136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1306 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_3841  hypothetical protein  37.53 
 
 		 1105 aa  658    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1306  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 		 1100 aa  2229    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.634411 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5072  OmpA-related protein  35.87 
 
 		 1125 aa  610  1e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.813038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3010  hypothetical protein  35.31 
 
 		 1129 aa  603  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5935  TonB-dependent receptor plug  34.19 
 
 		 1097 aa  559  1e-157  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2739  TonB-dependent receptor plug  34.93 
 
 		 1074 aa  553  1e-156  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.84904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0330  TonB-dependent outer membrane receptor precursor  34.45 
 
 		 1041 aa  529  1e-148  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000673436  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0171  hypothetical protein  31.83 
 
 		 1077 aa  456  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2076  hypothetical protein  31.16 
 
 		 1074 aa  445  1e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3920  hypothetical protein  31.83 
 
 		 1071 aa  418  9.999999999999999e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818859  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01318  TonB-dependent outer membrane Receptor/Oar-like protein  29.36 
 
 		 1056 aa  366  1e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.529934  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1376  TonB-dependent outer membrane receptor  28.52 
 
 		 1081 aa  348  3e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00784128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0143  Oar protein  27.15 
 
 		 1068 aa  322  1.9999999999999998e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0467162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0368  OmpA family Oar-like outer membrane protein protein  26.66 
 
 		 1066 aa  294  5e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.73574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00733  putative Outer membrane protein with a TonB box  26.96 
 
 		 1057 aa  286  1.0000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.250529  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1116  TonB-dependent receptor, plug  28.92 
 
 		 1116 aa  283  1e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.880967  normal  0.249969 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1968  putative OmpA family protein  26.17 
 
 		 1051 aa  282  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2744  putative outer membrane protein with a TonB box  25.32 
 
 		 1061 aa  251  4e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.111846 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0536  OmpA family Oar-like outer membrane protein protein  25.69 
 
 		 1008 aa  232  4e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3450  hypothetical protein  25.05 
 
 		 1068 aa  213  1e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0554556 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3262  hypothetical protein  23.84 
 
 		 1067 aa  211  8e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0985  hypothetical protein  24.74 
 
 		 1052 aa  199  3e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5296  hypothetical protein  23.75 
 
 		 1071 aa  189  4e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.774342  normal  0.228264 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0637  hypothetical protein  23.4 
 
 		 1066 aa  177  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0627569 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0594  hypothetical protein  23.36 
 
 		 1053 aa  160  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3218  hypothetical protein  26.17 
 
 		 1075 aa  131  6e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.158023  normal  0.188502 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3841  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 		 1123 aa  128  6e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0315  hypothetical protein  23.73 
 
 		 1125 aa  117  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.269975  normal  0.693881 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0638  hypothetical protein  24.57 
 
 		 1069 aa  117  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000046909  normal  0.0437117 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0910  Cna B-type protein  24.9 
 
 		 1210 aa  115  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0761407  normal  0.0249052 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1538  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 1232 aa  112  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000318851  normal  0.580638 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3831  hypothetical protein  23.91 
 
 		 1141 aa  112  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0885568  normal  0.451604 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3895  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 1149 aa  112  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0561409 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4154  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 1206 aa  108  8e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.592663 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0270  hypothetical protein  23.85 
 
 		 1126 aa  106  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0783  TonB-dependent receptor  23.06 
 
 		 1041 aa  107  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.149411  normal  0.179647 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0292  hypothetical protein  28.04 
 
 		 1122 aa  104  9e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.740643  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0281  hypothetical protein  28.04 
 
 		 1120 aa  104  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3840  hypothetical protein  24.38 
 
 		 1122 aa  101  7e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0292  hypothetical protein  27.95 
 
 		 1109 aa  98.2  8e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0417  TonB-dependent receptor  23.34 
 
 		 1167 aa  97.8  9e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0498154 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0784  hypothetical protein  23.41 
 
 		 1075 aa  97.8  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.410737  normal  0.275915 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1545  TonB-dependent receptor  22.24 
 
 		 1105 aa  96.3  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.222059 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0663  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 1176 aa  93.6  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00550591  normal  0.789281 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3506  Cna B-type protein  22.98 
 
 		 1195 aa  93.2  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.378795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2136  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 1124 aa  92.4  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0917219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4190  TonB-dependent receptor  22.81 
 
