 
 
 
303 aa  223  2e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.05 
 
 
296 aa  223  3e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.71 
 
 
296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.73 
 
 
299 aa  217  2e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.82 
 
 
291 aa  215  5e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.32 
 
 
281 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.24 
 
 
293 aa  214  1.9999999999999998e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.27 
 
 
288 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.99 
 
 
291 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
291 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
297 aa  211  9e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.58 
 
 
291 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.36 
 
 
306 aa  211  1e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.48 
 
 
286 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.43 
 
 
281 aa  208  6e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
295 aa  208  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2048  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.8 
 
 
300 aa  207  1e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
314 aa  207  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.55 
 
 
297 aa  206  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.68 
 
 
287 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.97 
 
 
305 aa  206  5e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.7 
 
 
291 aa  205  6e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.3 
 
 
285 aa  205  7e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.93 
 
 
280 aa  205  7e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.28 
 
 
285 aa  205  8e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.05 
 
 
291 aa  205  8e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.55 
 
 
287 aa  205  8e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.8 
 
 
289 aa  204  1e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.2 
 
 
306 aa  204  2e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.06 
 
 
310 aa  202  4e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.75 
 
 
292 aa  202  5e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.85 
 
 
294 aa  202  7e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.76 
 
 
306 aa  202  8e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.14 
 
 
296 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.78 
 
 
279 aa  201  9.999999999999999e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.23 
 
 
298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.44 
 
 
294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.78 
 
 
277 aa  200  3e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  38.49 
 
 
294 aa  200  3e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.19 
 
 
295 aa  200  3e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.01 
 
 
280 aa  199  3e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.64 
 
 
297 aa  199  5e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
283 aa  199  5e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  37.92 
 
 
305 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.21 
 
 
287 aa  198  7.999999999999999e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.33 
 
 
301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  38.49 
 
 
294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.73 
 
 
287 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.99 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.6 
 
 
298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.29 
 
 
276 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
280 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  36.3 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08561  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.05 
 
 
297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001769 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.91 
 
 
304 aa  196  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2034  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.88 
 
 
294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.66 
 
 
295 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.79 
 
 
300 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.29 
 
 
302 aa  195  9e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.46 
 
 
292 aa  194  1e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.97 
 
 
297 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.58 
 
 
299 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.29 
 
 
302 aa  194  1e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.58 
 
 
299 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.58 
 
 
294 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.73 
 
 
294 aa  193  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.37 
 
 
295 aa  193  3e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.64 
 
 
301 aa  192  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.64 
 
 
301 aa  192  7e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.45 
 
 
312 aa  191  8e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.59 
 
 
302 aa  191  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.25 
 
 
288 aa  191  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.02 
 
 
283 aa  191  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.57 
 
 
283 aa  189  4e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.46 
 
 
296 aa  189  5e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>