More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0954 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 415 aa  842    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  65.06 
 
 		 415 aa  567  1e-160  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  62.41 
 
 		 415 aa  550  1e-155  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  38.7 
 
 		 417 aa  324  2e-87  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  36.04 
 
 		 431 aa  267  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3507  RND family efflux transporter MFP subunit  39.2 
 
 		 421 aa  265  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.568774  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  36.71 
 
 		 434 aa  264  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  33.01 
 
 		 412 aa  230  3e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2601  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.97 
 
 		 440 aa  197  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2477  RND family efflux transporter MFP subunit  25.79 
 
 		 420 aa  133  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2575  RND family efflux transporter MFP subunit  25.55 
 
 		 420 aa  133  6.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3005  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 		 420 aa  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000258393  hitchhiker  0.0000478824 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  26.46 
 
 		 392 aa  110  6e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  23.02 
 
 		 421 aa  106  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  22.22 
 
 		 420 aa  101  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  23.75 
 
 		 420 aa  99.4  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.2 
 
 		 425 aa  99  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  21.98 
 
 		 420 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  21.98 
 
 		 420 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  23.53 
 
 		 418 aa  97.1  6e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  21.89 
 
 		 435 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  22.88 
 
 		 443 aa  95.5  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.89 
 
 		 420 aa  95.5  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  23.08 
 
 		 420 aa  94.7  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  21.89 
 
 		 435 aa  94.4  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  23 
 
 		 419 aa  94.4  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  20.25 
 
 		 419 aa  93.2  8e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  25.6 
 
 		 360 aa  93.2  8e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  21.64 
 
 		 435 aa  92.8  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  22.14 
 
 		 435 aa  92.8  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  22.59 
 
 		 420 aa  92  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  21.72 
 
 		 420 aa  90.1  7e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  24.76 
 
 		 416 aa  89.4  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1693  RND family efflux transporter MFP subunit  23.46 
 
 		 421 aa  89  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000207824  decreased coverage  0.00534917 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.38 
 
 		 419 aa  88.2  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  21.03 
 
 		 417 aa  87.8  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.27 
 
 		 414 aa  85.9  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  23.91 
 
 		 419 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  21.31 
 
 		 418 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  22.51 
 
 		 399 aa  83.6  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  22.85 
 
 		 371 aa  80.5  0.00000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.19 
 
 		 462 aa  79.7  0.00000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2611  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.72 
 
 		 549 aa  79  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  23.93 
 
 		 416 aa  77.4  0.0000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4176  hypothetical protein  21.51 
 
 		 423 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  25.72 
 
 		 423 aa  76.6  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  25.53 
 
 		 417 aa  76.6  0.0000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.64 
 
 		 360 aa  76.6  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.89 
 
 		 397 aa  75.5  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  24.06 
 
 		 397 aa  74.3  0.000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.3 
 
 		 407 aa  74.7  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.68 
 
 		 419 aa  73.9  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0208015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  22.15 
 
 		 429 aa  73.2  0.000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  24.23 
 
 		 348 aa  73.2  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  21.35 
 
 		 400 aa  72.8  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  23.81 
 
 		 464 aa  72.4  0.00000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 350 aa  71.6  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  24.1 
 
 		 370 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  24.1 
 
 		 370 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.28 
 
 		 481 aa  72  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  20.16 
 
 		 607 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.06 
 
 		 435 aa  71.2  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0774  RND family efflux transporter MFP subunit  20.32 
 
 		 418 aa  70.9  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479896  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  24.1 
 
 		 370 aa  70.9  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  29.06 
 
 		 385 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  25.25 
 
 		 383 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5358  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.85 
 
 		 396 aa  70.5  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.14 
 
 		 476 aa  70.1  0.00000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.65 
 
 		 414 aa  70.1  0.00000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2937  secretion protein HlyD  22.38 
 
 		 418 aa  69.7  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.77 
 
 		 377 aa  69.3  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0573  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.81 
 
 		 389 aa  69.3  0.0000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000216198  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.07 
 
 		 377 aa  68.9  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.158537  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3559  RND family efflux transporter MFP subunit  22.75 
 
 		 396 aa  68.9  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0492868  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0366  secretion protein HlyD  20.3 
 
 		 437 aa  68.6  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.93288  normal  0.93988 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.67 
 
 		 390 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.86 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0242  secretion protein HlyD  21.33 
 
 		 414 aa  67.8  0.0000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000372515  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  26 
 
 		 360 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.32 
 
 		 410 aa  68.2  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  22.41 
 
 		 417 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  23.02 
 
 		 384 aa  67.8  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.63 
 
 		 453 aa  67.4  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5197  hypothetical protein  21.74 
 
 		 411 aa  67.4  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0742487 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0869  RND family efflux transporter MFP subunit  23.2 
 
 		 352 aa  67.4  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  23.86 
 
 		 371 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  23.86 
 
 		 371 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  23.75 
 
 		 406 aa  67  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21 
 
 		 361 aa  67  0.0000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  24.55 
 
 		 376 aa  67  0.0000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  25.11 
 
 		 352 aa  66.6  0.0000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  22.14 
 
 		 390 aa  67  0.0000000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2466  efflux transporter, RND family, MFP subunit  19.48 
 
 		 396 aa  66.6  0.0000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1163  secretion protein HlyD family protein  27.41 
 
 		 379 aa  66.6  0.0000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  22.19 
 
 		 456 aa  66.6  0.0000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  25.99 
 
 		 353 aa  66.6  0.0000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  21.19 
 
 		 421 aa  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  22.49 
 
 		 411 aa  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.37 
 
 		 361 aa  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  26.37 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>