More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1203 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  100 
 
 		 516 aa  1036    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  44 
 
 		 555 aa  301  2e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  45.96 
 
 		 638 aa  300  6e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  55.47 
 
 		 472 aa  283  6.000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  56.72 
 
 		 562 aa  271  2e-71  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  55.6 
 
 		 387 aa  270  2.9999999999999997e-71  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  53.62 
 
 		 252 aa  251  2e-65  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00765  putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase  45.17 
 
 		 259 aa  209  1e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.385176  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  46.19 
 
 		 250 aa  196  1e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1384  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.26 
 
 		 302 aa  195  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176082  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  43.67 
 
 		 268 aa  190  5e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 624 aa  185  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.74 
 
 		 243 aa  184  3e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  41.91 
 
 		 251 aa  181  2e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  43.91 
 
 		 248 aa  182  2e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  43.35 
 
 		 247 aa  180  5.999999999999999e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.3 
 
 		 237 aa  180  7e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  42.08 
 
 		 264 aa  179  8e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  42.42 
 
 		 238 aa  179  9e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  40.68 
 
 		 273 aa  179  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.24 
 
 		 239 aa  179  1e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  43.91 
 
 		 252 aa  177  3e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  42.04 
 
 		 254 aa  175  9.999999999999999e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  41.48 
 
 		 271 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.77 
 
 		 258 aa  174  5e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  41.38 
 
 		 238 aa  174  5e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  37.35 
 
 		 680 aa  173  6.999999999999999e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  37.25 
 
 		 274 aa  172  1e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  36.96 
 
 		 403 aa  172  2e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  37.83 
 
 		 406 aa  172  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.02 
 
 		 332 aa  172  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 556 aa  171  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  39.47 
 
 		 253 aa  170  5e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  41.74 
 
 		 239 aa  170  7e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  32.58 
 
 		 621 aa  170  7e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  41.88 
 
 		 244 aa  169  1e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  40.87 
 
 		 309 aa  167  4e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  40.69 
 
 		 243 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 249 aa  166  1.0000000000000001e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  39.84 
 
 		 255 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  39.22 
 
 		 235 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  41.42 
 
 		 236 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  41.56 
 
 		 242 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 242 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  41.13 
 
 		 242 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  41.13 
 
 		 242 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 242 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 242 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.77 
 
 		 245 aa  163  6e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.77 
 
 		 245 aa  163  6e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  36.29 
 
 		 567 aa  163  6e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.13 
 
 		 242 aa  163  7e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 553 aa  163  8.000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  41.6 
 
 		 245 aa  162  1e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  39.5 
 
 		 318 aa  162  1e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.69 
 
 		 242 aa  162  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.69 
 
 		 242 aa  162  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  42.37 
 
 		 239 aa  161  2e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  41.77 
 
 		 243 aa  162  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  37.83 
 
 		 274 aa  161  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  40.26 
 
 		 242 aa  160  6e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  39.13 
 
 		 266 aa  160  6e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 		 236 aa  160  7e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  40.26 
 
 		 242 aa  159  8e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3005  RNA-binding S4 domain protein  37.55 
 
 		 369 aa  159  9e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.03 
 
 		 251 aa  159  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  39.13 
 
 		 266 aa  159  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 426 aa  157  3e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.2 
 
 		 239 aa  158  3e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.63 
 
 		 247 aa  157  4e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  35.77 
 
 		 736 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  34.6 
 
 		 375 aa  155  1e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  36.2 
 
 		 743 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  31.63 
 
 		 687 aa  155  1e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  40.08 
 
 		 245 aa  155  1e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  35.59 
 
 		 265 aa  155  2e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  34.82 
 
 		 256 aa  155  2e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_695  pseudouridine synthase, RsuA family  39.68 
 
 		 249 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.91 
 
 		 240 aa  154  2.9999999999999998e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 243 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.52 
 
 		 249 aa  154  4e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  36.2 
 
 		 676 aa  154  5e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  39.91 
 
 		 577 aa  154  5e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  31.44 
 
 		 795 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39 
 
 		 238 aa  152  1e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  36.96 
 
 		 306 aa  152  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  37.77 
 
 		 680 aa  152  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  36.29 
 
 		 263 aa  151  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  36.61 
 
 		 674 aa  150  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 694 aa  150  6e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.61 
 
 		 669 aa  150  6e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  38.91 
 
 		 241 aa  150  6e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  37.87 
 
 		 239 aa  149  9e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.27 
 
 		 620 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 255 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  36.82 
 
 		 576 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  35.47 
 
 		 354 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.99 
 
 		 601 aa  148  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  36.52 
 
 		 284 aa  147  3e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  37.62 
 
 		 784 aa  148  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>