 		 1114 aa  91.3  9e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.351423 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2685  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 		 1026 aa  90.9  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0625  Cna B-type protein  26.33 
 
 		 1298 aa  85.1  0.000000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.320234 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0918  Cna B-type protein  26.1 
 
 		 1203 aa  82.8  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.133902  normal  0.024731 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0423  hypothetical protein  28.05 
 
 		 1162 aa  82.8  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000804756  normal  0.0470711 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0428  hypothetical protein  26.12 
 
 		 1196 aa  82.8  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.211152  normal  0.0171632 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2573  Cna B-type protein  27.95 
 
 		 511 aa  80.1  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1015  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 1016 aa  79.7  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.501659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0313  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 1008 aa  77.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4189  TonB-dependent receptor  22.83 
 
 		 1105 aa  77  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.316829  normal  0.196574 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3060  TonB-dependent receptor, plug  22.7 
 
 		 972 aa  77  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000347806  normal  0.043287 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0348  hypothetical protein  24.69 
 
 		 1008 aa  77  0.000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.300848  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1549  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 1065 aa  75.9  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.114571 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0355  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 888 aa  74.7  0.000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.66622  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01883  TonB-dependent Receptor/Oar-like protein  21.47 
 
 		 1037 aa  73.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.144968  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0532  hypothetical protein  27.44 
 
 		 1161 aa  72.8  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.909749  normal  0.440813 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0933  Cna B-type protein  25.24 
 
 		 1194 aa  72.8  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000219871  decreased coverage  0.000250734 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3213  putative oar protein  27.57 
 
 		 1001 aa  72  0.00000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000600939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5509  TonB-dependent receptor plug  26.47 
 
 		 1054 aa  70.5  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.180232 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3909  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 1153 aa  68.9  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000652763  hitchhiker  0.00581227 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00878  TonB-dependent outer membrane receptor  22.21 
 
 		 992 aa  68.9  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.556038  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0395  hypothetical protein  24.51 
 
 		 1257 aa  68.9  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0342  TonB-dependent receptor plug  21.31 
 
 		 1007 aa  68.2  0.0000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.557003 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1501  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 1123 aa  67.8  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.175276  normal  0.273267 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1319  TonB-dependent receptor plug  26.6 
 
 		 1066 aa  67.4  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0274612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2388  Cna B-type protein  22.75 
 
 		 1162 aa  65.1  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.315243  normal  0.974277 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2675  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 		 1188 aa  63.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.124411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03612  TonB-dependent outer membrane receptor  26.04 
 
 		 1010 aa  63.2  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1758  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 1089 aa  63.2  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.208023  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  25.48 
 
 		 791 aa  62.4  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0445  hypothetical protein  26.02 
 
 		 1173 aa  61.2  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0367904 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4791  putative oar protein  26.59 
 
 		 997 aa  60.8  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1678  hypothetical protein  21.8 
 
 		 986 aa  60.8  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0281  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 952 aa  60.5  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4107  putative oar protein  25.79 
 
 		 994 aa  59.7  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000254754  hitchhiker  0.000800061 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2674  hypothetical protein  29.21 
 
 		 1132 aa  58.9  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2819  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 897 aa  58.9  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0401  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 993 aa  57.4  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00163541  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3497  TonB-dependent receptor plug  29.8 
 
 		 1036 aa  57.8  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.124606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1750  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 1087 aa  57  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2820  TonB-dependent receptor plug  27.67 
 
 		 1057 aa  56.6  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.195725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0970  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 		 991 aa  55.8  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 		 957 aa  55.8  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0691  hypothetical protein  29.17 
 
 		 979 aa  55.5  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02276  TonB-dependent outer membrane Receptor  22.5 
 
 		 1050 aa  55.5  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1850  TonB-dependent receptor plug  31.06 
 
 		 1019 aa  55.1  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.5615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0978  TonB-dependent receptor plug  26.83 
 
 		 753 aa  54.7  0.000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.103139  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4221  TonB-dependent siderophore receptor  27.97 
 
 		 795 aa  53.1  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03611  TonB-dependent outer membrane receptor  23.62 
 
 		 1012 aa  53.5  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2876  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 1007 aa  53.9  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 1004 aa  53.5  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 1001 aa  52.8  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2376  TonB-dependent receptor plug  28.27 
 
 		 797 aa  53.1  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.7024  normal  0.460904 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2398  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 966 aa  52.8  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>