More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0998 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  100 
 
 		 861 aa  1774    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  46.39 
 
 		 872 aa  791    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  46.15 
 
 		 902 aa  770    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  49.55 
 
 		 896 aa  884    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  46.44 
 
 		 871 aa  796    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  45.18 
 
 		 877 aa  746    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  49.17 
 
 		 855 aa  825    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  38.91 
 
 		 847 aa  612  1e-173  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  44.46 
 
 		 646 aa  559  1e-158  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  37.43 
 
 		 815 aa  538  1e-151  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  36.45 
 
 		 851 aa  530  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  34.98 
 
 		 896 aa  532  1e-149  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  36.78 
 
 		 867 aa  525  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  35.62 
 
 		 856 aa  525  1e-147  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  36.71 
 
 		 863 aa  521  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  36.54 
 
 		 853 aa  518  1.0000000000000001e-145  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  36.14 
 
 		 834 aa  514  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  36.2 
 
 		 845 aa  515  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  35.71 
 
 		 866 aa  509  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  37.7 
 
 		 822 aa  512  1e-143  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  36.59 
 
 		 837 aa  511  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  35.26 
 
 		 901 aa  507  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  36.12 
 
 		 846 aa  509  9.999999999999999e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  35.6 
 
 		 843 aa  508  9.999999999999999e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  35.38 
 
 		 837 aa  507  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  37.14 
 
 		 818 aa  506  9.999999999999999e-143  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  34.08 
 
 		 882 aa  504  1e-141  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  34.97 
 
 		 883 aa  505  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  33.51 
 
 		 954 aa  501  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  34.48 
 
 		 882 aa  499  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  33.72 
 
 		 940 aa  501  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  34.21 
 
 		 865 aa  497  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  35.7 
 
 		 848 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  34.01 
 
 		 936 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  34.33 
 
 		 927 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  34.04 
 
 		 881 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  34.35 
 
 		 847 aa  494  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  36.84 
 
 		 813 aa  494  9.999999999999999e-139  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  34.22 
 
 		 833 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  34.01 
 
 		 936 aa  491  1e-137  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  34.44 
 
 		 927 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  34.44 
 
 		 864 aa  490  1e-137  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  34.38 
 
 		 833 aa  488  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  34.38 
 
 		 840 aa  486  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  34.49 
 
 		 847 aa  488  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  34 
 
 		 893 aa  488  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  33.99 
 
 		 825 aa  484  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  35.02 
 
 		 845 aa  484  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  34.06 
 
 		 871 aa  483  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  34.27 
 
 		 832 aa  484  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  34.25 
 
 		 888 aa  479  1e-134  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  34.64 
 
 		 886 aa  481  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  33.87 
 
 		 932 aa  481  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  36 
 
 		 825 aa  481  1e-134  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  33.97 
 
 		 868 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  33.4 
 
 		 913 aa  479  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  33.82 
 
 		 868 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  32.56 
 
 		 949 aa  474  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  34.38 
 
 		 833 aa  475  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  33.3 
 
 		 911 aa  472  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  33.26 
 
 		 939 aa  472  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  32.26 
 
 		 914 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  45.99 
 
 		 534 aa  466  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  32.73 
 
 		 930 aa  458  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  33.62 
 
 		 895 aa  459  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  32.51 
 
 		 900 aa  449  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  33.29 
 
 		 837 aa  442  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  32.39 
 
 		 815 aa  439  9.999999999999999e-123  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  32.81 
 
 		 866 aa  442  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  32.63 
 
 		 846 aa  439  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  34.53 
 
 		 817 aa  437  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  32.82 
 
 		 914 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  36.84 
 
 		 657 aa  404  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  34.46 
 
 		 644 aa  367  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  34.89 
 
 		 658 aa  360  5e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  33.6 
 
 		 656 aa  340  5e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  32.59 
 
 		 658 aa  340  9e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  32.3 
 
 		 684 aa  338  3.9999999999999995e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  31.86 
 
 		 651 aa  337  7e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  31.95 
 
 		 683 aa  322  9.999999999999999e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  31.42 
 
 		 651 aa  320  6e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  51.03 
 
 		 299 aa  319  2e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  30.54 
 
 		 918 aa  314  4.999999999999999e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.21 
 
 		 797 aa  284  6.000000000000001e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  35.78 
 
 		 766 aa  278  3e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  33.71 
 
 		 759 aa  270  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  34.02 
 
 		 763 aa  270  1e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  34.03 
 
 		 758 aa  267  8e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  33.51 
 
 		 831 aa  266  8.999999999999999e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  34.03 
 
 		 758 aa  265  3e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  34.03 
 
 		 758 aa  265  3e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33.04 
 
 		 495 aa  259  1e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  42.32 
 
 		 306 aa  256  2.0000000000000002e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  34.28 
 
 		 845 aa  252  2e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  33.64 
 
 		 816 aa  251  6e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  31.59 
 
 		 852 aa  248  4e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  38.57 
 
 		 303 aa  242  2e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 878 aa  242  2e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.78 
 
 		 858 aa  241  4e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  33.7 
 
 		 828 aa  239  2e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>