More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1202 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1202  pseudouridine synthase  100 
 
 		 247 aa  508  1e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.90311  normal  0.0231079 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  40.34 
 
 		 244 aa  167  1e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3759  pseudouridine synthase  39.75 
 
 		 255 aa  158  6e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.437728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  39.58 
 
 		 235 aa  152  5e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0494  pseudouridine synthase  36.84 
 
 		 268 aa  150  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.931297  normal  0.454399 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2521  pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 240 aa  149  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  37.4 
 
 		 311 aa  147  1.0000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  37.7 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6555  pseudouridine synthase  37.92 
 
 		 240 aa  142  7e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3040  pseudouridylate synthase  37.39 
 
 		 240 aa  141  8e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.523078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  34.84 
 
 		 304 aa  138  7.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1865  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.99 
 
 		 241 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  35.86 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  36.65 
 
 		 331 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1974  pseudouridine synthase  35.66 
 
 		 238 aa  135  5e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1995  pseudouridine synthase  37.4 
 
 		 241 aa  135  8e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.96 
 
 		 350 aa  134  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2080  pseudouridine synthase  36.99 
 
 		 241 aa  133  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 320 aa  132  6e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  33.2 
 
 		 313 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  38.64 
 
 		 234 aa  131  9e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.08 
 
 		 332 aa  130  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  34.16 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  36.03 
 
 		 345 aa  130  2.0000000000000002e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1978  pseudouridine synthase, RluA family  34.94 
 
 		 353 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.11099  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.68 
 
 		 343 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  36.18 
 
 		 541 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  36.76 
 
 		 363 aa  130  3e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  37.55 
 
 		 347 aa  129  4.0000000000000003e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  35.39 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2063  pseudouridine synthase, RluA family  34.54 
 
 		 352 aa  129  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.585518  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  35.98 
 
 		 318 aa  129  6e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  37.69 
 
 		 355 aa  129  6e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  36.1 
 
 		 311 aa  128  8.000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  33.77 
 
 		 301 aa  128  9.000000000000001e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000115636  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  35.15 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  34.75 
 
 		 310 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.75 
 
 		 319 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  35.29 
 
 		 215 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 215 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  40.24 
 
 		 215 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  35.1 
 
 		 341 aa  127  1.0000000000000001e-28  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2574  pseudouridine synthase, RluA family  34.52 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0131416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.08 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  35.68 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  35.75 
 
 		 215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  33.74 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  35.12 
 
 		 322 aa  126  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  34.82 
 
 		 326 aa  126  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  35.8 
 
 		 308 aa  126  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.06 
 
 		 313 aa  126  3e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  35.18 
 
 		 354 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.47 
 
 		 302 aa  125  5e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  36.49 
 
 		 211 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  34.27 
 
 		 304 aa  125  5e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  35.14 
 
 		 334 aa  125  5e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.14 
 
 		 347 aa  125  6e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.05 
 
 		 217 aa  125  6e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.14 
 
 		 334 aa  125  6e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  34.78 
 
 		 354 aa  125  7e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.47 
 
 		 302 aa  125  7e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.88 
 
 		 300 aa  125  9e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.68 
 
 		 308 aa  125  9e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  36.04 
 
 		 211 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  35.37 
 
 		 348 aa  124  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.66 
 
 		 319 aa  124  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  30.71 
 
 		 314 aa  124  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  36.21 
 
 		 310 aa  124  1e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  34.38 
 
 		 341 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  34.4 
 
 		 334 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  40.45 
 
 		 304 aa  124  1e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.92 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  31.4 
 
 		 315 aa  123  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.06 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  35.57 
 
 		 349 aa  123  2e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  34.02 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 353 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  34.69 
 
 		 325 aa  123  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  31.47 
 
 		 376 aa  123  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.89 
 
 		 313 aa  123  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.39 
 
 		 223 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  34.26 
 
 		 334 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.06 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  34.71 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  33.06 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  34.84 
 
 		 347 aa  123  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.06 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  33.06 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.88 
 
 		 309 aa  123  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.04 
 
 		 211 aa  123  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  34.84 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.06 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.06 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.68 
 
 		 211 aa  122  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  35.59 
 
 		 211 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  33.9 
 
 		 327 aa  122  4e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  34.55 
 
 		 304 aa  122  4e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.93 
 
 		 333 aa  122  4e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.89 
 
 		 303 aa  122  5e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>